Auteur/autrice : Bunny

Bunny

Actuellement postdoc en chemoinformatique à l'Université Friedrich Schiller, à Jena, Allemagne dans le groupe de Christoph Steinbeck, je m'amuse avec des grosses-petites molécules naturelles ("natural products"), Docker et le cloud. Auparavant j'ai fait un autre postdoc au CECAD (http://cellnet.cecad.uni-koeln.de) à Cologne (Allemagne) sur le métabolisme des levures. J'ai fait ma thèse en bioinformatique à l'Université Paris-Saclay, au Genoscope (http://www.genoscope.cns.fr/agc/blog/microscope/), après avoir fait le master BIBS à l'Université Paris-Sud sur le campus d'Orsay. Ma spécialité principale est l'analyse du métabolisme et de tout ce qui y touche (réseaux métaboliques, activités enzymatiques, structure des métabolites).

Ses publications :

  • Identification des relations entre la variabilité génétique et le phénotype : cartographie QTL

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    Bunny
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    Identification des relations entre la variabilité génétique et le phénotype : cartographie QTL

    Les indi­vi­dus d’une même espèce, à moins qu’ils ne soient des clones iden­tiques, sont tous légè­re­ment dif­fé­rents les uns des autres. Cette dif­fé­rence s’exprime à tous les niveaux, de l’apparence (phé­no­type macro­sco­pique), au génome (dif­fé­rents allèles pour le même gène), en pas­sant par les phé­no­types micro­sco­piques (aus­si appe­lés molé­cu­laires — on pen­se­ra ici aux trans­crip­tomes,…

  • Tour d'horizon des outils de visualisation des réseaux biologiques

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    Bunny
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    Tour d'horizon des outils de visualisation des réseaux biologiques

    Après les dif­fé­rentes méthodes d'analyse et de repré­sen­ta­tion de réseaux méta­bo­liques bio­lo­giques, je vais vous par­ler des dif­fé­rents outils de visua­li­sa­tion.  Car oui, la visua­li­sa­tion d'un réseau ou de ses sous-par­ties peut être le début de son ana­lyse, car elle per­met de se rendre compte de sa topo­lo­gie, de sa com­plexi­té, sa connec­ti­vi­té… En bio­lo­gie, on peut…

  • Promiscuité enzymatique, ou comment gérer l'annotation des enzymes

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    Bunny
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    Promiscuité enzymatique, ou comment gérer l'annotation des enzymes

    N'importe quel bio­in­for­ma­ti­cien, débu­tant ou confir­mé, s'est confron­té au moins une fois dans sa vie à ce pro­blème : l'annotation d'une séquence. Vous me direz, faciiiiiile ! Il y a désor­mais des tonnes d'outils qui per­mettent, très rapi­de­ment en plus, de trou­ver une fonc­tion pour une séquence ! Alors, déjà, il y a BLAST, Inter­Pro, Pfam, PRIAM, HMMER, ……

  • Analyse de réseaux : du degré des noeuds aux centralités

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    Bunny
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    Analyse de réseaux : du degré des noeuds aux centralités

    Le deuxième article sur la repré­sen­ta­tion du méta­bo­lisme et son ana­lyse ! Pour rap­pel, le pre­mier volet est ici ! Un grand nombre de phé­no­mènes bio­lo­giques peuvent être repré­sen­tés sous la forme d'un réseau. Qui n'a jamais enten­du par­ler de réseaux d'intéraction pro­téine-pro­téine (fameux réseaux "PPI"), de réseaux de gènes ou encore de réseaux méta­bo­liques ? En fait,…

  • Représenter le métabolisme — les réseaux métaboliques

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    Représenter le métabolisme — les réseaux métaboliques

    *grosse voix très sérieuse* Atten­tion ! L'article qui suit est le pre­mier d'une série d'articles sur la repré­sen­ta­tion du méta­bo­lisme sous forme de réseaux et leur ana­lyse.   Il existe, en bio­in­for­ma­tique, plu­sieurs caté­go­ries de modèles pour décrire le méta­bo­lisme. Tout d’abord, les modèles pour l’ana­lyse struc­tu­relle du méta­bo­lisme. Cette caté­go­rie regroupe prin­ci­pa­le­ment les modèles repo­sant sur…

  • Flux Balance Analysis ou la simulation du métabolisme d'une cellule

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    Flux Balance Analysis ou la simulation du métabolisme d'une cellule

    "I thought there couldn't be any­thing as com­pli­ca­ted as the uni­verse, until I star­ted rea­ding about the cell.“ (Sys­tems Bio­lo­gist Eric de Sil­va ‑astro­phy­si­cist by training‑, Impe­rial Col­lege Lon­don.) Avec l'arrivée des tech­no­lo­gies de séquen­çage à haut débit (NGS pour les intimes), de plus en plus de génomes com­plets sont dis­po­nibles dans les banques de don­nées…

  • Un tour d'horizon des bases de données consacrées au métabolisme

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    Bunny
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    Un tour d'horizon des bases de données consacrées au métabolisme

    La toute pre­mière acti­vi­té enzy­ma­tique a été décou­verte par Anselme Payen, un chi­miste indus­triel fran­çais qui a piqué, grâce à son génie, la domi­na­tion du mar­ché de borax aux néer­lan­dais. C'était une α‑amylase, iso­lée à par­tir d'un extrait de malt, et capable de décou­per l'amidon en glu­cose. Nom­mée ini­tia­le­ment dias­tase (syno­nyme d'"enzyme" à l'heure actuelle),…

  • J'ai lu : Apprentissage artificiel

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    J'ai lu : Apprentissage artificiel

    Apprentissage Artificiel — Concepts et algorithmes Ouvrage d'Antoine Cor­nué­jols et Laurent Miclet, deuxième édi­tion parue en 2010 aux édi­tions EYROLLES. Sujet Un recueil sur les dif­fé­rentes méthodes d'apprentissage arti­fi­ciel (plus com­mu­né­ment appe­lé "appren­tis­sage machine" ou pour les anglo­phones "machine lear­ning"). Résumé Les auteurs abordent, au fil des cha­pitres, un panel assez varié de méthodes et…