Étiquette : Métabolisme

  • Promiscuité enzymatique, ou comment gérer l'annotation des enzymes

    Promiscuité enzymatique, ou comment gérer l'annotation des enzymes

    N'importe quel bio­in­for­ma­ti­cien, débu­tant ou confir­mé, s'est confron­té au moins une fois dans sa vie à ce pro­blème : l'annotation d'une séquence. Vous me direz, faciiiiiile ! Il y a désor­mais des tonnes d'outils qui per­mettent, très rapi­de­ment en plus, de trou­ver une fonc­tion pour une séquence ! Alors, déjà, il y a BLAST, Inter­Pro, Pfam, PRIAM, HMMER, ……

  • Représenter le métabolisme — les réseaux métaboliques

    Représenter le métabolisme — les réseaux métaboliques

    *grosse voix très sérieuse* Atten­tion ! L'article qui suit est le pre­mier d'une série d'articles sur la repré­sen­ta­tion du méta­bo­lisme sous forme de réseaux et leur ana­lyse.   Il existe, en bio­in­for­ma­tique, plu­sieurs caté­go­ries de modèles pour décrire le méta­bo­lisme. Tout d’abord, les modèles pour l’ana­lyse struc­tu­relle du méta­bo­lisme. Cette caté­go­rie regroupe prin­ci­pa­le­ment les modèles repo­sant sur…

  • Un tour d'horizon des bases de données consacrées au métabolisme

    Un tour d'horizon des bases de données consacrées au métabolisme

    La toute pre­mière acti­vi­té enzy­ma­tique a été décou­verte par Anselme Payen, un chi­miste indus­triel fran­çais qui a piqué, grâce à son génie, la domi­na­tion du mar­ché de borax aux néer­lan­dais. C'était une α‑amylase, iso­lée à par­tir d'un extrait de malt, et capable de décou­per l'amidon en glu­cose. Nom­mée ini­tia­le­ment dias­tase (syno­nyme d'"enzyme" à l'heure actuelle),…