Vous venez de finir votre outil sur lequel vous travaillez depuis 1 semaine/1 mois/1 an/10 ans (rayez la mention inutile) qui va révolutionner votre domaine.
Votre code est versionné, formaté, commenté, documenté, testé, les résultats sont évalués selon le gold standard de la discipline sur des jeux de données représentatifs de la réalité, votre publication est prête, vous allez l'envoyer sur le dépôt de preprint et au journal, le thread Twitter d'annonce est rédigé...
Gaëlle Lelandais et Pierre Poulain
Qui sommes-nous ?
Tous les deux passionnés par l’enseignement, les problématiques de big data et d’analyse de données en biologie, nous nous côtoyons professionnellement depuis 15 ans, avec écoute et bienveillance. Si l’étiquette de « bioinformaticien » nous est souvent attribuée, nous sommes pourtant très différents.
Je (Gaëlle) travaille sur des problématiques de génomique fonctionnelle des champignons...
7 ans... 7 ans entre l'écriture de mon premier article ici et aujourd'hui. De cette longue route m'est venue l'envie de faire un billet personnel sur pourquoi à mon sens, un blog communautaire a plus d'importance qu'un blog personnel.
Et si tu venais participer toi aussi ?
Les réflexions qui suivent sont totalement personnelles et n'engagent que moi. *
Mon histoire sur ce blog
Sans aucune prétention de profiter de ce billet pour m'auto-interviewer, il me semble important de raconter un peu mon chemin sur cette plateforme avant de donner quelques arguments plus concrets...
Je vous propose aujourd'hui un petit article résumant les travers typiques pendant une thèse. Ces propos sont purement issus de mon expérience récente de thèse (finie en 2019) de thèse ainsi que d'autres doctorants/docteurs dans mon entourage. Toute la suite de l'article ne reflète que mon opinion personnelle de ce grand moment de la vie qu'est la thèse.
Il est assez connu que l'état de santé mentale des chercheurs n'est pas toujours glorieux (principalement chez les doctorants, ref 1 et 2), et que le syndrome de l'imposteur (ref3) est autant présent que la boite de nouille chinoise sur le bureau au cas où "on oublierait de manger"...
L’idée de cet article vient d’une étude réalisée en 2008 par Jean Lobry, Professeur à l’Université Claude Bernard – Lyon 1, ceci dans le cadre de ses enseignements en bioinformatique (plus exactement ses TD sur le langage R). Mon objectif était de regarder la dynamique de publication de la France dans le domaine de la bioinformatique depuis qu’il existe des revues spécialisées dans ce domaine...
"Tout seul on va plus vite, ensemble, on va plus loin".
Proverbe africain
Il est un constat que je fais de plus en plus souvent et qui m'attriste à chaque fois un peu plus : notre belle société semble tendre vers l'individualisme. Il est probable que l'émergence des réseaux sociaux et à l'actuel culte du nombrilisme associé y soit pour quelque chose. Mais discuter de tout cela ici serait totalement hors-sujet et inadapté à la ligne éditoriale de notre blog bio-informatique...
Mon titre étant volontairement provocateur je vais commencer par le modérer et l'expliquer.
Vous n'avez pas forcément besoin de votre blog, vous avez besoin d'un espace ou vous pouvez écrire des textes structurés avec des tableaux, des images et la possibilité de les rendre publics facilement. Un dépôt Github comme un compte Twitter peuvent ainsi convenir. Si ces plateformes peuvent apparaître comme ayant des contraintes différentes, elles sont en réalité complémentaires...
... et ses "presque" réponses !
Dans cet article, je vais tenter de reprendre les grandes interrogations que l'on peut avoir avant ou en commençant sa thèse (voire même plus tard au cours de sa carrière pour certaines) et plus particulièrement en bioinformatique (mais pas que). Si certaines seront très détaillées, d'autres resteront plus évasives. Cela non pas, forcément, par manque de connaissance, mais plutôt par difficulté d'être très précis au vu de la variété des thèses et des thématiques en bioinformatique...
La période des stages n'est pas loin et toi, jeune étudiant(e) bioinformaticien(ne) - futur(e) stagiaire, te demandes comment choisir parmi toutes ces annonces. Pas de panique, c'est tout à fait normal de se poser toute une ribambelle de questions, nous y sommes tous passés. La bonne nouvelle c'est que c'est ton jour de chance : les réponses se trouvent (normalement) dans ce billet.
À la recherche du stage : Motivation, mon amie
Job search | Kate Hiscock
La première des choses à cocher dans ta checklist c'est la motivation...
La diversité des questions que se posent nos amis biologistes entraîne une diversité des données : génomiques, images, etc. De plus, ces données sont générées à des vitesses folles. Pour manipuler les données et extraire les informations utiles, des solutions et outils bioinformatiques sont nécessaires. De nombreux outils existent déjà pour répondre à de nombreuses questions. Mais parfois, de nouveaux outils sont nécessaires pour répondre à une question spécifique...
