Archives par tags: optimisation

Découverte :
Eh toi ! rev_comp, tu l'écris comment ?

Écrire un algorithme de rev_comp ou complément inverse, on l'a tous déjà fait. Aujourd'hui c'est devenu un classique des cours d'algorithmique en étude de bioinformatique, c'est un algorithme simple mais qui demande de savoir utiliser les structures de contrôle de base. À la fois un bon exercice pratique et pédagogique, doit-il cependant rester implémenté comme à nos débuts ? Cette question m'a traversé l'esprit durant un cours où mon implémentation et celles de mes camarades étaient toutes différentes avec à chaque fois différents algorithmes de base...

Découverte :
Assembler un génome sur un Raspberry Pi

Assembler un génome est une tâche fastidieuse et surtout très coûteuse. Pour un génome de 100 Mbp (Million de paires de bases), Velvet ou SOAPdenovo utilisent 20 à 30 Go de mémoire, voire plus. Je voudrais partager avec vous une idée complètement farfelue qui nous est venue et qui nous a fait gagner (Guillaume Rizk et moi-même) le prix du meilleur poster lors de JOBIM 2013 : et si on faisait de l'assemblage de génome sur un Raspberry Pi ?

Remettons-nous d'abord dans le contexte...