*grosse voix très sérieuse*
Attention! L'article qui suit est le premier d'une série d'articles sur la représentation du métabolisme sous forme de réseaux et leur analyse.
Il existe, en bioinformatique, plusieurs catégories de modèles pour décrire le métabolisme.
Tout d’abord, les modèles pour l’analyse structurelle du métabolisme. Cette catégorie regroupe principalement les modèles reposant sur la théorie des graphes...
"I thought there couldn't be anything as complicated as the universe, until I started reading about the cell.“
(Systems Biologist Eric de Silva -astrophysicist by training-, Imperial College London.)
Image de la vidéo "The Inner Life of a Cell" http://multimedia.mcb.harvard.edu/ © 2007 The Presidents and Fellows of Harvard College.
Avec l'arrivée des technologies de séquençage à haut débit (NGS pour les intimes), de plus en plus de génomes complets sont disponibles dans les banques de données publiques ou non...
Sur Bioinfo-fr.net, nous avons plusieurs fois parlé des bases de données biologiques. Que ce soit du point de vue de la gestion, de l'exploitation ou même du stockage physique. J'aimerai revenir aujourd'hui sur un souci qui se présente souvent lors de l'exploitation de plusieurs bases de données : les identifiants.
Un objet biologique dans une base de données est représenté par un identifiant...
Il y a quelques temps, sur ce blog, j'ai publié un article qui parlait de la reconstruction automatique de réseaux métaboliques à partir d'un génome annoté. Dans cet article je vous ai promis de continuer à parler de ce sujet, notamment pour voir comment l'on pouvait améliorer la qualité d'un réseau métabolique fraichement créé. Pour rappel, la toute première reconstruction d'un réseau métabolique est habituellement de qualité variable, directement dépendant de la qualité de l'annotation du génome, que l'on appelle "draft métabolique"...
Le nombre de génomes séquencés croît aujourd'hui exponentiellement. Il est probable que d'ici peu de temps chacun d'entre nous puisse avoir la séquence de son propre génome pour une poignée de dollars en quelques jours seulement. On peut d'ailleurs se référer à ce récent débat vidéo, dans lequel intervient notamment le professeur Denis Duboule (généticien à l'École Polytechnique Fédérale de Lausanne), pour avoir plus d'informations au sujet des séquençages haut débit, des risques que cela comporte pour chacun d'entre nous, des précautions à prendre vis-à-vis du "tout séquençage"...
