Questions à… Sophie Schbath

Ca y est ! Le concept des Tables Ouvertes en Bio­In­for­ma­tique (TOBi), petit des­cen­dant des feus JeBiF Pub Paris, com­mence à bien s’implanter ! Un rapide rap­pel du concept pour les retar­da­taires : tous les deuxièmes jeu­di du mois au Café Six, retrou­vez autour d'un verre l'association JeBiF et son invi­té du jour qui vien­dra pré­sen­ter ses tra­vaux, son par­cours, une tech­nique, un ins­ti­tut, etc. Et qui répon­dra à toutes vos ques­tions !

Les deux pre­mières édi­tions ayant ren­con­tré un franc suc­cès, nous avons déci­dé avec nos chers admins de retrans­crire ici le conte­nu de ces ren­contres. Les absents, retar­da­taires et per­sonnes exté­rieures à Paris n'auront donc plus d'excuse lorsqu'on leur deman­de­ra "Eh t'as pen­sé quoi du der­nier TOBi " 😉

Les invi­tés du mois de jan­vier et février étaient res­pec­ti­ve­ment Chris­tophe Mala­bat et Alexandre De Bre­vern. Mais c'est aujourd'hui, en ce magni­fique mois de mars, que nous inau­gu­rons les retrans­crip­tions avec Sophie Schbath, direc­trice de Recherche à l'INRA, direc­trice de l'unité MaIAGE et pré­si­dente de la SFBI.

 

Sophie Schbath au TOBi de mars 2016 | par Kum­qua­tum

 

Gwe­naëlle Lemoine (Gwe­naëlle L.) : Bon­jour Sophie, mer­ci d'avoir répon­du pré­sente à cette troi­sième ses­sion de TOBi, c'est un plai­sir de te rece­voir. Entrons direc­te­ment dans le vif du sujet : peux-tu nous pré­sen­ter ta for­ma­tion, ton par­cours pro­fes­sion­nel et tes extras ?

Sophie Schbath (Sophie S.) : Issue d'une for­ma­tion mathé­ma­tique (probabilités/​statistiques) à la base, je me pré­des­ti­nais à deve­nir ensei­gnante. J'ai débu­té par l'équivalent actuel d'une L2 de maths-infor­ma­tique puis une L3 + Mas­ter de maths appli­quées à la fac d'Orsay. L'INRA de Jouy-en-Josas m'a offert mon stage de fin d'études et il faut croire que j'y ai pris goût puisque j'y ai effec­tué ma thèse dont le sujet por­tait sur "Les sta­tis­tiques de motifs dans l’ADN", fai­sant ain­si mes pre­miers pas en bio­in­for­ma­tique à pro­pre­ment par­ler (anec­dote : à l'époque, la plus grande séquence d'ADN que j'ai eu à ana­ly­ser fai­sait 100kb). Mon post-doc s'est quant à lui fait à Los Angeles dans le labo­ra­toire de Michael Water­man et Simon Tava­ré où j'ai tra­vaillé sur la car­to­gra­phie phy­sique (ancêtre du shot­gun et de l'assemblage). Enfin, en reve­nant en France,  j'ai obte­nu un poste à l'INRA sur un pro­fil très proche du mien en tant que CR2, et cela fait main­te­nant vingt ans que j'y suis.

En terme de car­rière, j'ai ensuite gra­vi les dif­fé­rents éche­lons de cher­cheur dans un EPST [1] : au bout de quatre ans je suis pas­sée CR1 [2], et dix ans après mon entrée, j'ai réus­si le concours de direc­teur de recherche. J'ai fait par­tie d'un petit noyau qui a créé un des tout pre­miers labo­ra­toires de bio­in­for­ma­tique à l'INRA : le labo­ra­toire MIG qui était sous la tutelle de trois dépar­te­ment : celui de maths/​info (mon dépar­te­ment), celui de micro­bio­lo­gie, et celui de phy­sio­lo­gie ani­male. Suite à une fusion avec un autre labo­ra­toire de maths/​info l'unité MaIAGE est née, et j'en ai pris la direc­tion. Cette acti­vi­té de direc­tion m'occupe qua­si­ment à temps plein, mais c'est sur­tout parce qu'elle me plaît beau­coup, de même que le côté ani­ma­tion de la recherche. Du coup, je gère la SFBI essen­tiel­le­ment le soir et le week-end lorsque ma vie per­son­nelle me le per­met.

Concer­nant ces extras, j'ai com­men­cé avec le GdR BiM que j'ai co-créé en 2006 avec Alain Denise et Claude Thermes. Puis j'ai lais­sé la main à d'autres 8 ans après, car j'avais entre temps pris la pré­si­dence de la SFBI. Cette socié­té savante a été créée en 2006 entre autres par Guy Per­rière, Alain Gué­noche, Joël Pothier, avec comme ambi­tion à son départ de péren­ni­ser l'organisation des jour­nées ouvertes en bio­lo­gie infor­ma­tique et mathé­ma­tiques (JOBIM). Cette confé­rence avait elle même été créé en 2000 à l'initiative de Marie-France Sagot et Oli­vier Gas­cuel avec pour but de réunir les acteurs de la bio­in­for­ma­tique fran­çaise chaque année. J'ai donc pris les rênes de la SFBI en 2010 avec la volon­té de la rendre encore plus utile à la com­mu­nau­té. Après deux man­dats de trois ans, je peux dire que nous avons éten­du le champ de ses actions, et ce notam­ment grâce à des fonds qui per­mettent de suivre ses ambi­tions.

 

Gwe­naëlle L. : Mer­ci pour cette pré­sen­ta­tion ! Je vais com­men­cer par repar­tir un petit peu sur ton par­cours. Tu as fait ton post-doc aux États-Unis dans l'équipe de Michael Water­man. Je pense que de nom­breux, si ce n'est tous les étu­diants en bio­in­for­ma­tique ont étu­dié l'algorithme d'alignement de Smith et Water­man. Quelle impres­sion cela fait d'avoir tra­vaillé avec un des piliers de la bio­in­for­ma­tique moderne ?

Sophie S. : La pre­mière fois que je l'ai ren­con­tré à Paris pour voir si ça pour­rait mat­cher (c'est le cas de le dire), j'ai pu consta­ter que c'était en fait une per­sonne modeste et tota­le­ment acces­sible. S'il est très impres­sion­nant par ses tra­vaux, il n'en reste pas moins très humble. Et même si on ne tra­vaille plus ensemble main­te­nant, il y a encore un réseau qui nous lie, nous sommes régu­liè­re­ment en contact. J'ai éga­le­ment eu l'occasion de ren­con­trer Temple Smith qui était tout aus­si sym­pa­thique. Lors d'un repas avec lui et Michael, j'ai notam­ment appris com­ment l'algorithme de Smith et Water­man était né : lors d'une balade en barque sur un lac, ils ont com­men­cé à dis­cu­ter et c'est comme ça qu'est né l'algorithme. Je me rends compte de la chance que j'ai eu, et je la dois à ma direc­trice de thèse, Éli­sa­beth de Turck­heim, qui me l'a offerte grâce à son réseau, d'où l'importance de celui-ci.

 

Exemple d'application de l'algorithme de Smith et Water­man | Source Wiki­pe­dia

 

Gwe­naëlle L. : Conti­nuons dans ton par­cours. Pour nous la fonc­tion de direc­teur de labo­ra­toire paraît très éle­vée, elle connote beau­coup de res­pon­sa­bi­li­tés admi­nis­tra­tives. Est-on alors encore un bio­in­for­ma­ti­cien ? A‑t-on encore les mains dans le code ?

Sophie S. : Non je n'en fais pra­ti­que­ment plus, pour l'implémentation des méthodes je super­vise des sta­giaires et/​ou doc­to­rants. Direc­teur de labo­ra­toire c'est en effet beau­coup d'administratif et de ges­tion des res­sources humaines, mais c'est impor­tant de res­ter connec­té à la recherche, de dis­cu­ter avec d'autres scien­ti­fiques, d'aller dans des confé­rences… On est sou­vent consi­dé­ré expert dans notre domaine, et donc sol­li­ci­té pour des jurys de concours, des comi­tés scien­ti­fiques en tout genre, etc. Ceci est ren­du pos­sible grâce à notre veille scien­ti­fique, notre acqui­si­tion per­ma­nente de connais­sances. Cepen­dant il faut faire atten­tion car on peut vite perdre le côté scientifique/​recherche au pro­fit du côté admi­nis­tra­tif, et cela se fait plus ou moins faci­le­ment selon la taille du labo­ra­toire. J'en ai par­fai­te­ment conscience et donc je suis vigi­lante. Mais en accep­tant cette mis­sion je savais qu'il serait impor­tant pour moi de pro­té­ger au maxi­mum les cher­cheurs et ingé­nieurs de mon labo­ra­toire de ces tâches admi­nis­tra­tives. J'ai donc ten­dance à faire tam­pon, peut-être un peu trop, pour les lais­ser "cher­cher" en paix ; ce n'est par contre pas le cas de tous les direc­teurs de labo qui délèguent beau­coup plus que moi. C'est un choix.

 

Gwe­naëlle L. : Quelle impres­sion a‑t-on d'avoir vu naître la bio­in­for­ma­tique en France ? De l'avoir vu se popu­la­ri­ser et d'être ce soir face à une nou­velle géné­ra­tion de bio­in­for­ma­ti­ciens ?

Sophie S. : J'ai en effet démar­ré ma thèse au moment où la bio­in­for­ma­tique émer­geait, c'était sur­tout de la géno­mique. A l'époque, les cher­cheurs du domaine étaient soit des mathé­ma­ti­ciens, soit des infor­ma­ti­ciens, soit des bio­lo­gistes, ou aus­si des phy­si­ciens. Il n'y avait pas de licence ou mas­ter dédiés. Cette inter­dis­ci­pli­na­ri­té s'est construite petit à petit pour deve­nir la bio­in­for­ma­tique d'aujourd'hui. Je conti­nue néan­moins de pen­ser que la bio­in­for­ma­tique n'est pas une dis­ci­pline, mais plu­tôt une inter­dis­ci­pline, mais c'est un vaste débat…

 

Gwe­naëlle L. : Main­te­nant qu'on a fait le pas­sé, on va aller de l'avant : quel est le futur de la bio­in­for­ma­tique pour toi ?

Sophie S. : Il est clair que la bio­in­for­ma­tique ne va pas s'arrêter d'ici demain ! Il y a encore énor­mé­ment de choses à à déve­lop­per et à décou­vrir. Le déve­lop­pe­ment des bio­tech­no­lo­gies renou­velle sans cesse les ques­tions algo­rith­miques , mathé­ma­tiques, etc. La méta­gé­no­mique, par exemple, qui m'intéresse beau­coup en ce moment, per­met d'attaquer des pro­blé­ma­tiques impen­sables il y a une dizaine d'années.  De même, de nou­veaux rap­pro­che­ments s'opèrent tels que l'écologie et la micro­bio­lo­gie. Cela fait de notre dis­ci­pline un métier d'avenir, même si la conjonc­ture actuelle ne per­met pas de recru­ter autant de bio­in­for­ma­ti­ciens que de bio­lo­gistes. Heu­reu­se­ment, il y a une prise de conscience pro­gres­sive de la part des bio­lo­gistes à savoir que l'analyse de leur don­nées est deve­nue le gou­lot d'étranglement : ils recrutent donc des bio­in­for­ma­ti­ciens, mais ils se forment aus­si. Il faut tou­te­fois être vigi­lant au risque d'isolement et d'instrumentation lorsqu'un bio­in­for­ma­ti­cien est recru­té dans un labo­ra­toire de bio­lo­gie. Le conseil que je peux don­ner est de se créer un réseau pro­fes­sion­nel et de conti­nuer à par­ti­ci­per à des jour­nées de ren­contre entre bio­in­for­ma­ti­ciens telles que JOBIM sans oublier qu'il existe aus­si loca­le­ment des réseaux métiers. Et si ces efforts sont les bien­ve­nus, l'idéal reste tout de même le déve­lop­pe­ment de pla­te­formes ou d'équipes en bio­in­for­ma­tique. Pour résu­mer : la bio­in­for­ma­tique a des ten­ta­cules dans tous les sens et ce n'est pas près de s'arrêter.

 

Gwe­naëlle L. : Le métier de bio­lo­giste n'est-il pas jus­te­ment voué à évo­luer pour inté­grer de plus en plus de bio­in­for­ma­tique ?

Sophie S. : Il est néces­saire au niveau des nou­veaux cur­sus en bio­lo­gie d'introduire davan­tage de concepts infor­ma­tiques, voire de pro­gram­ma­tion, car c'est deve­nu incon­tour­nable dans la vie du cher­cheur avec le pro­grès des tech­no­lo­gies. Ils ont vite accès à des don­nées qu'il faut ensuite ana­ly­ser comme c'est le cas pour les sta­tis­tiques. Néan­moins, l'avenir du bio­lo­giste n'est pas de deve­nir bio­in­for­ma­ti­cien, cela res­te­ra des métiers et com­pé­tences dif­fé­rents. L'objectif est plu­tôt de pou­voir col­la­bo­rer étroi­te­ment avec un bio­in­for­ma­ti­cien, un sta­tis­ti­cien ou un algo­rith­mi­cien, de par­ler un lan­gage com­mun, de pou­voir s'apporter mutuel­le­ment des ques­tions de recherche.

 

Logo de la SFBI | © SFBI
Logo de la SFBI | © SFBI

 

Gwe­naëlle L. : On va main­te­nant s'intéresser un peu aux actions de la SFBI que tu pré­sides. Com­bien y a‑t-il d'adhérents ? Com­bien coûte la coti­sa­tion pour adhé­rer à la SFBI et à quoi donne-t-elle accès ? 

Sophie S. : Lorsque j'ai repris la SFBI, elle comp­tait 75 adhé­rents. Cepen­dant ces der­nières années, on arri­vait à envi­ron 200 adhé­rents, 300 quand le cou­plage avec l'inscription à JOBIM était pos­sible. Mais cela reste trop faible à mes yeux com­pa­ré aux 400 per­sonnes qui vont à JOBIM ou aux 1000 per­sonnes affi­liées au GdR BiM. Le frein n'est pour­tant pas la coti­sa­tion car elle est de 20€ pour les titu­laires et 10€ pour les étu­diants et non titu­laires (c'est peu si on  com­pare à d'autres socié­tés savantes). Elle donne droit essen­tiel­le­ment à une réduc­tion à JOBIM (50€ et 30€ donc plus du double de l'adhésion) et le droit de vote à l'AG. Nous avons en effet fait le choix de ne pas limi­ter les res­sources (la liste bioin­fo, la publi­ca­tion d'offres d'emplois, le réper­toire des équipes, etc.) à nos seuls membres car le but est de repré­sen­ter toute la bio­in­for­ma­tique fran­çaise et de struc­tu­rer l'ensemble de la com­mu­nau­té, bref d'assumer notre rôle de socié­té savante.

 

Gwe­naëlle L. : À quoi sert le bud­get de la SFBI ?

Sophie S. : Pre­mière chose d'où vient-il ? Il vient d'une part des coti­sa­tions des adhé­rents, et d'autre part d'une par­tie des béné­fices, quand il y en a, réa­li­sés par chaque confé­rence JOBIM (ce qui per­met en cas de défi­cit de la confé­rence une année, d'équilibrer le bud­get, ce qui n'est encore jamais arri­vé). Ce bud­get nous per­met main­te­nant de finan­cer des bourses, soit pour per­mettre à des doc­to­rants de par­tir pré­sen­ter leurs résul­tats à une confé­rence inter­na­tio­nale, soit pour per­mettre à des post-docs (ou doc­to­rants) fran­çais à l'étranger de venir  à JOBIM pré­sen­ter leurs tra­vaux. Les seules condi­tions sont d'être membre de la SFBI au moment de can­di­da­ter pour une bourse, que la confé­rence inter­na­tio­nale soit dans le champs de la bio­in­for­ma­tique, et d'avoir moins de 36 ans. Depuis quelques années, la SFBI attri­bue éga­le­ment des prix à JOBIM pour des jeunes scien­ti­fiques : "meilleure pré­sen­ta­tion orale" et "meilleurs pos­ters".

 

Gwe­naëlle L. : Existe-t-il une socié­té comme la SFBI à l'international ?

Sophie S. : L'ISCB se veut inter­na­tio­nale bien qu'elle reste pilo­tée par les amé­ri­cains. On retrouve éga­le­ment des équi­va­lents de la SFBI dans beau­coup de pays euro­péens, ex : Alle­magne, Pays-Bas, Ita­lie, etc. mais il n'y a pas de fédé­ra­tion, ce qui limite les col­la­bo­ra­tions entre elles. L'ECCB apporte tout de même un ciment via son comi­té d'organisation puisque chaque pays d'accueil de la confé­rence épo­nyme se sert régu­liè­re­ment des socié­tés savantes locales pour le faire.

 

Gwe­naëlle L. : Enfin pour conclure : vous ren­dez-vous compte à la SFBI de l'impact que vous avez sur la com­mu­nau­té bio­in­for­ma­tique fran­çaise ? À quel point vous contri­buez à l'emploi ?

*Une blague fuse : "ils rem­placent pôle emploi" *

Sophie S. : Ce sys­tème mis en place est en effet une grande fier­té, le dépôt d'offres d'emploi marche à plein régime. Vous le voyez main­te­nant, tota­le­ment ins­tal­lé, mais au début nous avons "ramé", et il a fal­lu deux/​trois ans pour que cela s'impose. On a même à pré­sent des cabi­nets de recru­te­ment qui postent des offres sur le site de la SFBI. Par­mi ces offres pos­tées par la com­mu­nau­té bio­in­for­ma­tique, la très grande majo­ri­té sont des CDDs. A la fin de ma thèse, il y avait très peu de CDDs, et par­tir faire un post-doc n'était pas très cou­rant, du moins en math. Main­te­nant c'est un pas­sage obli­gé, mais cela rend dif­fi­cile la conduite des pro­jets de recherche lorsque ces CDDs partent. Pour en reve­nir aux offres d'emplois, si le pas­sage par le for­mu­laire du site web de la SFBI pour pos­ter une offre a sou­le­vé quelques réti­cences, beau­coup de gens sont très satis­faits. Les annonces sont en effet for­ma­tées (per­met­tant ain­si leur ana­lyse) et modé­rées manuel­le­ment, ce qui entraîne par­fois quelques heures/​jours de délais puisque nous sommes tous très occu­pés par ailleurs et le fai­sons géné­ra­le­ment sur notre temps libre.

 

TOBi de mars 2016 | par Kum­qua­tum

 

Gwe­naëlle L. : Et bien mer­ci pour cet entre­tien, mer­ci pour ta pré­sence à ce TOBI. Je pense qu'on a répon­du à un bon nombre de ques­tions ! Retrou­vez-nous le 14 avril 2016 au Café Six pour ren­con­trer Gabriel Chan­des­ris, Déve­lop­peur R&D BIOVIA Pre­dic­tive Drug Safe­ty chez Das­sault Sys­tèmes.

 

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Mer­ci aux relec­teurs Lroy, m4rsu, et Oli­vier Dame­ron, et Aki­ra pour leur temps

[1] EPST : Eta­blis­se­ment Public à carac­tère Scien­ti­fique et Tech­no­lo­gique

[2] CR1 : Char­gé de Recherche de classe 1

 



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