Auteur/autrice : Aurélien C.

Aurélien C.

Passionné d'informatique et de biologie, après des études à Orléans, un stage de M2 au CSBC de l'Université de Cambridge (UK), une thèse à l'IRBI de Tours sur l'évolution des virus et un Post-doc à Toronto sur les cancers humains, je suis aujourd'hui de retour à Orléans à l'INRA, où j'essaie de lier phénotype des arbres et expression de leurs gènes. Je suis très intéressé par les approches d'apprentissage machine. Mes autres passions sont le basket-ball, le krav maga, la musique ou encore les jeux vidéos.

Ses publications :

  • Maîtrisez le cache de Rmarkdown !

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    par

    Aurélien C.
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    Maîtrisez le cache de Rmarkdown !

    Pour des rai­sons de repro­duc­tion de la science, il est impor­tant de conser­ver une trace de tout ce que l'on fait sur son ordi­na­teur. Pour cela, faire des rap­ports est la meilleure manière que je connaisse qui per­mette d'inclure le code et les résul­tats d'une ana­lyse. Pour faire ça bien avec R, on a déjà…

  • Cours de R pour débutant pressé : les régressions !

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    par

    Aurélien C.
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    Cours de R pour débutant pressé : les régressions !

    Bon­jour à tous et soyez les bien­ve­nus dans ce 3ème cours de R pour débu­tant pres­sé. Aujourd’hui, nous allons voir rapi­de­ment ce qu’est une régres­sion (linéaire ou qua­dra­tique), à quoi ça sert et ce que ça peut nous apprendre sur nos don­nées. Ne vous êtes-vous jamais deman­dé com­ment en apprendre plus sur vos don­nées, com­ment…

  • Cours de R pour débutant pressé, deuxième épisode

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    par

    Aurélien C.
    dans
    Cours de R pour débutant pressé, deuxième épisode

    Voi­ci donc la suite de mon pre­mier cours de R pour débu­tants pres­sés où nous avions vu les bases. Je vous invite à le lire si vous ne l’avez pas déjà fait. Aujourd’hui le but est de s’approcher de la bio­lo­gie et de trai­ter d’un cas concret. Nous avons des don­nées de dif­fé­rents élé­ments fonc­tion­nels du…

  • Cours de R pour débutant pressé (introduction)

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    par

    Aurélien C.
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    Cours de R pour débutant pressé (introduction)

    Bon­jour à tous ! Aujourd’hui, je vous pro­pose un pre­mier petit cours/​tutoriel de niveau « débu­tant », d’une série d’au moins 3, pour apprendre à faire quelques gra­phiques avec R et vous la péter devant vos col­lègues encore à gra­pher sous Excel. Ce tuto­riel s’adresse aux gens qui n’ont jamais codé, qui ne connaissent pas grand-chose à la…

  • Bien commencer en bioinformatique

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    par

    Aurélien C.
    dans
    Bien commencer en bioinformatique

    "Je n'y connais rien en infor­ma­tique", "C'est trop com­pli­qué pour moi" ou "Je ne sais pas par où com­men­cer" sont des phrases qui nous servent sou­vent d'excuse pour ne pas nous lan­cer dans le grand bain de la bio­in­for­ma­tique. Bio­lo­giste de for­ma­tion, j'ai moi-même à plu­sieurs reprises repous­sé l'échéance avant de sau­ter, ne sachant com­ment…

  • Transformer une sortie de Blast xml en format GenBank

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    par

    Aurélien C.
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    Bon­jour, et bien­ve­nu dans mon pre­mier article concer­nant mon script Perl Blast2Gb​.pl. Ce der­nier illustre par­fai­te­ment ce qu'on peut faire faci­le­ment et rapi­de­ment avec un script Perl : du trai­te­ment de texte. Cet outil per­met de faci­li­ter la vie et de trans­for­mer une tâche labo­rieuse en un trai­te­ment rapide et effi­cace. En effet, qui ne s'est…