Covid-19 : Des liens utiles pour aider à la recherche contre le SARS-CoV‑2

Pen­dant cette pan­dé­mie du Covid-19, bon nombre de per­son­nel scien­ti­fique vou­drait pou­voir appor­ter un peu d'aide. Voi­ci une liste des liens qui nous sont par­ve­nus.

Covid-19 est la mala­die cau­sée par le virus SARS-CoV2, vous ver­rez appa­raître ces deux termes dans les liens ci-bas.

De l'aide à la recherche

Crowd Fight Covid19 :

Des scien­ti­fiques demandent de l'aide, et d'autres scien­ti­fiques peuvent répondre à leur demandes.

• https://​crowd​fight​co​vid19​.org/

Aider au calcul avec votre GPU :

Pour par­ti­ci­per à la recherche sur le coro­na­vi­rus en don­nant de la mémoire GPU :

• https://​pcmas​ter​race​.org/​f​o​l​d​i​ng/

Le thread Red­dit :

• https://​www​.red​dit​.com/​r​/​p​c​m​a​s​t​e​r​r​a​c​e​/​c​o​m​m​e​n​t​s​/​f​h​b​5​e​4​/​c​o​r​o​n​a​v​i​r​u​s​_​s​p​e​c​i​f​i​c​_​g​p​u​_​p​r​o​j​e​c​t​s​_​a​r​e​_​n​ow/

Outils d'analyse génomique :

Pour accé­lé­rer le résul­tat de séquen­çage de long read, Nvi­dia pro­pose aux cher­cheurs un accès libre à Para­bricks.

• https://​blogs​.nvi​dia​.com/​b​l​o​g​/​2​0​2​0​/​0​3​/​1​9​/​c​o​r​o​n​a​v​i​r​u​s​-​r​e​s​e​a​r​c​h​-​p​a​r​a​b​r​i​c​ks/

Ressources humaines :

L'Assistance Publique des Hôpi­taux de Paris (APHP) est a la recherche de Datas­cien­tists, déve­lop­peurs, et d'autres com­pé­tences (com­mu­ni­ca­tion, vidéo, logis­tique) via ce for­mu­laire.

Kits de dépistage :

Liste longue et non exhaus­tive des kits de détec­tion du SARS-Covid19 :

• https://​www​.finddx​.org/​c​o​v​i​d​-​1​9​/​p​i​p​e​l​i​ne/

Des sources fiables de données

Trou­ver des sources fiables et cohé­rentes de don­nées n'est pas une moindre tâche. On voit cir­cu­ler des gra­phiques et des chiffres qui ne citent pas leur sources. Atten­tion, l'échantillonnage et la poli­tique de test pou­vant dif­fé­rer selon les pays, régions et ter­ri­toires, les don­nées ne sont pas for­ce­ment com­pa­rables entre pays. Cer­taines sources peuvent pré­sen­ter des chiffres légè­re­ment diver­gents suite à leur manière de comp­ter les cas.

Johns Hopkings University

Des don­nées tem­po­relles mises à jour envi­ron 2 fois par jour et com­po­sées de trois caté­go­ries : Cas détec­tés, Cas en rémis­sion, et décès.

• https://​github​.com/​C​S​S​E​G​I​S​a​n​d​D​a​t​a​/​C​O​V​I​D​-​1​9​/​t​r​e​e​/​m​a​s​t​e​r​/​c​s​s​e​_​c​o​v​i​d​_​1​9​_​d​a​t​a​/​c​s​s​e​_​c​o​v​i​d​_​1​9​_​t​i​m​e​_​s​e​r​ies

L'université Johns Hop­kins pro­pose aus­si une carte des cas :

• https://​coro​na​vi​rus​.jhu​.edu/​m​a​p​.​h​tml 

Nextstrain

Nex­train est un pro­jet scien­ti­fique open-source de com­pi­la­tion de don­nées géno­miques sur des patho­gènes (2019-nCoV, mais aus­si la grippe, Zika, Ebo­la, la dengue…).

• https://​nexts​train​.org/​n​cov

Ils ont éga­le­ment un rap­port sur la situa­tion glo­bale :

• https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/fr/2020–03-27

Ce der­nier lien est mis à jour régu­liè­re­ment (la date dans l'URL). Véri­fiez les der­nières mises à jour dis­po­nibles dans la liste ci-des­sous :

• https://​nexts​train​.org/​#​n​cov

L'OMS

L'OMS (the WHO en anglais) met à dis­po­si­tion des rap­ports quo­ti­diens conte­nant des don­nées :

• https://​www​.who​.int/​e​m​e​r​g​e​n​c​i​e​s​/​d​i​s​e​a​s​e​s​/​n​o​v​e​l​-​c​o​r​o​n​a​v​i​r​u​s​-​2​0​1​9​/​s​i​t​u​a​t​i​o​n​-​r​e​p​o​rts

L'OMS met éga­le­ment le Glo­bal Health Obser­va­to­ry (GHO) avec un lien vers leur carte de la pan­dé­mie actuelle et vers les don­nées brutes (ce lien est mort pour le moment) :

• https://​www​.who​.int/​d​a​t​a​/​gho

Worldometer

Worl­do­me­ter nous pro­pose des don­nées quo­ti­diennes et des don­nées pas­sées cor­ri­gées. Il semble qu'en fonc­tion de notre loca­li­sa­tion géo­gra­phique ils attirent l'attention sur les biais de col­lecte des don­nées locales. Ils citent les sources par pays :

• https://​www​.worl​do​me​ters​.info/​c​o​r​o​n​a​v​i​r​us/

L'European Center for Disease Prevention and Control (ECDC).

L'ECDC pro­pose des don­nées quo­ti­dien­ne­ment télé­char­geables dans dif­fé­rents for­mats (csv, json, xml et xlsx). Ils pro­posent éga­le­ment des rap­ports de situa­tion. Les don­nées sont mon­diales, pas seule­ment Euro­péennes :

• https://​www​.ecdc​.euro​pa​.eu/​e​n​/​p​u​b​l​i​c​a​t​i​o​n​s​-​d​a​t​a​/​d​o​w​n​l​o​a​d​-​t​o​d​a​y​s​-​d​a​t​a​-​g​e​o​g​r​a​p​h​i​c​-​d​i​s​t​r​i​b​u​t​i​o​n​-​c​o​v​i​d​-​1​9​-​c​a​s​e​s​-​w​o​r​l​d​w​ide
• https://​www​.ecdc​.euro​pa​.eu/​e​n​/​g​e​o​g​r​a​p​h​i​c​a​l​-​d​i​s​t​r​i​b​u​t​i​o​n​-​2​0​1​9​-​n​c​o​v​-​c​a​ses

Le site Our­Worl­dIn­Da­ta se repose sur les don­nées de l'ECDC et pro­pose des gra­phiques et un som­maire très inté­res­sant qui nous rap­pelle la pru­dence à avoir avec les don­nées et leur signi­fi­ca­tion.

L'ARS

L'Agence Régio­nale de San­té (ARS) a une sec­tion "Coro­na­vi­rus : der­nier point de situa­tion", par exemple celui de la région Occi­ta­nie ici. La situa­tion et orga­ni­sa­tion varie selon les régions et la situa­tion.

Modélisation épidémiologique

Lors d'un sémi­naire en Éco­lo­gie et Évo­lu­tion de Mont­pel­lier les pré­sen­ta­teurs illus­trent l'effet de la dis­tance dans la pro­pa­ga­tion de la pan­dé­mie, avec le code R et les don­nées qui vont avec :

• https://​github​.com/​o​l​i​v​i​e​r​g​i​m​e​n​e​z​/​S​I​R​c​o​v​i​d19

Modé­li­sa­tion épi­dé­mio­lo­gique par un cher­cheur de l'IRD et d'autres liens pour plus des don­nées :

• https://​ali​zon​.ouva​ton​.org/​C​O​V​I​D​.​h​tml

Aide civile

Pour vous curieux qui vou­draient aider mais qui ne savent pas com­ment, vous pou­vez aider loca­le­ment les agents en pre­mière ligne (méde­cins, ser­vices d'urgence, etc). Si vous êtes des agents de pre­mière ligne vous pou­vez deman­der de l'assistance : Garde-enfants, courses etc. Atten­tion, vous humains du futur, dans le contexte d'un confi­ne­ment total il fau­dra que vous regar­diez l'état des règles de confi­ne­ment en vigueur https://​enpre​mie​re​ligne​.fr/.

Et vous ? Avez-vous repé­ré d'autres liens inté­res­sants ? Je vous invite à par­ta­ger vos liens en com­men­taire.