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Opinion :
Le déclin (relatif) de la production bioinformatique française

L’idée de cet article vient d’une étude réalisée en 2008 par Jean Lobry, Professeur à l’Université Claude Bernard – Lyon 1, ceci dans le cadre de ses enseignements en bioinformatique (plus exactement ses TD sur le langage R). Mon objectif était de regarder la dynamique de publication de la France dans le domaine de la bioinformatique depuis qu’il existe des revues spécialisées dans ce domaine...

Opinion :
Les grandes questions du doctorant en devenir/débutant

... et ses "presque" réponses !
 
Dans cet article, je vais tenter de reprendre les grandes interrogations que l'on peut avoir avant ou en commençant sa thèse (voire même plus tard au cours de sa carrière pour certaines) et plus particulièrement en bioinformatique (mais pas que). Si certaines seront très détaillées, d'autres resteront plus évasives. Cela non pas, forcément, par manque de connaissance, mais plutôt par difficulté d'être très précis au vu de la variété des thèses et des thématiques en bioinformatique...

Astuce :
Formaliser ses protocoles avec Snakemake

Vous avez dit protocole?
Mon prochain protocole. Sans aucun doute un pas de géant pour la science.
Qui dit biologie et bioinformatique dit protocole expérimental. C'est le cœur de la démarche scientifique, et un formalisme adapté est la clef pour assurer la reproductibilité des expériences, et ainsi garantir la validation des découvertes par la communauté. En paillasse, les solutions pour formaliser et conserver les protocoles sont plutôt naturellement pragmatiques et éprouvées par les années...

Actualité :
ELIXIR, un savant mélange de pays

Logo d'ELIXIR - © EMBL-EBI, 2013
Vous avez peut-être entendu parler d'ELIXIR récemment, car la France vient de rejoindre le projet. Mais ELIXIR, c'est quoi ?
Pour faire simple, ELIXIR c'est la réponse aux défis suivants, chers aux chercheurs en Science de la Vie :

maintenir un accès libre aux données biologiques pour permettre une meilleure innovation.
gérer le data deluge (le déluge de données arrivant grâce/à cause des nouvelles technologies à très haut-débit)...