Étiquette : Recherche
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Covid-19 : Des liens utiles pour aider à la recherche contre le SARS-CoV‑2
Pendant cette pandémie du Covid-19, bon nombre de personnel scientifique voudrait pouvoir apporter un peu d'aide. Voici une liste des liens qui nous sont parvenus. Covid-19 est la maladie causée par le virus SARS-CoV2, vous verrez apparaître ces deux termes dans les liens ci-bas. De l'aide à la recherche Crowd Fight Covid19 : Des scientifiques demandent…
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La première carte de la diversité génétique des poissons publiée
Introduction En ce début d’année 2020, notre équipe* a publié la première carte mondiale de la diversité génétique des poissons d’eau de mer et d’eau douce. C’est un instrument important pour la préservation des espèces. Cette première carte est publiée dans la revue Nature Communications. Comme j’ai réalisé l’ensemble des analyses bio-informatiques, je me suis…
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Le déclin (relatif) de la production bioinformatique française
L’idée de cet article vient d’une étude réalisée en 2008 par Jean Lobry, Professeur à l’Université Claude Bernard – Lyon 1, ceci dans le cadre de ses enseignements en bioinformatique (plus exactement ses TD sur le langage R). Mon objectif était de regarder la dynamique de publication de la France dans le domaine de la…
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Les grandes questions du doctorant en devenir/débutant
… et ses "presque" réponses ! Dans cet article, je vais tenter de reprendre les grandes interrogations que l'on peut avoir avant ou en commençant sa thèse (voire même plus tard au cours de sa carrière pour certaines) et plus particulièrement en bioinformatique (mais pas que). Si certaines seront très détaillées, d'autres resteront plus évasives.…
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Formaliser ses protocoles avec Snakemake
Vous avez dit protocole ? Qui dit biologie et bioinformatique dit protocole expérimental. C'est le cœur de la démarche scientifique, et un formalisme adapté est la clef pour assurer la reproductibilité des expériences, et ainsi garantir la validation des découvertes par la communauté. En paillasse, les solutions pour formaliser et conserver les protocoles sont plutôt naturellement…
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ELIXIR, un savant mélange de pays
Vous avez peut-être entendu parler d'ELIXIR récemment, car la France vient de rejoindre le projet. Mais ELIXIR, c'est quoi ? Pour faire simple, ELIXIR c'est la réponse aux défis suivants, chers aux chercheurs en Science de la Vie : maintenir un accès libre aux données biologiques pour permettre une meilleure innovation. gérer le data deluge (le déluge…