J'ai lu :
J'ai lu : Bioinformatique - Principe d'utilisation des outils

Dans l'édito du mois de mai, nous vous avons promis une nouvelle rubrique J'ai lu. Et donc, le mois dernier, j'ai lu pour vous "Bio-informatique - Principes d'utilisation des outils" dont voici la revue.

Bioinformatique

Principes d'utilisation des outils

Ouvrage coordonné par Denis Tagu et Jean-Loup Risler, publié en 2010 aux éditions Quæ dans la collection Savoir faire.

Bioinformatique principe d'utilisation des outils

© Éditions Quæ, 2010, tous droits réservés

Sujet

Tout est dans le titre mais je laisse néanmoins la parole aux éditions Quæ : "Comprendre les outils informatiques à disposition ainsi que leurs principes de fonctionnement afin de choisir celui qui est le plus approprié au besoin ponctuel du biologiste." © Éditions Quæ.

Résumé

La bio-informatique, ou plus précisément la connaissance et l'usage des outils de bio-informatique, devient une compétence nécessaire aux biologistes. En effet, explorer des bases de données, récupérer des informations et les analyser sont des tâches quotidiennes au sein des laboratoires qui s'intéressent, même de loin, à la génomique et ses dérivées.

À travers 58 fiches, cet ouvrage passe en revue les banques de données biologiques, les outils d'alignement de séquences, de reconstruction phylogénétique, d'annotation et de comparaison des génomes et enfin d'analyse du transcriptome.

Public visé

"Ce livre a été conçu pour des biologistes, quel que soit leur niveau de connaissance en génomique, qui travaillent sur des projets de biologie moléculaire, de génomique ou de génétique." © Éditions Quæ.

J'ajoute que ce livre est très accessible à des informaticiens qui se sont tournés vers la biologie tardivement, ce qui est mon cas. Les sujets abordés font toujours l'objet d'une introduction avant de plonger dans les détails, ce qui permet de comprendre les objectifs et donc l'utilisation des outils.

Revue

J'ai été agréablement surpris par ce livre. Tout d'abord par son format 16 x 24 cm, couverture souple. Je m'attendais à un plus gros volume avec couverture cartonnée, je ne sais pas pourquoi. Ensuite car il se lit bien. D'une part grâce à l'organisation en fiches et en thématiques qui permet de cibler directement l'information que l'on souhaite. Et d'autre part grâce à la présentation des outils à l'aide de capture d'écran, et même de lignes de commande, qui s'intègre bien au texte (à quelques images près) et illustre bien le fonctionnement des logiciels.

J'ai lu avec intérêt la partie alignement de séquences puisque c'est mon dada. Sur cette partie, j'ai trouvé les fiches bien construites et réellement informatives. Je veux dire qu'il ne s'agit pas seulement d'une présentation des outils mais bien d'une utilisation des outils. C'est ce qui fait la différence entre présenter un marteau et montrer comment enfoncer un clou avec. J'ai particulièrement apprécié les précisions sur la e-value retournée par BLAST et les précautions la concernant.

J'ai également apprécié les parties du livre sur lesquelles je n'ai pas de connaissances approfondies. Les idées s'enchaînent bien, la lecture est fluide et j'ai redécouvert avec plaisir des notions que j'avais abordé en cours… il y a déjà 6 ans.

Conclusion

Je recommande ce livre pour les étudiants en bio-informatique pour plusieurs raisons. D'abord, il est en français et donc plus facile d'accès. Ensuite, il y a beaucoup de références qui permettent de compléter ses connaissances. Mais surtout, les introductions synthétisent bien les sujets abordés et les exemples d'utilisations peuvent compléter les cours suivis par les étudiants.

Je le recommande également aux bio-informaticiens qui souhaitent approfondir ou diversifier leurs connaissances. Nous avons nos petites habitudes, cet ouvrage permet de découvrir d'autres outils, leurs utilisations, leurs avantages et leurs inconvénients.

On pourra regretter l'absence d'une partie sur l'assemblage des génomes qui est juste abordé dans l'introduction de la partie "Annotation des génomes." N'oublions pas également que les outils évoluent très vite en bio-informatique. Les exemples risquent peut-être de ne plus être d'actualité dans quelques années.

Disponibilité

L'ouvrage est disponible auprès des éditions Quæ pour 28,40 € + 5 € de frais d'envoi à l'adresse suivante :

Éditions Quæ, c/o Inra, RD 10, 78026 Versailles cedex, France.

Sinon, vous pouvez le commander, en version reliée ou en pdf (18,50 €), directement sur le site web des éditions Quæ : www.quae.com

  • À propos de
  • Je suis actuellement en post-doc dans l'équipe DYLISS de L'IRISA à Rennes. Je travaille sur la reconstruction automatique de réseaux métaboliques. Plus particulièrement, je m'intéresse aux aspects fouille de connaissance, combinatoire, base de données en graphe. Mais dans un passé pas si lointain, je me suis aussi intéressé aux séquences de protéines, à leur alignement et à la prédiction de leur structures.

Un commentaire sur “J'ai lu : Bioinformatique - Principe d'utilisation des outils

  1. Si je ne l\'avais pas déjà lu j\'aurai envie de le lire !
    C\'est en effet un livre à conseiller, on y trouve pas mal d\'information et les auteurs prennent quasiment le lecteur par la main pour leur faire comprendre les différentes facettes de la bioinformatique expliqué dans cet ouvrage.
    Je vous le conseille donc également !
    Bonne lecture 😉

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