Étiquette : outils

  • Comment fixer les problèmes de déploiement et de durabilité des outils en bioinformatique ? Indice : conda !

    Comment fixer les problèmes de déploiement et de durabilité des outils en bioinformatique ? Indice : conda !

    La diver­si­té des ques­tions que se posent nos amis bio­lo­gistes entraîne une diver­si­té des don­nées : géno­miques, images, etc. De plus, ces don­nées sont géné­rées à des vitesses folles. Pour mani­pu­ler les don­nées et extraire les infor­ma­tions utiles, des solu­tions et outils bio­in­for­ma­tiques sont néces­saires. De nom­breux outils existent déjà pour répondre à de nom­breuses ques­tions.…

  • Conda le meilleur ami du bioinformaticien

    Conda le meilleur ami du bioinformaticien

    Conda, le meilleur ami du bioinformaticien Conda est un package mana­ger écrit en python, comme pypi. Mais contrai­re­ment à celui-ci, il per­met d'installer des pro­grammes écrits dans d'autres lan­gages. Notam­ment vos outils bio­in­for­ma­tiques pré­fé­rés par l’intermédiaire du dépôt bio­con­da. C'est-à-dire que tous vos outils, que ce soit sam­tools, bwa, bow­tie, trim­mo­ma­tic, fast­qc et j'en passe,…

  • S'outiller et s'organiser pour mieux travailler

    S'outiller et s'organiser pour mieux travailler

    TL;DR La repro­duc­ti­bi­li­té, c’est la vie (dans le monde scien­ti­fique) ! Tout résul­tat doit pou­voir être repro­duit. La tech­no­lo­gie per­met de faci­li­ter la recherche de repro­duc­ti­bi­li­té. Les cahiers de labo­ra­toire papiers ne sont plus du tout adap­tés à la recherche actuelle et au besoin de repro­duc­ti­bi­li­té. Je pré­co­nise donc d’utiliser git et GitHub, de bien…

  • Tester un système d'exploitation Unix

    Tester un système d'exploitation Unix

    Un bio­lo­giste de pas­sage sur bioin​fo​-fr​.net pour­ra se deman­der com­ment tes­ter un sys­tème d'exploitation libre tel qu'Ubuntu, sachant qu'il a tou­jours tra­vaillé sous Win­dows©. Dans cet article, je donne quelques pos­si­bi­li­tés per­met­tant d'essayer gra­tui­te­ment ces sys­tèmes d'exploitations, et ce sans cham­bou­ler son ordi­na­teur et ses don­nées… Les expli­ca­tions sont acces­sibles à tous, mais s'adressent avant…

  • J'ai lu : Bioinformatique — Principe d'utilisation des outils

    J'ai lu : Bioinformatique — Principe d'utilisation des outils

    Dans l'édito du mois de mai, nous vous avons pro­mis une nou­velle rubrique J'ai lu. Et donc, le mois der­nier, j'ai lu pour vous "Bio-infor­ma­tique — Prin­cipes d'utilisation des outils" dont voi­ci la revue. Bioinformatique Principes d'utilisation des outils Ouvrage coor­don­né par Denis Tagu et Jean-Loup Ris­ler, publié en 2010 aux édi­tions Quæ dans la col­lec­tion Savoir…