La diversité des questions que se posent nos amis biologistes entraîne une diversité des données : génomiques, images, etc. De plus, ces données sont générées à des vitesses folles. Pour manipuler les données et extraire les informations utiles, des solutions et outils bioinformatiques sont nécessaires. De nombreux outils existent déjà pour répondre à de nombreuses questions. Mais parfois, de nouveaux outils sont nécessaires pour répondre à une question spécifique...
Conda, le meilleur ami du bioinformaticien
"Fais-moi confiannnccceeeeee" Anaconda | Apollo
Conda est un package manager écrit en python, comme pypi. Mais contrairement à celui-ci, il permet d'installer des programmes écrits dans d'autres langages. Notamment vos outils bioinformatiques préférés par l’intermédiaire du dépôt bioconda. C'est-à-dire que tous vos outils, que ce soit samtools, bwa, bowtie, trimmomatic, fastqc et j'en passe, sont disponibles et mis à jour par l’intermédiaire de conda...
TL;DR La reproductibilité, c’est la vie (dans le monde scientifique) ! Tout résultat doit pouvoir être reproduit. La technologie permet de faciliter la recherche de reproductibilité. Les cahiers de laboratoire papiers ne sont plus du tout adaptés à la recherche actuelle et au besoin de reproductibilité. Je préconise donc d’utiliser git et GitHub, de bien organiser ses projets et d’utiliser des cahiers de laboratoire électroniques...
Un biologiste de passage sur bioinfo-fr.net pourra se demander comment tester un système d'exploitation libre tel qu'Ubuntu, sachant qu'il a toujours travaillé sous Windows©. Dans cet article, je donne quelques possibilités permettant d'essayer gratuitement ces systèmes d'exploitations, et ce sans chambouler son ordinateur et ses données... Les explications sont accessibles à tous, mais s'adressent avant tout à des biologistes s’orientant vers la bio-informatique, qui ne possèdent pas des connaissances très étendues sur le sujet...
Dans l'édito du mois de mai, nous vous avons promis une nouvelle rubrique J'ai lu. Et donc, le mois dernier, j'ai lu pour vous "Bio-informatique - Principes d'utilisation des outils" dont voici la revue.
Bioinformatique
Principes d'utilisation des outils
Ouvrage coordonné par Denis Tagu et Jean-Loup Risler, publié en 2010 aux éditions Quæ dans la collection Savoir faire.
© Éditions Quæ, 2010, tous droits réservés
Sujet
Tout est dans le titre mais je laisse néanmoins la parole aux éditions Quæ : "Comprendre les outils informatiques à disposition ainsi que leurs principes de fonctionnement afin de choisir celui qui est le plus approprié au besoin ponctuel du biologiste...
