Archives par tags: outils

Astuce :
Comment fixer les problèmes de déploiement et de durabilité des outils en bioinformatique ? Indice : conda !

La diversité des questions que se posent nos amis biologistes entraîne une diversité des données : génomiques, images, etc. De plus, ces données sont générées à des vitesses folles. Pour manipuler les données et extraire les informations utiles, des solutions et outils bioinformatiques sont nécessaires. De nombreux outils existent déjà pour répondre à de nombreuses questions. Mais parfois, de nouveaux outils sont nécessaires pour répondre à une question spécifique...

Découverte :
Conda le meilleur ami du bioinformaticien

Conda, le meilleur ami du bioinformaticien

Conda est un package manager écrit en python, comme pypi. Mais contrairement à celui-ci, il permet d'installer des programmes écrits dans d'autres langages. Notamment vos outils bioinformatiques préférés par l’intermédiaire du dépôt bioconda. C'est-à-dire que tous vos outils, que ce soit samtools, bwa, bowtie, trimmomatic, fastqc et j'en passe, sont disponibles et mis à jour par l’intermédiaire de conda...

Astuce :
S'outiller et s'organiser pour mieux travailler

TL;DR La reproductibilité, c’est la vie (dans le monde scientifique) ! Tout résultat doit pouvoir être reproduit. La technologie permet de faciliter la recherche de reproductibilité. Les cahiers de laboratoire papiers ne sont plus du tout adaptés à la recherche actuelle et au besoin de reproductibilité. Je préconise donc d’utiliser git et GitHub, de bien organiser ses projets et d’utiliser des cahiers de laboratoire électroniques...

Découverte :
Tester un système d'exploitation Unix

Un biologiste de passage sur bioinfo-fr.net pourra se demander comment tester un système d'exploitation libre tel qu'Ubuntu, sachant qu'il a toujours travaillé sous Windows©. Dans cet article, je donne quelques possibilités permettant d'essayer gratuitement ces systèmes d'exploitations, et ce sans chambouler son ordinateur et ses données... Les explications sont accessibles à tous, mais s'adressent avant tout à des biologistes s’orientant vers la bio-informatique, qui ne possèdent pas des connaissances très étendues sur le sujet...

J'ai lu :
J'ai lu : Bioinformatique - Principe d'utilisation des outils

Dans l'édito du mois de mai, nous vous avons promis une nouvelle rubrique J'ai lu. Et donc, le mois dernier, j'ai lu pour vous "Bio-informatique - Principes d'utilisation des outils" dont voici la revue.
Bioinformatique
Principes d'utilisation des outils
Ouvrage coordonné par Denis Tagu et Jean-Loup Risler, publié en 2010 aux éditions Quæ dans la collection Savoir faire.

Sujet
Tout est dans le titre mais je laisse néanmoins la parole aux éditions Quæ : "Comprendre les outils informatiques à disposition ainsi que leurs principes de fonctionnement afin de choisir celui qui est le plus approprié au besoin ponctuel du biologiste...