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J'ai lu :
J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la vie

Couverture de "Programmation en Python pour les sciences de la vie", par P. Fuchs et P. Poulain

Python et la bioinformatique associés dans un livre, qui plus est écrit par deux maîtres de conférences passionnés de l'Université Paris Diderot que sont Patrick Fuchs et Pierre Poulain : nous nous devions de nous procurer cet ouvrage et de vous en faire une rapide retranscription !

Ce bouquin date de juillet 2019 et c'est tout simplement 275 pages de pur bonheur ! Décomposé en 22 chapitres s'imbriquant tous parfaitement les uns après les autres, il ne peut que (et doit !) devenir une référence dans l'apprentissage du langage Python, avec ou sans bio-informatique derrière...

Editorial :
Concours : Noël avant l'heure !

A l'occasion de la sortie de notre fiche de lecture sur le livre "Programmation en Python pour les sciences de la vie" et sur une gentille proposition de Pierre Poulain & Patrick Fuchs, nous vous proposons un petit jeu concours avant Noël.

Pour participer : il y a dans le livre un petit easter egg placé volontairement (et malicieusement) par nos deux auteurs. La ou le premier qui trouvera cette petite chose rigolote gagnera un livre dédicacé des deux auteurs (idéal pour un cadeau de Noël !) ainsi qu'une belle boite de chocolats ! Gourmandes, gourmands : à vous de jouer !

"hmmmmm"| vmaurin

Participation uniquement par mail à l'adresse concours[CHEZ]bioinfo-fr...

Opinion :
L'intérêt d'une communauté scientifique bioinformatique

"Tout seul on va plus vite, ensemble, on va plus loin".
Proverbe africain

Il est un constat que je fais de plus en plus souvent et qui m'attriste à chaque fois un peu plus : notre belle société semble tendre vers l'individualisme. Il est probable que l'émergence des réseaux sociaux et à l'actuel culte du nombrilisme associé y soit pour quelque chose. Mais discuter de tout cela ici serait totalement hors-sujet et inadapté à la ligne éditoriale de notre blog bio-informatique...

Editorial :
Rentrée 2019/2020, la bio-informatique de retour !

Saurez-vous deviner ce qui se cache derrière ce flou ?

Les bureaux sont à nouveau pleins, les projets arrivent en masse, l'IRC du blog se repeuple petit à petit avec des nouvelles têtes... Pas de doutes, c'est bien la rentrée, et le site sort de sa torpeur pour relancer la machine à articles autour de la bioinformatique !

On espère voir de nouveaux auteurs se manifester, étudiants comme professionnels, afin de voir cette année remplie de beaux articles...

Formation :
Présentation du parcours de bio-informatique BIM à Nice

crédits: Université Côte d'Azur

Le parcours bio-informatique BIM existe en licence et en master, à Nice, depuis plus de 10 ans. À l'occasion de sa refonte en 2019, une petite présentation s'impose !

Présentation

Le parcours bio-informatique BIM a pour objectif de former des étudiants ayant une formation initiale en biologie et/ou bio-informatique aux approches de bio-informatique, d'analyse de données de grande dimension, et de modélisation, notamment pour des applications dans les domaines des Omiques et de l'Imagerie...

Astuce :
Trouver un emploi/une thèse en bioinformatique : quelques pistes [maj]

Job Search (Nick Youngson CC BY-SA 3.0 Alpha Stock Images)

Comme le disait Estel en 2012, trouver un job en bioinfo n'est pas évident. Contrairement à certains métiers qui concentrent l'entièreté des offres d'emploi de leur pays en une seule plateforme, les emplois de bioinfo sont distribuées aléatoirement entre des dizaines de sites d'annonces plus ou moins spécifiques à la bioinformatique...

Editorial :
BioinfoHoHoH !

...

Didacticiel :
Du CV jusqu'au poster avec Inkscape (débutant)

Nous revoilà pour de nouvelles aventures sur Inkscape !
Le but de ce tuto est moins de faire son CV avec Inkscape, quand des outils qu’on utilise tous les jours le font très bien, que de se familiariser avec un outil puissant en manipulant des notions de bases qui peuvent servir ensuite notamment dans l’élaboration de posters scientifiques.
Pour d’autres articles sur les outils d’Inkscape voir les tutos déjà existants sur Inkscape l'outil idéal pour vos posters et Inkscape pour biologistes...

Opinion :
Les grandes questions du doctorant en devenir/débutant

... et ses "presque" réponses !
 
Dans cet article, je vais tenter de reprendre les grandes interrogations que l'on peut avoir avant ou en commençant sa thèse (voire même plus tard au cours de sa carrière pour certaines) et plus particulièrement en bioinformatique (mais pas que). Si certaines seront très détaillées, d'autres resteront plus évasives. Cela non pas, forcément, par manque de connaissance, mais plutôt par difficulté d'être très précis au vu de la variété des thèses et des thématiques en bioinformatique...

Découverte :
ViLoVar: un outil pour la visualisation de variations génétiques

Pour mon premier article, je vais vous présenter un outil que j'ai développé lorsque je travaillais sur le projet "Myocapture"; un projet national de séquençage d'exomes qui portait sur les myopathies (https://www.afm-telethon.fr/myopathie-congenitale-6675). Ce projet visait à trouver de nouvelles mutations responsables de ces maladies rares. Il a également permis d'identifier de nouveaux gènes impliqués dans des myopathies congénitales...