Étiquette : bioinformatique

  • De bioinformaticien à data scientist, un simple pas ?

    De bioinformaticien à data scientist, un simple pas ?

    Nom­breux par­mi nous se retrouvent un jour en fin de master/​thèse ou post­doc de bio­in­for­ma­tique. A ce moment là, dans les dif­fi­cul­tés de la recherche d'emplois on vient à se deman­der : "Et si je pos­tu­lais à toutes ces offres de data scien­tist ?"Dans ces lignes, je vais don­ner mon avis de manière libre, sur pour­quoi…

  • Choisir entre R et Python en bioinformatique ? Regards croisés entre collègues enseignants-chercheurs

    Choisir entre R et Python en bioinformatique ? Regards croisés entre collègues enseignants-chercheurs

    Gaëlle Lelan­dais et Pierre Pou­lain Qui sommes-nous ? Tous les deux pas­sion­nés par l’enseignement, les pro­blé­ma­tiques de big data et d’analyse de don­nées en bio­lo­gie, nous nous côtoyons pro­fes­sion­nel­le­ment depuis 15 ans, avec écoute et bien­veillance. Si l’étiquette de « bio­in­for­ma­ti­cien » nous est sou­vent attri­buée, nous sommes pour­tant très dif­fé­rents. Je (Gaëlle) tra­vaille sur des pro­blé­ma­tiques de…

  • Installer JupyterHub pour des Notebooks hébergés sur votre serveur

    Installer JupyterHub pour des Notebooks hébergés sur votre serveur

    Vous connais­sez sans doute déjà les note­books Jupy­ter [1], ces docu­ments web où l'on peut rédi­ger du conte­nu en Mark­down, pou­vant conte­nir des for­mules mathé­ma­tiques en LaTeX, mêlées à des cel­lules de code Python, (ou R, Julia etc.) que l'on peut exé­cu­ter au cas par cas de façon inter­ac­tive. Ils sont pas mal uti­li­sés en…

  • Blagues de bioinformaticiens

    Blagues de bioinformaticiens

    Plu­tôt que de vous col­ler un pois­son en papier dans le dos en ce 1er Avril 2020 (de toute façon c'est dif­fi­cile avec le confi­ne­ment), je vous pro­pose plu­tôt une col­lec­tion de blagues dont la qua­li­té géné­rale n'est pas néces­sai­re­ment à la hau­teur de la répu­ta­tion de ce blog. Un petit rébus : votre code doit…

  • La première carte de la diversité génétique des poissons publiée

    La première carte de la diversité génétique des poissons publiée

    Introduction En ce début d’année 2020, notre équipe* a publié la pre­mière carte mon­diale de la diver­si­té géné­tique des pois­sons d’eau de mer et d’eau douce. C’est un ins­tru­ment impor­tant pour la pré­ser­va­tion des espèces. Cette pre­mière carte est publiée dans la revue Nature Com­mu­ni­ca­tions. Comme j’ai réa­li­sé l’ensemble des ana­lyses bio-infor­ma­tiques, je me suis…

  • Bioinformaticien•ne : un métier toujours d’avenir

    Bioinformaticien•ne : un métier toujours d’avenir

    Qui d’entre nous ne s’est pas un jour trou­vé en situa­tion d’expliquer son métier de bioinformaticien·ne à ses (grand-)parents/cousins/boulangers/copains d’enfance, etc. ? La Socié­té Fran­çaise de Bio­In­for­ma­tique (SFBI) a ini­tié en 2016 un groupe de tra­vail sur les Métiers de la Bio­in­for­ma­tique (Met­Bif). L'objectif prin­ci­pal est de mieux carac­té­ri­ser nos métiers et de les faire…

  • Analyses bioinformatiques du coronavirus 2019-nCoV : pourquoi et comment ?

    Analyses bioinformatiques du coronavirus 2019-nCoV : pourquoi et comment ?

    À l'époque de paru­tion de cet article, le nou­veau nom de la pneu­mo­nie de Wuhan 'COVID-19' et le nom défi­ni­tif du virus 'SARS-CoV‑2' n'étaient pas connus. C'est pour­quoi vous trou­ve­rez encore dans l'article ci-des­sous l'ancien nom 2019-nCoV. Ce n'est plus un secret : à l'heure où ces lignes sont écrites le coro­na­vi­rus, 2019-nCoV de son petit…

  • Le déclin (relatif) de la production bioinformatique française

    Le déclin (relatif) de la production bioinformatique française

    L’idée de cet article vient d’une étude réa­li­sée en 2008 par Jean Lobry, Pro­fes­seur à l’Université Claude Ber­nard – Lyon 1, ceci dans le cadre de ses ensei­gne­ments en bio­in­for­ma­tique (plus exac­te­ment ses TD sur le lan­gage R). Mon objec­tif était de regar­der la dyna­mique de publi­ca­tion de la France dans le domaine de la…

  • J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la vie

    J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la vie

    Python et la bio­in­for­ma­tique asso­ciés dans un livre, qui plus est écrit par deux maîtres de confé­rences pas­sion­nés de l'Université Paris Dide­rot que sont Patrick Fuchs et Pierre Pou­lain : nous nous devions de nous pro­cu­rer cet ouvrage et de vous en faire une rapide retrans­crip­tion ! Ce bou­quin date de juillet 2019 et c'est tout sim­ple­ment…