Archives par tags: bioinformatique

Découverte :
ViLoVar: un outil pour la visualisation de variations génétiques

Pour mon premier article, je vais vous présenter un outil que j'ai développé lorsque je travaillais sur le projet "Myocapture"; un projet national de séquençage d'exomes qui portait sur les myopathies (https://www.afm-telethon.fr/myopathie-congenitale-6675). Ce projet visait à trouver de nouvelles mutations responsables de ces maladies rares. Il a également permis d'identifier de nouveaux gènes impliqués dans des myopathies congénitales...

Découverte :
canSnippet : le voilà !

Nous vous l'avions annoncé il y a quasiment un an jour pour jour lors de notre présentation à JOBIM2017 à Lille. Il est maintenant là, disponible, consultable et à portée de tous : canSnippet Community Edition.
A vos marques pages, c'est ici que ça se passera dorénavant : https://cansnippet.bioinfo-fr.net/ !
Le principe
Avoir une collection de snippets (petits bouts de codes réutilisables) axés autour de la bioinformatique facilement trouvables et retrouvables pour le commun des bioinformaticiens...

Bioinformatique :
Enquête Bioinfo-fr 2018 : un portrait de la bioinfo

Après 1 mois et demi d'enquête et 1 mois et demi d'attente, voici donc l'article tant promis qui va décortiquer vos réponses!  Nous tenons par ailleurs à remercier tout les répondants qui ont donné de leur temps et qui auront partagé ce sondage dans leur entourage. Merci d'avoir contribué à cette enquête. 🙂
L'intégralité des données a été traitée via R dont les scripts sont disponibles sur le GitHub du blog...

Editorial :
6 ans... et des questions !

Vous ne le saviez peut-être pas mais nous venons de souffler fièrement notre sixième bougie !
6 ans ! Que de savoir autour de la bioinformatique partagé ! Merci à toutes et à tous pour vos soutiens sans faille.
On voulait marquer le coup cette année : nous avons donc mis en place un questionnaire orienté autour du quotidien d'un(e) bioinformaticien(ne). L'idée est de proposer une photo du paysage bioinfo francophone en 2018...

Editorial :
Et surtout : la bonne année !

Bonne année 2018 à vous tous les Geekus biologicus !
D'une pierre deux coups : nos vœux et la reprise des publications.
N'hésitez pas à venir toquer à la porte si jamais l'envie vous prend de rédiger un ou plusieurs articles !
Merci encore pour vos encouragements et votre suivi !
Gwenaëlle, Isabelle, Yohan et Yoann pour l'ensemble de l'équipe bioinfo-fr.net

Opinion :
Les commandements du stagiaire en bioinformatique

La période des stages n'est pas loin et toi, jeune étudiant(e) bioinformaticien(ne) - futur(e) stagiaire, te demandes comment choisir parmi toutes ces annonces. Pas de panique, c'est tout à fait normal de se poser toute une ribambelle de questions, nous y sommes tous passés. La bonne nouvelle c'est que c'est ton jour de chance : les réponses se trouvent (normalement) dans ce billet.
À la recherche du stage : Motivation, mon amie

La première des choses à cocher dans ta checklist c'est la motivation...

Entretien :
Questions à... Marie Beurton Aimar

Retrouvez ici la retranscription de la première Table Ouverte en  BIonformatique (TOBi) organisée à Lyon le 16 mars 2017

Clément DELESTRE (CD) : Merci d'être présente pour ce premier TOBi à Lyon, est-ce que tu peux nous présenter ta formation, ton parcours, etc ?

Marie Beurton-Aimar (MBA) : On va rire là... Alors moi je suis informaticienne, un peu atypique parce que je suis allée à l'université tard, j'ai fait ma thèse tard ; j'ai passé ma thèse en 2000 donc il n'y a pas très longtemps, même si pour vous ça  parait peut-être loin...

Conférence :
Remise des diplômes du master BIG (Rennes)

Le 27 Novembre 2015 s'est déroulé le BIG-Day, c'est à dire la remise des diplômes du master Bio-informatique et Génomique de Rennes. Pour cette journée, les responsables du master ainsi que les membres de l'association locale E-Bigo ont décidé de marquer le coup. Plus de 8 heures avec les étudiants du master actuel, des anciens ainsi que les enseignants pour des conférences, des surprises, des posters...

Formation :
Présentation de la licence BISM (ex-MIV) à Lyon 1

[Article publié le 12 mars 2014 et mis à jour le 2 décembre 2015]
Présentation
La licence BISM (Bio-Informatique, Statistique et Modélisation), anciennement appelée MIV, est un parcours de spécialisation de la licence de Biologie, à l'université Claude Bernard Lyon 1. L’accent de la formation est mis à la fois sur la bioinformatique et sur l'analyse des données au sens large (modélisation et statistiques)...

Opinion :
Aux origines de la bioinformatique

Pour changer des tutoriels et des perspectives sur l’avenir de la bioinformatique, je vous propose aujourd’hui un retour aux sources. En effet, nous allons voir comment est née la bioinformatique. Nolwenn vous en avait déjà parlé ici, mais plus d'un point de vue méthodologique.
S’interroger sur les origines de la bioinformatique nous permettra de répondre (ou pas) à la question « Qu’est-ce que la bioinformatique ? » et nous amènera également à faire un peu de philosophie des sciences...