Étiquette : bioinformatique
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De bioinformaticien à data scientist, un simple pas ?
Nombreux parmi nous se retrouvent un jour en fin de master/thèse ou postdoc de bioinformatique. A ce moment là, dans les difficultés de la recherche d'emplois on vient à se demander : "Et si je postulais à toutes ces offres de data scientist ?"Dans ces lignes, je vais donner mon avis de manière libre, sur pourquoi…
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Choisir entre R et Python en bioinformatique ? Regards croisés entre collègues enseignants-chercheurs
Gaëlle Lelandais et Pierre Poulain Qui sommes-nous ? Tous les deux passionnés par l’enseignement, les problématiques de big data et d’analyse de données en biologie, nous nous côtoyons professionnellement depuis 15 ans, avec écoute et bienveillance. Si l’étiquette de « bioinformaticien » nous est souvent attribuée, nous sommes pourtant très différents. Je (Gaëlle) travaille sur des problématiques de…
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Installer JupyterHub pour des Notebooks hébergés sur votre serveur
Vous connaissez sans doute déjà les notebooks Jupyter [1], ces documents web où l'on peut rédiger du contenu en Markdown, pouvant contenir des formules mathématiques en LaTeX, mêlées à des cellules de code Python, (ou R, Julia etc.) que l'on peut exécuter au cas par cas de façon interactive. Ils sont pas mal utilisés en…
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Blagues de bioinformaticiens
Plutôt que de vous coller un poisson en papier dans le dos en ce 1er Avril 2020 (de toute façon c'est difficile avec le confinement), je vous propose plutôt une collection de blagues dont la qualité générale n'est pas nécessairement à la hauteur de la réputation de ce blog. Un petit rébus : votre code doit…
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La première carte de la diversité génétique des poissons publiée
Introduction En ce début d’année 2020, notre équipe* a publié la première carte mondiale de la diversité génétique des poissons d’eau de mer et d’eau douce. C’est un instrument important pour la préservation des espèces. Cette première carte est publiée dans la revue Nature Communications. Comme j’ai réalisé l’ensemble des analyses bio-informatiques, je me suis…
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Bioinformaticien•ne : un métier toujours d’avenir
Qui d’entre nous ne s’est pas un jour trouvé en situation d’expliquer son métier de bioinformaticien·ne à ses (grand-)parents/cousins/boulangers/copains d’enfance, etc. ? La Société Française de BioInformatique (SFBI) a initié en 2016 un groupe de travail sur les Métiers de la Bioinformatique (MetBif). L'objectif principal est de mieux caractériser nos métiers et de les faire…
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Analyses bioinformatiques du coronavirus 2019-nCoV : pourquoi et comment ?
À l'époque de parution de cet article, le nouveau nom de la pneumonie de Wuhan 'COVID-19' et le nom définitif du virus 'SARS-CoV‑2' n'étaient pas connus. C'est pourquoi vous trouverez encore dans l'article ci-dessous l'ancien nom 2019-nCoV. Ce n'est plus un secret : à l'heure où ces lignes sont écrites le coronavirus, 2019-nCoV de son petit…
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Le déclin (relatif) de la production bioinformatique française
L’idée de cet article vient d’une étude réalisée en 2008 par Jean Lobry, Professeur à l’Université Claude Bernard – Lyon 1, ceci dans le cadre de ses enseignements en bioinformatique (plus exactement ses TD sur le langage R). Mon objectif était de regarder la dynamique de publication de la France dans le domaine de la…
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J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la vie
Python et la bioinformatique associés dans un livre, qui plus est écrit par deux maîtres de conférences passionnés de l'Université Paris Diderot que sont Patrick Fuchs et Pierre Poulain : nous nous devions de nous procurer cet ouvrage et de vous en faire une rapide retranscription ! Ce bouquin date de juillet 2019 et c'est tout simplement…