Archives par tags: bioinformatique

Actualité :
Blagues de bioinformaticiens

Plutôt que de vous coller un poisson en papier dans le dos en ce 1er Avril 2020 (de toute façon c'est difficile avec le confinement), je vous propose plutôt une collection de blagues dont la qualité générale n'est pas nécessairement à la hauteur de la réputation de ce blog.

Un petit rébus : votre code doit l'être.

Les blagounettes

Savez-vous quel est le meilleur ami du biologiste computationnel ? uǝıɥɔ-ıʇɐɯɹoɟuıoıq ǝ˥

Deux bio-informaticiens discutent en marchant, au retour d'une conférence...

Actualité :
La première carte de la diversité génétique des poissons publiée

Blennie de roux (Parablennius rouxi), poisson cryptobenthique connu en Méditerranée, photographié dans le Parc National des Calanques.Crédit: Emilie Boulanger

Introduction

En ce début d’année 2020, notre équipe* a publié la première carte mondiale de la diversité génétique des poissons d’eau de mer et d’eau douce. C’est un instrument important pour la préservation des espèces...

Brèves :
Bioinformaticien•ne : un métier toujours d’avenir

Qui d’entre nous ne s’est pas un jour trouvé en situation d’expliquer son métier de bioinformaticien·ne à ses (grand-)parents/cousins/boulangers/copains d’enfance, etc. ?

La Société Française de BioInformatique (SFBI) a initié en 2016 un groupe de travail sur les Métiers de la Bioinformatique (MetBif). L'objectif principal est de mieux caractériser nos métiers et de les faire connaître aussi bien au grand public qu'aux acteurs en lien avec notre communauté...

Actualité :
Analyses bioinformatiques du coronavirus 2019-nCoV : pourquoi et comment ?

À l'époque de parution de cet article, le nouveau nom de la pneumonie de Wuhan 'COVID-19' et le nom définitif du virus 'SARS-CoV-2' n'étaient pas connus. C'est pourquoi vous trouverez encore dans l'article ci-dessous l'ancien nom 2019-nCoV.

Ce n'est plus un secret : à l'heure où ces lignes sont écrites le coronavirus, 2019-nCoV de son petit nom scientifique, est en train de se propager dans le monde entier...

Opinion :
Le déclin (relatif) de la production bioinformatique française

L’idée de cet article vient d’une étude réalisée en 2008 par Jean Lobry, Professeur à l’Université Claude Bernard – Lyon 1, ceci dans le cadre de ses enseignements en bioinformatique (plus exactement ses TD sur le langage R). Mon objectif était de regarder la dynamique de publication de la France dans le domaine de la bioinformatique depuis qu’il existe des revues spécialisées dans ce domaine...

J'ai lu :
J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la vie

Couverture de "Programmation en Python pour les sciences de la vie", par P. Fuchs et P. Poulain

Python et la bioinformatique associés dans un livre, qui plus est écrit par deux maîtres de conférences passionnés de l'Université Paris Diderot que sont Patrick Fuchs et Pierre Poulain : nous nous devions de nous procurer cet ouvrage et de vous en faire une rapide retranscription !

Ce bouquin date de juillet 2019 et c'est tout simplement 275 pages de pur bonheur ! Décomposé en 22 chapitres s'imbriquant tous parfaitement les uns après les autres, il ne peut que (et doit !) devenir une référence dans l'apprentissage du langage Python, avec ou sans bio-informatique derrière...

Editorial :
Concours : Noël avant l'heure !

A l'occasion de la sortie de notre fiche de lecture sur le livre "Programmation en Python pour les sciences de la vie" et sur une gentille proposition de Pierre Poulain & Patrick Fuchs, nous vous proposons un petit jeu concours avant Noël.

Pour participer : il y a dans le livre un petit easter egg placé volontairement (et malicieusement) par nos deux auteurs. La ou le premier qui trouvera cette petite chose rigolote gagnera un livre dédicacé des deux auteurs (idéal pour un cadeau de Noël !) ainsi qu'une belle boite de chocolats ! Gourmandes, gourmands : à vous de jouer !

"hmmmmm"| vmaurin

Participation uniquement par mail à l'adresse concours[CHEZ]bioinfo-fr...

Opinion :
L'intérêt d'une communauté scientifique bioinformatique

"Tout seul on va plus vite, ensemble, on va plus loin".
Proverbe africain

Il est un constat que je fais de plus en plus souvent et qui m'attriste à chaque fois un peu plus : notre belle société semble tendre vers l'individualisme. Il est probable que l'émergence des réseaux sociaux et à l'actuel culte du nombrilisme associé y soit pour quelque chose. Mais discuter de tout cela ici serait totalement hors-sujet et inadapté à la ligne éditoriale de notre blog bio-informatique...

Editorial :
Rentrée 2019/2020, la bio-informatique de retour !

Saurez-vous deviner ce qui se cache derrière ce flou ?

Les bureaux sont à nouveau pleins, les projets arrivent en masse, l'IRC du blog se repeuple petit à petit avec des nouvelles têtes... Pas de doutes, c'est bien la rentrée, et le site sort de sa torpeur pour relancer la machine à articles autour de la bioinformatique !

On espère voir de nouveaux auteurs se manifester, étudiants comme professionnels, afin de voir cette année remplie de beaux articles...

Formation :
Présentation du parcours de bio-informatique BIM à Nice

crédits: Université Côte d'Azur

Le parcours bio-informatique BIM existe en licence et en master, à Nice, depuis plus de 10 ans. À l'occasion de sa refonte en 2019, une petite présentation s'impose !

Présentation

Le parcours bio-informatique BIM a pour objectif de former des étudiants ayant une formation initiale en biologie et/ou bio-informatique aux approches de bio-informatique, d'analyse de données de grande dimension, et de modélisation, notamment pour des applications dans les domaines des Omiques et de l'Imagerie...