JOBIM 2012 : le bilan

Les Jour­nées Ouvertes Bio­lo­gie, Infor­ma­tique et Mathé­ma­tiques (JOBIM) se sont tenues du 3 au 6 juillet 2012 à l'Université de Rennes 1 et plu­sieurs membres de Bioin­fo-Fr y par­ti­ci­paient. Nous avons donc sou­hai­té vous faire par­ta­ger cette confé­rence, d'une part sur Twit­ter via le hash­tag #JOBIM2012 mais aus­si sur notre blog. Afin de rendre la lec­ture de cet article agréable, nous n'avons pas mis toutes les réfé­rences aux articles scien­ti­fiques. Nous vous invi­tons à vous rendre sur la page de JOBIM 2012 pour les retrou­ver.

Cet article est assez consé­quent du fait des nom­breuses infor­ma­tions le com­po­sant et nous espé­rons que cela ne vous rebu­te­ra pas pour ce qui est de sa lec­ture.

JOUR 1

Arri­vés le matin dans le hall de l'université de Rennes 1, nous avons reçu une enve­loppe conte­nant notre badge et notre invi­ta­tion pour le repas de gala, puis un peu plus loin, un sac JOBIM2012… Le sac conte­nait les actes de la confé­rence et quelques bro­chures des entre­prises pré­sentes sur la confé­rence. Mais ! Quel est ce bruit ! Mais, mais oui ! Oui ! des cara­mels au beurre salé !!

Nous avons com­men­cé par une ses­sion "Molé­cules et séquences" avec deux pré­sen­ta­tions autour des lan­gages per­met­tant de repré­sen­ter les séquences. David B. Searls a d'abord dres­sé un pano­ra­ma des types de gram­maires et leurs uti­li­sa­tions. Ensuite, Cathe­rine Bel­lean­née nous a pré­sen­té LOGOL, un outil per­met­tant d'exprimer de nom­breux types de motifs de séquence avec contraintes. Puis, le ser­veur web SA-mot a été pré­sen­té par Les­lie Regad. Cet outil pro­pose d'analyser les boucles d'une struc­ture 3D de pro­téines afin de voir si un site fonc­tion­nel se cache­rait dans celles-ci. Enfin, Marie Chab­bert nous a pré­sen­té une méthode per­met­tant d'étudier une famille de pro­téines et un package R. Si vous sou­hai­tez l'essayer, bios2mds est dis­po­nible sur le CRAN.

Après un repas au res­tau­rant uni­ver­si­taire, nous avons repris avec une pré­sen­ta­tion d'Eric Rivals sur la régu­la­tion géno­mique ain­si qu'un topo sur le futur Ins­ti­tut Fran­çais de Bio­in­for­ma­tique par Jean-Fran­çois Gibrat : un pro­jet de 20 mil­lions d'euros, répon­dant à un appel d'offre natio­nal, four­nis­sant une infra­struc­ture infor­ma­tique pour la géno­mique et un cloud natio­nal. On aurait aimé avoir un peu plus d'infos mais le temps passe vite… Peut-être un futur article à ce sujet.

Une ses­sion pos­ters d'une heure et demie nous a per­mis de pré­sen­ter nos tra­vaux, d'une part à la com­mu­nau­té, mais aus­si à nos col­lègues de Bioin­fo-Fr. Nous avons ain­si pu faire plus ample connais­sance et par­ta­ger notre tra­vail car beau­coup d'entre nous ne nous connais­sions que sur inter­net.

La der­nière par­tie de la jour­née se dérou­lait en 4 ses­sions paral­lèles.

Au cours de la ses­sion "Pro­tein struc­ture", nous avons en par­ti­cu­lier appré­cié la pré­sen­ta­tion d'Élo­die Laine (ENS Cachan). Elle concer­nait le logi­ciel MONETA qui per­met de retrou­ver com­ment les rési­dus pro­pagent un chan­ge­ment de confor­ma­tion d'un bout à l'autre d'une struc­ture. Nous avons pu ain­si voir com­ment une muta­tion dans une boucle affecte la for­ma­tion d'un feuillet 15 Å plus loin.

La ses­sion "High through­put sequen­cing" était très orien­tée entre­prises. D'abord, Élo­die Dubus (Inge­nui­ty Sys­tems) a pré­sen­té une manière d'annoter rapi­de­ment les variants de resé­quen­çage humain. Ensuite Patri­cia Otten-Her­nan­dez (Fas­te­ris) a fait une intro­duc­tion aux tech­no­lo­gies Illu­mi­na avant de par­ler des infor­ma­tions impor­tantes à extraire des don­nées UHTS (Ultra High Through­put Sequen­cing). Enfin, Alain Meil (Kori­log & Inria/​IRISA GenS­cale Team) nous a pré­sen­té KLAST, un équi­valent de BLAST, pen­sé pour aller vite avec la même pré­ci­sion et pro­gram­mé pour le mul­ti­coeurs.

La jour­née s'est ter­mi­née par une récep­tion à la mai­rie de Rennes, petits fours et punch, avant de par­tir pour une crê­pe­rie avec l'équipe Bioin­fo-Fr pré­sente à Rennes !!

JOUR 2

Après une bonne nuit de som­meil, nous avons retrou­vé Ivo Hofa­cker pour une pré­sen­ta­tion des ARN, leurs struc­tures, leurs inter­ac­tions et de la ciné­tique de leur replie­ment. La ses­sion "Non-pro­tein world" s'est pour­sui­vie par la détec­tion des ARN longs non-codants (lncR­NA) chez le chien intro­duite par Chris­tophe Hitte. Enfin, Maude Pupin nous a pré­sen­té une boîte à outil pour la décou­verte de pep­tides non-ribo­so­maux ain­si qu'une base de don­nées les regrou­pant : NORINE.

Une deuxième ses­sion pos­ters s'est dérou­lée avant de pas­ser à l'assemblée géné­rale de la SFBI. Plu­sieurs ques­tions ont été sou­le­vées, en par­ti­cu­lier celle du recen­se­ment des contrats pré­caires dans la bio­in­for­ma­tique afin d'avoir des chiffres plus pré­cis.

Après le repas, nous avons eu le droit à une des meilleures pré­sen­ta­tion de la confé­rence : Pierre Bal­di sur l'apprentissage auto­ma­tique en pro­téo­mique. La pré­sen­ta­tion est reve­nue sur un demi-siècle de recherche en appren­tis­sage appli­qué aux pro­téines, le tout par­ti­cu­liè­re­ment bien illus­tré. La ses­sion "Pro­teins and inter­ac­tions" a conti­nué avec Céline Brouard sur l'inférence d'un réseau d'interactions pro­téine-pro­téine et Marine Jean­mou­gin sur une amé­lio­ra­tion de la signa­ture des gènes. Nous avons ter­mi­né cette ses­sion par une pré­sen­ta­tion de Bioin­fo-Fr. Elle est pas­sée à la pos­té­ri­té grâce au talent d'orateur de Yoann Mous­caz, un de nos chers admi­nis­tra­teurs, qui a réus­si à déclen­cher des applau­dis­se­ments avant la fin de son talk.

Enfin, nous sommes tous par­tis en bus pour St-Malo, la cité cor­saire. L'ambiance était très déten­due. Arri­vés à des­ti­na­tion et après un tour des rem­parts, nous sommes tous allés prendre un verre à la Java, petit bar renom­mé de St-Malo intra-muros. La soi­rée de gala se dérou­lait au Palais du Grand Large, dans une grande salle avec vue sur la mer, les rem­parts de St-Malo et le soleil cou­chant. Le repas était ani­mé par le cercle cel­tique "les Per­rières" ce qui a per­mis à presque toute la salle de se retrou­ver à dan­ser accro­chés par les petits doigts.

JOUR 3

Après une bonne courte nuit de som­meil, nous nous sommes retrou­vés presque au com­plet pour la ses­sion "Evo­lu­tion". La pre­mière confé­rence est pré­sen­tée par Hugues Roest Crol­lius sur l'aspect his­to­rique des pro­ces­sus bio­lo­giques. À par­tir de la recherche de séquences ances­trales, il nous pro­pose d'étudier l'apparition/disparition de cer­taines fonc­tions au sein d'un arbre phy­lo­gé­né­tique.

Après une pause café, nous avons repris par une ses­sion "Sys­tems bio­lo­gy" avec Denis Thief­fry qui nous a par­lé de GIN­sim, un outil per­met­tant une modé­li­sa­tion du pro­ces­sus de déci­sion cel­lu­laire. La pré­sen­ta­tion de Pierre Bla­vy nous a per­mis de décou­vrir une méthode de détec­tion des élé­ments-clé dans la régu­la­tion d'ensembles de gènes. Enfin, Andrès Ara­ve­na nous a pré­sen­té un raf­fi­ne­ment des réseaux de régu­la­tion de trans­crip­tion.

Le repas fut sui­vi d'une ses­sion "Algo­rithms for geno­mics" qui com­men­ça par une revue des algo­rithmes paral­lèles pour l'analyse des séquences bio­lo­giques. Ber­til Schmidt a dres­sé un pano­ra­ma des dif­fé­rents algo­rithmes et des dif­fé­rentes tech­niques de paral­lé­li­sa­tion. Nous avons pu en par­ti­cu­lier voir l'utilisation des GPU sur l'alignement de séquences, avec une nette pré­fé­rence pour CUDA par rap­port à Open­CL. Ber­til a éga­le­ment insis­té sur le besoin d'adapter les algo­rithmes tra­di­tion­nels afin de réus­sir à trai­ter les don­nées NGS. Valen­tin Loux nous a ensuite pré­sen­té un jeu de test pour les méthodes d'assemblage par ali­gne­ment sur un génome de réfé­rence. Un tel jeu de test n'existait pas et per­met aujourd'hui de com­pa­rer les méthodes exis­tantes. Enfin, Evgue­nia Kopy­lo­va nous a pré­sen­té Sort­MeR­NA, un outil per­met­tant de fil­trer les ARNs pour réa­li­ser ensuite des ana­lyses de meta­trans­crip­to­mique. Ce pro­jet a uti­li­sé les don­nées recueillies par "TARA Oceans". La ses­sion s'est ter­mi­née sur la pré­sen­ta­tion de l'association JeBif par Anne-Laure Abra­ham.

La der­nière par­tie de cette jour­née était sépa­rée en trois ses­sions paral­lèles. Nous avons assis­té à la ses­sion 9.A "Pro­tein and genome struc­ture" avec la pré­sen­ta­tion de CSA par Noël Mal­od-Dognin, un outil pour la com­pa­rai­son de struc­tures 3D des pro­téines. L'intérêt de cet outil est qu'il ne pro­pose pas qu'une seule mesure de simi­la­ri­té struc­tu­rale mais 5 mesures qu'on peut ensuite aisé­ment com­pa­rer grâce à une repré­sen­ta­tion "en cible". La ses­sion s'est pour­sui­vi par un outil d'extraction de motifs struc­tu­raux afin de clas­ser dif­fé­rem­ment les struc­tures de pro­téines et par une pré­sen­ta­tion très mathé­ma­tique de Hafedh M. Babou sur la com­plexi­té de deux pro­blèmes d'orientation de graphes.

Nous avons éga­le­ment assis­té à la ses­sion 9.C au cours de laquelle Chris­tophe Blan­chet nous a pré­sen­té le pro­jet de la pla­te­forme fran­çaise GRISBI qui regroupe six sites sur le ter­ri­toire fran­çais (PRABI Lyon, GenOuest Rennes et Ros­coff, CBiB Bor­deaux, BIPS Stras­bourg, CIB Lille, MIGALE Jouy-en-Josas). Sur le papier, tout était presque par­fait : une col­la­bo­ra­tion sans faille entre les labos, du maté­riel de pointe, une archi­tec­ture bien pen­sée. Mal­heu­reu­se­ment, nous sommes retom­bés de bien haut car nous sommes en France et les fonds ne se débloquent pas d'un cla­que­ment de doigts. Plu­sieurs points illo­giques nous ont inter­pel­lé, en par­ti­cu­lier le sui­vant : il s'agit d'un pro­jet assez impor­tant (on pour­rait même faci­le­ment dire prio­ri­taire) mais très peu de contrats ont été ouverts et lorsqu'il y en a eu, il s'agissait de CDD. Ain­si, une per­sonne embau­chée fait son job, très bien même, mais lorsque le contrat arrive à son terme, on se doit de la remer­cier. Quid du futur ? Eh bien, on atten­dra de nou­veaux fonds… Et on per­dra du temps à for­mer une nou­velle per­sonne… Peut-on réel­le­ment avan­cer ain­si ? Peut-on rat­tra­per les autres pays qui nous ont déjà bien dépas­sés ? Est-ce vrai­ment la bonne stra­té­gie ? Il semble que non et il semble que tout le monde soit bien conscient de cela mais rien ne bouge… Nous espé­rons en tout cas que la créa­tion annon­cée de l'IFB et ses 20 mil­lions d'euros aide­ront à amé­lio­rer tout ça et à ancrer ce pro­jet sur de vraies bases.

Le tra­vail déjà four­ni sur ce pro­jet mérite d'être sou­li­gné, sur­tout vu le peu de moyens dont les acteurs prin­ci­paux semblent avoir béné­fi­cié. Ne per­dez pas espoir, Rome ne s'est pas faite en un jour ! 🙂

Pour de plus amples infor­ma­tions : http://​www​.gris​bio​.fr/

Ensuite est venue la ses­sion des confé­rences dites indus­trielles. Pana­sas nous a pré­sen­té ses solu­tions de sto­ckage et ce qu'elle peut ame­ner à nos tra­vaux de recherche.

On nous a infor­mé que l'orateur pré­vu ne pour­rait pas venir et que sa col­lègue allait donc le rem­pla­cer pour assu­rer la com'. On sent le mode "la rache" enclen­chée. C'est osé et il faut res­pec­ter ça.

Beau­coup de solu­tions nous sont pré­sen­tées, ce qui dérange un peu reste le coté "vous avez abso­lu­ment besoin de nous". On se croi­rait un peu en train de regar­der un JT : le pré­sen­ta­teur a la voix grave, le monde va mal, on va tous y pas­ser… Mais non car heu­reu­se­ment ils ont le remède ! Plus beau, plus high-tech, plus léché que les concur­rents. Aucun prix énon­cé sur le sup­port visuel. On sent tout de même que l'oratrice n'est pas très à l'aise avec son sujet et qu'il y a des brèches. Nous pour­rions nous y glis­ser dans la séance des ques­tions mais par res­pect pour son cou­rage à assu­mer cette confé­rence inat­ten­due pour elle nous nous abs­tien­drons. Vous l'aurez com­pris, nous n'avons pas for­cé­ment été convain­cus… Bien ten­té quand même 🙂

La pré­sen­ta­tion de Nvi­dia était très atten­due. L'orateur était très à l'aise et connais­sait le sujet. Ce n'était pas un "simple" com­mer­cial… ras­su­rant. Il semble que la firme ait bien anti­ci­pé le futur, à savoir l'utilisation de la puis­sance des GPU (dont nous avons par­lé dans notre ancien article). Beau­coup de choses nous ont été pré­sen­tées et sont assez impres­sion­nantes. On peut, par exemple, citer le tout nou­veau par­te­na­riat entre NVIDIA et l'université de Reims (pre­mier par­te­na­riat fran­çais offi­ciel) qui va pou­voir fon­cer sur le déve­lop­pe­ment CUDA et se démar­quer très vite des autres labo­ra­toires aus­si bien fran­çais qu'étrangers. Bien que ces der­nières semaines NVIDIA et son CUDA aient été assez cri­ti­qués (lien ici pour les per­sonnes vivants sur Mars), l'orateur n'était pas oppo­sé à répondre à plu­sieurs de nos ques­tions au sujet de l'OpenCL par exemple. Une ouver­ture d'esprit très appré­ciable et pas for­cé­ment atten­due qui nous a beau­coup plu. Nous ne sommes pas ren­trés dans le débat, ces choses regar­dant en pre­mier lieu les prin­ci­paux inté­res­sés. Mais nous avons sui­vi tout ça avec beau­coup d'attention de notre place. Vous l'aurez com­pris, mal­gré le contexte qui ne leur est pas favo­rable en ce moment, NVIDIA nous a séduit et nous sui­vrons leur actua­li­té avec beau­coup d'intérêt.

JOUR 4

La mati­née du qua­trième jour fut consa­crée à l'évolution avec Toni Gabaldòn qui nous a pro­po­sé de reve­nir sur la phy­lo­gé­né­tique et son évo­lu­tion face aux quan­ti­tés de don­nées main­te­nant dis­po­nibles. En par­ti­cu­lier, il pro­pose de géné­rer les arbres par mor­ceaux pour les­quels nous avons une cer­taine "confiance" dans les don­nées.

Après la pause café, Ben­ja­min Linard nous a pré­sen­té son tra­vail sur les Evo­lu­Codes, une repré­sen­ta­tion visuelle et infor­ma­tique de l'historique des gènes. Cette repré­sen­ta­tion per­met de repé­rer "à l'œil" des gènes ayant la "même" his­toire au cours de l'évolution. Un tra­vail très inté­res­sant qui a d'ailleurs tapé dans l'œil du jury des prix JOBIM. Chris­tophe Hitte nous a ensuite pré­sen­té un outil per­met­tant de détec­ter les régions sous pres­sion sélec­tive chez le chien domes­tique. En effet, chez le chien, chaque race peut être vue comme un iso­lat géné­tique avec une rela­tion géno­type-phé­no­type très inté­res­sante. Nous avons ter­mi­né par GECA, un outil d'analyse de la conservation/​évolution des gènes chez les euca­ryotes. Enfin, nous avons assis­té à la pré­sen­ta­tion de DE^CODAGE, un groupe de tra­vail sur l'annotation de génome dont vous pour­rez trou­ver le forum de dis­cus­sion sur le site de la SFBI.

La mati­née a fini en apo­théose avec un repas typi­que­ment Ren­nais : la galette-sau­cisse !

Les posters

112 pos­ters ont été rete­nus cette année pour JOBIM. C'était assez impres­sion­nant car les pos­ters pre­naient la moi­tié du grand hall des amphis de l'université. Les orga­ni­sa­teurs ont volon­tai­re­ment orga­ni­sé des ses­sions pos­ters assez longues afin que cha­cun puisse dis­cu­ter avec un maxi­mum de per­sonnes. N'oublions pas que JOBIM a été créé afin que les cher­cheurs se ren­contrent et lancent des col­la­bo­ra­tions.

Les prix JOBIM 2012

Un jury avait la tâche d'élire le "meilleur" pos­ter et la "meilleure" pré­sen­ta­tion par­mi les tra­vaux de jeunes cher­cheurs ou doc­to­rants.

Le pos­ter gagnant fut celui pré­sen­tant le tra­vail de Nico­las Maillet et son équipe. Bra­vo à eux. Ce nom vous rap­pel­le­ra peut-être quelque chose car Nico­las écrit ici sous le doux pseu­do de Nico M. Encore bra­vo à lui ! Le Pos­ter gagnant de Nico M.

C'est la pré­sen­ta­tion de Ben­ja­min Linard de l'IGBMC qui a su séduire le jury de ces JOBIM 2012. Féli­ci­ta­tions à lui et pour l'ensemble de son tra­vail, il est vrai qu'il a d'autant plus de mérite que son talk était le ven­dre­di matin durant la der­nière ses­sion de pré­sen­ta­tions de la confé­rence. Il nous a pré­sen­té Evo­lu­Code que vous pour­rez décou­vrir ici en ver­sion article et ici pour ce qui est de la base de don­nées en elle-même. Ben­ja­min nous a contac­té après notre pré­sen­ta­tion, donc avant qu'il soit récom­pen­sé, et sem­blait être inté­res­sé pour par­ler un peu d'évolution sur Bioin­fo-Fr. Ben­ja­min, nous atten­dons de tes nou­velles 😉

Sur ces belles paroles et ces doux sou­ve­nirs nous ren­dons l'antenne et vous disons à l'année pro­chaine à Tou­louse pour JOBIM2013 !