JOBIM 2012 : interview exclusive des organisateurs

Tous les ans, les bio­in­for­ma­ti­ciens fran­co­phones de tout hori­zons sont conviés à JOBIM (Jour­nées Ouvertes en Bio­lo­gie, Infor­ma­tique et Mathé­ma­tiques). Nous avons pro­fi­té de la proxi­mi­té des deux prin­ci­paux orga­ni­sa­teurs de l'évènement de cette année pour aller les ren­con­trer et leur poser quelques ques­tions…

Syl­vain P. : "Bon­jour Pierre Peter­lon­go et Claire Lemaitre, vous orga­ni­sez cette année les Jour­nées Ouvertes en Bio­lo­gie, Infor­ma­tique et Mathé­ma­tiques, avant de com­men­cer pour­riez-vous vous pré­sen­ter s'il vous plait?"

Claire Lemaitre : Je suis Char­gée de Recherche à l'INRIA depuis un an, en bio­in­for­ma­tique. Mes thé­ma­tiques de recherche sont la géno­mique com­pa­rée, la com­pa­rai­son de séquences, de génomes com­plets, les méthodes pour ana­ly­ser les don­nées de type NGS (Next-Gene­ra­tion Sequen­cing pour Séquen­çage de nou­velle géné­ra­tion, NDLR). Je m’intéresse aus­si bien au déve­lop­pe­ment de méthode qu'à l'utilisation de ces méthodes pour obte­nir des résul­tats bio­lo­giques.

Pierre Peter­lon­go : Je suis aus­si Char­gé de Recherche INRIA depuis 3 ans. Ma for­ma­tion est plus orien­tée algo­rith­mique du texte et struc­ture de don­nées, donc très proche de l'informatique. J'ai fait une thèse en bioin­fo mais qui était très théo­rique. Mais depuis que je suis ici (INRIA de Rennes, NDLR) je suis beau­coup plus proche des bio­lo­gistes et je fais des choses qui me semblent beau­coup moins théo­riques, plus appli­quées. De plus, l'arrivée des NGS a com­plè­te­ment reboos­té toutes les recherches sur les struc­tures de don­nées asso­ciées aux pro­blé­ma­tiques d'algorithmique du texte.

Nico M. : "Qu'est ce que JOBIM exac­te­ment ?"

P.P. : La pre­mière édi­tion était en 2000 à Mont­pel­lier, cet été sera la 13ième édi­tion. C'est Marie-France Sagot (Direc­teur de Recherches à l'INRIA, Lyon, NDLR) et Oli­vier Gas­cuel (Direc­teur de Recherches CNRS au LIRMM, Mont­pel­lier, NDLR), qui étaient entre autre à l'initiative de JOBIM. L'idée était de regrou­per la com­mu­nau­té bioin­fo fran­co­phone.

C.L. : À l'époque, en 2000, la com­mu­nau­té devait être beau­coup moins struc­tu­rée qu'aujourd'hui, c'était rela­ti­ve­ment nou­veau comme domaine. D'où l'idée de faire des "Jour­nées Ouvertes" en bio­lo­gie, infor­ma­tique et mathé­ma­tique, pour qu'il y ait des acteurs des trois dis­ci­plines qui se ren­contrent.

P.P. : Oui, l'idée, c'est plus que les gens se ren­contrent et dis­cutent. Même si on est plus struc­tu­ré au niveau de JOBIM qu'au début, on essaie de gar­der cet esprit, les pauses sont très longues, il y a l'évènement social, le but c'est que les gens dis­cutent.

S.P. : "Com­ment est struc­tu­ré JOBIM cette année ?"

C.L. : Cette année, il y a 7 confé­ren­ciers invi­tés, pour des confé­rences plé­nières d'une heure. Entre ces confé­rences, il y a des pré­sen­ta­tions orales sur les résu­més qui auront été accep­tés par le comi­té de pro­gramme. Ces pré­sen­ta­tions durent 20 minutes et peuvent se dérou­ler aus­si bien en plé­nières qu'en ses­sions paral­lèles. C'est la deuxième année où il y a des ses­sions paral­lèles, les années pré­cé­dentes il y avait des "work­shops" satel­lites qui se dérou­laient avant ou après JOBIM. Il a été déci­dé l'année der­nière de ne plus faire de satel­lites mais de faire des ses­sions paral­lèles, pour que tout le monde se retrouve à JOBIM. Les ses­sions paral­lèles seront déter­mi­nées en fonc­tion des sou­mis­sions.

P.P. : Les ses­sions paral­lèles sont orga­ni­sées par thèmes. Et il y a aus­si beau­coup de pos­ters, l'an der­nier il y en avait une cen­taine.

C.L. : Cette année, il y aura aus­si une ou plu­sieurs ses­sions indus­trielles avec des pré­sen­ta­tions à visée com­mer­ciales et des démos.

N.M. : "En tant que doc­to­rant, peut-on sou­mettre ?"

C.L. : Dans l'appel à com­mu­ni­ca­tion, il est mar­qué clai­re­ment qu'on favo­rise les tra­vaux de doc­to­rants et de post-doc­to­rants.

S.P. : "Pour­quoi avez-vous choi­si d'organiser JOBIM cette année ?"

C.L. : C'est un peu cyclique, ça fait le tour des villes où il y a de la bioin­fo en France. Il y a un appel à la fin de chaque JOBIM pour l'année n+2.

P.P. : Moi j'étais moti­vé car mon pre­mier JOBIM, c'était en 2002 à Rennes et Saint-Malo, du coup je me suis dit que ça serait sym­pa d'organiser le 2012 ici aus­si. Bon, c'est pas la seule rai­son hein !

C.L. : Je pense aus­si que c'est bien pour un labo d'organiser une confé­rence comme ça, ça lui donne de la visi­bi­li­té.

P.P. : Je pense que c'est bien pour nous aus­si, on se fait connaitre.

N.M. : "Com­ment se passe l'organisation ? Est-ce que c'est une grosse tâche ?"

P.P. : Oui c'est assez impor­tant oui, c'est une bonne grosse tâche. Ici on a la chance d'avoir une cel­lule d'organisation de col­loque avec une per­sonne qui tra­vaille avec nous, Eli­sa­beth Lebret. Elle s'occupe de tout ce qui est finan­cier, elle a beau­coup de contact pour les salles, pour l'organisation des évè­ne­ments sociaux, etc. Par contre, c'est nous qui connais­sons les grosses boites de bioin­fo, les gros labos, qui fai­sons une grosse par­tie des demandes de sub­ven­tions. Il y a aus­si l'aspect "comm", faire les affiches, les cartes, même si on est bien aidés par le ser­vice "comm" de INRIA. Il y a éga­le­ment Marie-Noëlle Geor­geault qui s'occupe entre autre du site web. Mine de rien, on est sol­li­ci­té qua­si-quo­ti­dien­ne­ment en ce moment, pour les sub­ven­tions, gérer les bus, réser­ver les repas, les amphis, etc. Par contre, on ne s'occupe pas trop du côté scien­ti­fique, c'est Fran­çois Coste et Denis Tagu qui sont les pré­si­dents du comi­té de pro­gramme cette année.

C.L. : Oui, c'est eux qui ont écrit l'appel à com­mu­ni­ca­tion, c'est eux qui vont faire le pro­gramme, qui ont choi­si les confé­ren­ciers invi­tés, ils ont consti­tué le comi­té de pro­gramme, ils vont dis­tri­buer les résu­més aux "revie­wers"…

P.P. : Après, leur gros bou­lot sera de récu­pé­rer tous les avis des "revie­wers", de faire la sélec­tion de qui on prend et dans quelle sec­tion, d'organiser les ses­sions paral­lèles. Eux, ils vont avoir un énorme pic de bou­lot à ce moment là, nous c'est peut-être plus dif­fus sur l'année.

N.M. : "Au niveau de l'aspect finan­cier, com­bien ça coûte, qui finance ?"

P.P. : On est en gros à 120 000€ de bud­get, avec envi­ron 50 000€ de sub­ven­tion. Le reste sera pris sur les ins­crip­tions. Les salles sont prê­tées par l'Université de Rennes 1.

C.L. : Nous on paie les voyages et séjours des confé­ren­ciers invi­tés, le gala, les repas, les frais de publi­ca­tions, les affiches, les goo­dies… Au niveau des sub­ven­tions, on a fait envi­ron 70 demandes pour… peu de réponses posi­tives ! Ceux qui donnent le plus sont les mar­chands de maté­riel infor­ma­tique, pas les bio-tech­no­lo­gies !

P.P. : Oui, je pense qu'ils ont un coup à jouer en ce moment, notam­ment au niveau des NGS. Alors que ceux qui vendent du maté­riel de séquen­çage ont déjà convain­cu tout le monde dans ce genre de confé­rence.

S.P. : "Vous avez un lien avec la SFBI ?" (Socié­té Fran­çaise de Bio­In­for­ma­tique, http://​www​.sfbi​.fr/ NDLR)

C.L. : Oui, JOBIM est orga­ni­sé "sous l'égide de la SFBI". On a une conven­tion avec la SFBI, car avec les ins­crip­tions à JOBIM, il peut y avoir une adhé­sion à la SFBI cou­plée. Du coup, la SFBI nous donne 5000€, mais nous les lui rever­se­rons par le biais des adhé­sions. De plus, si la confé­rence fait des béné­fices, on va rever­ser 50% de ces béné­fices à la SFBI qui les rever­se­ra pour le JOBIM de l'année pro­chaine.

P.P. : On est aus­si bien aidé par le GdR BIM (Grou­pe­ment de Recherche Bio­in­for­ma­tique Molé­cu­laire NDLR), le CNRS nous donne 10 000€. Et ReNa­Bi (Réseau Natio­nal des plates-formes Bio­in­for­ma­tiques NDLR) nous verse aus­si 10 000€.

N.M. : "Com­ment fonc­tionne le comi­té scien­ti­fique avec Fran­çois Coste et Denis Tagu ?"

P.P. : Fran­çois à mis en place le site web Easy­Chair pour les sou­mis­sions avec des thé­ma­tiques etc. Toutes les sou­mis­sions vont être faites sur Easy­Chair et après ils vont dis­tri­buer aux "revie­wers" les dif­fé­rents articles, puis faire la syn­thèse.

N.M. : "Com­bien de per­sonnes atten­dez-vous envi­ron ?"

P.P. : 300 à 400 per­sonnes. À Paris en 2011 il y avait plus de 400 per­sonnes, donc on aura cer­tai­ne­ment moins de per­sonnes cette année, Paris c'est plus cen­tral, c'est plus facile.

C.L. : Par contre cette année on a fait beau­coup de "comm", on espère que ça va mar­cher.

P.P. : 327 per­sonnes moi je dirais.

C.L. : moi je dis plus, 350. (rire)

S.P. : "Sinon, le tra­vail c'est bien, mais il n'y a pas que ça non plus ! Il y a aus­si les évè­ne­ments sociaux ! Qu'avez-vous pré­vu ?"

C.L. : Oui, c'est indis­pen­sable 🙂

P.P. : On va être reçu à la mai­rie de Rennes pour un cock­tail et un élu qui fera un dis­cours. Et le "vrai" évè­ne­ment social ce sera le repas de gala à Saint-Malo !

C.L. : Et avec un petit temps libre avant dans les rem­parts.

P.P. : Et peut-être d'autres sur­prises 😉

N.M. : "Fina­le­ment, les dates impor­tantes ?"

P.P. : Alors une date impor­tante c'est le 2 Juillet, c'est mon anni­ver­saire ! Après, bon… Il y a JOBIM après, du 3 au 6 Juillet 2012 donc. La date limite de sou­mis­sion est le 11 Mars ! (repous­sée au 18 mars, NDLR)

N.M. & S.P. : "Ok, bon bah il faut qu'on se presse pour sou­mettre, alors ! Mer­ci à vous deux !"

Un grand mer­ci à Claire Lemaitre et Pierre Peter­lon­go pour le temps qu'ils nous ont consa­cré afin de mener à bien cette inter­view ain­si que pour l'autorisation d'utiliser les images de JOBIM dans cet article !