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Le rôle de la bioinformatique dans les labos collaboratifs

Y a-t-il une place pour la bioinformatique dans les structures du type « Do it yourself biology », « Bio-hackers spaces » et autres FabLabs ?

Avant de répondre à cette question, quelques précisions sur ces espaces collaboratifs sont nécessaires. Il s’agit de curieux et de passionnés qui se retrouvent dans des caves… ou des laboratoires pour élaborer des projets créatifs et novateurs, et défendre la philosophie du libre accès à la connaissance. Le poste de Shalf regroupe quelques vidéos et des sources bibliographiques de références dans ce domaine en ébullition.

Ces lieux hors du commun ont été créés aux Etats-Unis par de formidables idéalistes comme Mitch Altman. Une Charte leur permet de fixer les buts et les limites de leur action avec des règles de vie en groupe. Une envie de jouer, avec la matière et la science, les motive. Le design, le marketing et d’autres disciplines se croisent dans ces lieux qui occupent parfois des espaces de « Co-working ».


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Les laboratoires collaboratifs orientés en biologie se sont érigés en une association internationale, depuis 2008, qui regroupe tous les lieux estampillés DIYbio, avec notamment La paillasse à Paris. Vous pourrez trouver d'autres espaces DIYbio ici. D'autres labos collaboratifs orientés en électronique sont regroupés sous l’appellation FabLab, avec notamment celui du célèbre Barbu de la grotte du barbu en Creuse (France), le RuralLab, Ou encore les FabLabs suisses. L’appellation "Hacker space" est à l'origine utilisée par les labos collaboratifs orientés en informatique, mais elle s'applique, aujourd'hui, à tous ces espaces collaboratifs où les passionnés se rencontrent et travaillent.

Les célèbres conférences TED ont vu passer quelques membres de FabLab, comme par exemple Nicolas Huchet qui présente son projet de prothèse de main imprimée en 3D lors de TEDx de Rennes ci dessous.


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Un Hackuarium à l’ UniverCité

Locaux de l'association Hackuarium (CC-BY 3.0 funambuline)

Un nouvel espace dédié à l'innovation participative a récemment ouvert à Renens (en Suisse, près de Lausanne). Dans ce lieu insolite nommé UniverCité, l’association Hackuarium à établi son quartier général. J’ai pu y croiser quelques personnalités volontaires et créatives avec lesquelles nous avons mené un petit projet bioinformatique d’impression de modèles 3D de protéines. Un tutoriel sur la méthode utilisée est disponible ici. L’association Hackuarium est très active et sera présente dans des évènements comme les Design Days et la Nipconf. Enfin l'exposition LAB/LIFE au Musée de la main à Lausanne, va proposer au public deux structures de protéines en 3D produites en collaboration avec Hackuarium, l’éprouvette de l’UNIL et la plateforme d’impression 3D de STI à l’EPFL.

Impression 3D de la protéine COX1

La Bioinformatique démocratisée ?

La bioinformatique ouvre des perspectives importantes dans le domaine de la médecine personnalisée. Elle permet l’étude des pathogènes viraux et bactériens, ainsi que d’autres études fondamentales sur les mécanismes moléculaires propres à la vie. Comment démocratiser une discipline aussi éloignée du grand public ?

Minions issus du film " (source)

Il est possible de réaliser aujourd’hui des analyses importantes sur un simple ordinateur de bureau. Une grande partie des logiciels et des données sont en libre accès sur le WEB. Les nouvelles technologies de séquençage minION de Nanopore ou les « Lab on chip » permettront à leur tour la démocratisation de cette discipline. Marc Robinson-Rechavi nous explique, dans son blog « tout se passe comme ci », les possibilités de cette technologie de séquençage portable. Dans un article intitulé « De l'explosion du tout séquençage à la médecine », Yoann M donne un bon aperçu des avantages et des intérêts économiques derrières ces outils prometteurs. Enfin, l'enthousiasme communicatif de Mark Akeson achève de nous convaincre de l'avenir de ces produits haute technologie.


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Le prix de ces bijoux de technologie sera un jour prochain accessible à des laboratoires collaboratifs, ou à des particuliers, pour mener des études indépendantes sur l’environnement et la surveillance sanitaire entre autres. Les Bio-hackers se feront un plaisir de développer des protocoles pour ces outils et les bioinformaticiens pourront mettre en place les programmes nécessaires à  l'exploration des données produites. Un véritable ras-de marée de données va déferler sur les laboratoires !

minion-nanopore-technologies-2

Le séquenceur portable minION

Dans un avenir plus lointain, des imprimantes à ADN  feront peut-être partie de la panoplie de tout laboratoire digne de ce nom. Imaginez les possibilités en matière de biologie synthétique, mais tout ceci est encore de la science-fiction (pour le moment).

Les labos collaboratifs et les « Co-working spaces » sont des endroits où vous allez rencontrer  le co-fondateur de votre start-up. Ils permettent le prototypage, la recherche et le développement de projets ayant des applications industrielles. Ces lieux sont de réels réservoirs d’idées où la bioinformatique sera un atout pour le succès de projets utiles à la société, dans la philosophie du libre, propre aux pionniers d’Internet et des nouvelles technologies.

 

Un grand merci pour le travail de relecture à nallias, Julien et ook4mi.

  • À propos de
  • Doctorant à l’école polytechnique de Lausanne (EPFL) dans le laboratoire de biologie computationnelle des systèmes. Je travaille sur le rythme circadien dans le foie de souris en utilisant des données de séquençage de nouvelle génération (CHiP-seq, RNA-seq, etc). J’aime la bioinformatique, les arts martiaux et la guitare.

4 commentaires sur “Le rôle de la bioinformatique dans les labos collaboratifs

  1. Mon article préféré sur ce blog ! Merci de l\'avoir écrit.

    (Ca fait très spam comme commentaire je trouve ; est-ce que ça va passer ?)

    • Merci,

      Je dois dire que ton blog vaut aussi le détour et que l\'article sur le minION m\'a beaucoup inspiré pour ce billet. N’hésite pas à passer à Hackuarium à l\'occasion!
      On fait des \"open Lab\" tous les mercredi soirs.
      A bientôt.

  2. joli article!

  3. Et bien, j\'en apprend beaucoup 🙂 Très bon article.

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