Étiquette : annotation

  • Qu'est-ce qu'un site d'initiation de la transcription ?

    Qu'est-ce qu'un site d'initiation de la transcription ?

    Comment je me suis posé la question. Chez les euca­ryotes, l'ADN est orga­ni­sé en domaines plus ou moins com­pac­tés, avec des taux de trans­crip­tion plus ou moins éle­vés, et qui sont mar­qués dif­fé­ren­tiel­le­ment par un cer­tain nombre de marques épi­gé­né­tiques (méthy­la­tion de l'ADN, modi­fi­ca­tions post-tra­duc­tion­nelles des his­tones, variants d'histones, etc.). Il est fré­quent d'essayer de…

  • Les éléments répétés du génome humain : aperçu rapide avec R et le tidyverse

    Les éléments répétés du génome humain : aperçu rapide avec R et le tidyverse

    Dans un pré­cé­dent article, nous avions regar­dé le fichier d'annotation des gènes du génome humain d’après Gen­code. J'avais uti­li­sé pour cela la puis­sante com­bi­nai­son dplyr + ggplot2 (packages cen­traux du tidy­verse), par­ti­cu­liè­re­ment adap­tée à tout ce qui est mani­pu­la­tion et visua­li­sa­tion de don­nées tabu­laires. Mais notre génome n'est pas consti­tué que de gènes, loin s'en…

  • Promiscuité enzymatique, ou comment gérer l'annotation des enzymes

    Promiscuité enzymatique, ou comment gérer l'annotation des enzymes

    N'importe quel bio­in­for­ma­ti­cien, débu­tant ou confir­mé, s'est confron­té au moins une fois dans sa vie à ce pro­blème : l'annotation d'une séquence. Vous me direz, faciiiiiile ! Il y a désor­mais des tonnes d'outils qui per­mettent, très rapi­de­ment en plus, de trou­ver une fonc­tion pour une séquence ! Alors, déjà, il y a BLAST, Inter­Pro, Pfam, PRIAM, HMMER, ……

  • Reconstruction automatique de réseaux métaboliques

    Reconstruction automatique de réseaux métaboliques

    Le nombre de génomes séquen­cés croît aujourd'hui expo­nen­tiel­le­ment. Il est pro­bable que d'ici peu de temps cha­cun d'entre nous puisse avoir la séquence de son propre génome pour une poi­gnée de dol­lars en quelques jours seule­ment. On peut d'ailleurs se réfé­rer à ce récent débat vidéo, dans lequel inter­vient notam­ment le pro­fes­seur Denis Duboule (géné­ti­cien…