Étiquette : annotation
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Qu'est-ce qu'un site d'initiation de la transcription ?
Comment je me suis posé la question. Chez les eucaryotes, l'ADN est organisé en domaines plus ou moins compactés, avec des taux de transcription plus ou moins élevés, et qui sont marqués différentiellement par un certain nombre de marques épigénétiques (méthylation de l'ADN, modifications post-traductionnelles des histones, variants d'histones, etc.). Il est fréquent d'essayer de…
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Les éléments répétés du génome humain : aperçu rapide avec R et le tidyverse
Dans un précédent article, nous avions regardé le fichier d'annotation des gènes du génome humain d’après Gencode. J'avais utilisé pour cela la puissante combinaison dplyr + ggplot2 (packages centraux du tidyverse), particulièrement adaptée à tout ce qui est manipulation et visualisation de données tabulaires. Mais notre génome n'est pas constitué que de gènes, loin s'en…
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Promiscuité enzymatique, ou comment gérer l'annotation des enzymes
N'importe quel bioinformaticien, débutant ou confirmé, s'est confronté au moins une fois dans sa vie à ce problème : l'annotation d'une séquence. Vous me direz, faciiiiiile ! Il y a désormais des tonnes d'outils qui permettent, très rapidement en plus, de trouver une fonction pour une séquence ! Alors, déjà, il y a BLAST, InterPro, Pfam, PRIAM, HMMER, ……
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Reconstruction automatique de réseaux métaboliques
Le nombre de génomes séquencés croît aujourd'hui exponentiellement. Il est probable que d'ici peu de temps chacun d'entre nous puisse avoir la séquence de son propre génome pour une poignée de dollars en quelques jours seulement. On peut d'ailleurs se référer à ce récent débat vidéo, dans lequel intervient notamment le professeur Denis Duboule (généticien…