Étiquette : bonnes pratiques
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Créer une documentation automatique avec Doxygen et Sphinx en CI/CD GitLab
Je me suis amusé à écrire une mini librairie C++ pour l'algèbre linéaire (matrices et vecteurs, …) et j'ai eu envie de générer une documentation à partir du code source. Je me suis renseigné un peu et j'ai découvert Doxygen, un outil écrit en C++ qui permet de générer de la documentation à partir des…
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J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la vie
Python et la bioinformatique associés dans un livre, qui plus est écrit par deux maîtres de conférences passionnés de l'Université Paris Diderot que sont Patrick Fuchs et Pierre Poulain : nous nous devions de nous procurer cet ouvrage et de vous en faire une rapide retranscription ! Ce bouquin date de juillet 2019 et c'est tout simplement…
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S'outiller et s'organiser pour mieux travailler
TL;DR La reproductibilité, c’est la vie (dans le monde scientifique) ! Tout résultat doit pouvoir être reproduit. La technologie permet de faciliter la recherche de reproductibilité. Les cahiers de laboratoire papiers ne sont plus du tout adaptés à la recherche actuelle et au besoin de reproductibilité. Je préconise donc d’utiliser git et GitHub, de bien…
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Écrire son parseur à la main — chroniques d'une mauvaise bonne idée
Partie 1 Où l'on prend conscience de l'existence de standards, et de leur nécessité. Tout petit programme s'éveillant au monde se trouvera un jour face à ses obligations : s’interfacer avec ce dernier. La lumière extérieure devra alors pénétrer son petit antre, apportant malicieusement l'information de mille autres petits programmes, si hétéroclites et désordonnés que nul…
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The Bio Code : guide du bon broinformaticien
Malgré la multitude d’outils déjà existants, les occasions d'écrire du code sont nombreuses en bioinformatique. Hormis pour les pousse-boutons avertis, le développement fait souvent partie du quotidien d’un bioinformaticien. Personnellement, c’est une activité qui me plaît beaucoup dans ce métier. Développer ses propres applications et outils apporte toujours une certaine satisfaction (et quand ça fonctionne,…
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Lâchez vos coms !
Je souhaiterais partager avec vous dans ce billet quelques petites choses qui relèvent plus de l'anecdote personnelle que de l'article sérieux. J'espère que vous ne m'en voudrez pas si je prends le risque de baisser un peu le niveau de ce blog, mais ça fait un moment que le sujet me trottait en tête. Les…