Étiquette : bonnes pratiques

  • Créer une documentation automatique avec Doxygen et Sphinx en CI/​CD GitLab

    Créer une documentation automatique avec Doxygen et Sphinx en CI/​CD GitLab

    Je me suis amu­sé à écrire une mini librai­rie C++ pour l'algèbre linéaire (matrices et vec­teurs, …) et j'ai eu envie de géné­rer une docu­men­ta­tion à par­tir du code source. Je me suis ren­sei­gné un peu et j'ai décou­vert Doxy­gen, un outil écrit en C++ qui per­met de géné­rer de la docu­men­ta­tion à par­tir des…

  • J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la vie

    J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la vie

    Python et la bio­in­for­ma­tique asso­ciés dans un livre, qui plus est écrit par deux maîtres de confé­rences pas­sion­nés de l'Université Paris Dide­rot que sont Patrick Fuchs et Pierre Pou­lain : nous nous devions de nous pro­cu­rer cet ouvrage et de vous en faire une rapide retrans­crip­tion ! Ce bou­quin date de juillet 2019 et c'est tout sim­ple­ment…

  • S'outiller et s'organiser pour mieux travailler

    S'outiller et s'organiser pour mieux travailler

    TL;DR La repro­duc­ti­bi­li­té, c’est la vie (dans le monde scien­ti­fique) ! Tout résul­tat doit pou­voir être repro­duit. La tech­no­lo­gie per­met de faci­li­ter la recherche de repro­duc­ti­bi­li­té. Les cahiers de labo­ra­toire papiers ne sont plus du tout adap­tés à la recherche actuelle et au besoin de repro­duc­ti­bi­li­té. Je pré­co­nise donc d’utiliser git et GitHub, de bien…

  • Écrire son parseur à la main — chroniques d'une mauvaise bonne idée

    Écrire son parseur à la main — chroniques d'une mauvaise bonne idée

    Partie 1 Où l'on prend conscience de l'existence de stan­dards, et de leur néces­si­té. Tout petit pro­gramme s'éveillant au monde se trou­ve­ra un jour face à ses obli­ga­tions : s’interfacer avec ce der­nier. La lumière exté­rieure devra alors péné­trer son petit antre, appor­tant mali­cieu­se­ment l'information de mille autres petits pro­grammes, si hété­ro­clites et désor­don­nés que nul…

  • The Bio Code : guide du bon broinformaticien

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    The Bio Code : guide du bon broinformaticien

    Mal­gré la mul­ti­tude d’outils déjà exis­tants, les occa­sions d'écrire du code sont nom­breuses en bio­in­for­ma­tique. Hor­mis pour les pousse-bou­tons aver­tis, le déve­lop­pe­ment fait sou­vent par­tie du quo­ti­dien d’un bio­in­for­ma­ti­cien. Per­son­nel­le­ment, c’est une acti­vi­té qui me plaît beau­coup dans ce métier. Déve­lop­per ses propres appli­ca­tions et outils apporte tou­jours une cer­taine satis­fac­tion (et quand ça fonc­tionne,…

  • Lâchez vos coms !

    Lâchez vos coms !

    Je sou­hai­te­rais par­ta­ger avec vous dans ce billet quelques petites choses qui relèvent plus de l'anecdote per­son­nelle que de l'article sérieux. J'espère que vous ne m'en vou­drez pas si je prends le risque de bais­ser un peu le niveau de ce blog, mais ça fait un moment que le sujet me trot­tait en tête. Les…