- Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012 -

J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la vie

Cou­ver­ture de "Pro­gram­ma­tion en Python pour les sciences de la vie", par P. Fuchs et P. Pou­lain

Python et la bio­in­for­ma­tique asso­ciés dans un livre, qui plus est écrit par deux maîtres de confé­rences pas­sion­nés de l'Université Paris Dide­rot que sont Patrick Fuchs et Pierre Pou­lain : nous nous devions de nous pro­cu­rer cet ouvrage et de vous en faire une rapide retrans­crip­tion !

Ce bou­quin date de juillet 2019 et c'est tout sim­ple­ment 275 pages de pur bon­heur ! Décom­po­sé en 22 cha­pitres s'imbriquant tous par­fai­te­ment les uns après les autres, il ne peut que (et doit !) deve­nir une réfé­rence dans l'apprentissage du lan­gage Python, avec ou sans bio-infor­ma­tique der­rière. Car en effet, même si une grande par­tie des exemples et exer­cices sont axés autour de cas concrets bio­in­for­ma­tiques, le lec­teur peut aisé­ment s'en sor­tir sans grosses connais­sances en bioin­fo. Cela reste de l'introduction au domaine pour envi­ron 80% des exer­cices.

Mais atten­tion : celles et ceux qui sou­hai­te­raient aller dans le dur de la bioin­fo ne seront pas délais­sés car il y a aus­si de quoi faire avec une série de mini-pro­jets vrai­ment sym­pa­thiques.
Le niveau mini­mum recom­man­dé est celui d'un étu­diant de licence 3, mais pour avoir vu de près les nou­veaux pro­grammes de lycée, on peut affir­mer que ce bou­quin peut être uti­li­sé dès la classe de pre­mière pour les lycéens ayant choi­si des options avec une intro­duc­tion à la pro­gram­ma­tion.

Glo­ba­le­ment, c'est vrai­ment un sans faute et on retrouve dans l'ouvrage tout ce dont il faut par­ler sur Python : variables, fonc­tions, classes, objets, tests… et même un cha­pitre entier sur les bonnes pra­tiques de pro­gram­ma­tion en Python !
De plus, les auteurs n'ont pas été avares en petits liens web et astuces sym­pa­thiques. On ne peut qu'apprécier tout cela !
Si vrai­ment on vou­lait cher­cher la petite bête on pour­rait regret­ter l'absence d'un cha­pitre consa­cré à la pré­sen­ta­tion d'un envi­ron­ne­ment de déve­lop­pe­ment (IDE) et à l'introduction aux envi­ron­ne­ments vir­tuels. Ils sont en effet (trop) rapi­de­ment évo­qués au tout début, mais clai­re­ment on chi­pote.

Vous l'aurez com­pris, on ne peut que conseiller cet ouvrage, en fran­çais, pour toute per­sonne vou­lant se lan­cer dans la pro­gram­ma­tion Python et pour tous les étu­diants en bio­in­for­ma­tique.
D'ailleurs, pour citer les deux auteurs :
"Nous espé­rons que vous aurez autant de plai­sir à apprendre Python que nous en avons à l'enseigner, tous les ans, avec la même ardeur !"
Et bien oui mes­sieurs le plai­sir est bel et bien au ren­dez-vous !

Vous le retrou­ve­rez nor­ma­le­ment dans toutes les bonnes librai­ries ou sur le site de l'éditeur au prix de 29euros.
En tout cas, il est main­te­nant lu et approu­vé par le Gee­kus bio­lo­gi­cus que je suis !
Et enfin, la cerise sur le gâteau :  afin de pro­mou­voir le par­tage des connais­sances et le logi­ciel libre Pierre et Patrick ont déci­dé de faire don des droits d'auteurs pro­ve­nant de la vente de cet ouvrage à Wiki­mé­dia France et Num­FO­CUS. La classe jusqu'à la der­nière page. Encore bra­vo mes­sieurs.

Un gros mer­ci à mes relec­teurs : Gwe­naëlle, Plopp, Léo­pold et Nol­wenn.




Commentaires

3 réponses à “J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la vie”

  1. Avatar de gbsdm4doe

    Mer­ci pour cette pré­sen­ta­tion. Je tourne depuis long­temps autour de Python, en ayant tout de même fait quelques appli­ca­tions. Je vais le com­man­der chez mon libraire.

  2. Bon­jour !
    C'est quand dingue, j’étais en train de suivre un tuto sur angu­lar sur les cus­tom direc­tives et dans mes tests je me suis amu­sé à tes­ter l’événement key­press en tapant comme un fou sur plein de touches afin de voir des cou­leurs se géné­rer aléa­toi­re­ment. Puis tout d'un coup un onglet s'ouvre et votre site s'affiche !
    je pense avoir par inad­ver­tance fait une com­bi­nai­son et qui a ouvert l'un de mes sites en favo­ris.
    Car oui pour­quoi la bio-info ? j'ai fait des études dans les bio­tech­no­lo­gies, suit par­ti ensuite à l'armée, puis ai fait ma recon­ver­sion en infor­ma­tique jusqu'au mas­ter avec une sou­te­nance sur un sujet de bioin­fo (ana­lyse de don­nées issues des MPT des pro­téines).
    Curieux et ravi de tom­ber sou­dai­ne­ment sur ce mer­veilleux site, je vois alors cet article, et je pense me l'acheter très vite !!!
    j'aurai tel­le­ment aimé être bio­in­for­ma­ti­cien !
    j'aimerai beau­coup créer une appli­ca­tion mobile utile pour la science et acces­sible au grand public comme cer­taines qui existent déjà et qui demandent de prendre en pho­to des plantes et à des endroits pré­cis ou même de lan­cer cer­tains cap­teurs du télé­phone, bref.

    Mer­ci 🙂

  3. Hel­lo ! Est ce qu'il y a davan­tage de conte­nu que ce qui est dis­po sur leur site web ?
    Le pdf était très inté­res­sant en tt cas.

Laisser un commentaire