Étiquette : csv
-
Bioconvert — simplifier les conversions de formats
Bioconvert Qui n'a jamais eu à convertir un fichier de données biologiques dans un autre format ? Il y a bien sur le classique fastq vers fasta, pour lequel nombre d'entre nous ont codé un convertisseur "maison", pas forcément optimal. D'autres formats sont parfois plus problématiques, par exemple la conversion vers et depuis GFF2/GFF3. De ces différents…
-
Écrire son parseur à la main — chroniques d'une mauvaise bonne idée
Partie 1 Où l'on prend conscience de l'existence de standards, et de leur nécessité. Tout petit programme s'éveillant au monde se trouvera un jour face à ses obligations : s’interfacer avec ce dernier. La lumière extérieure devra alors pénétrer son petit antre, apportant malicieusement l'information de mille autres petits programmes, si hétéroclites et désordonnés que nul…
-
Open Refine
Un grand coup de balai Le nettoyage de données est un défi en bioinformatique. Entre les personnes qui veulent réinventer les standards et les personnes qui ne savent pas les suivre, nous nous trouvons souvent en train de nettoyer, de formater et de changer la structure de nos données pour qu'elles soient conformes à une…