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Astuce :
Formaliser ses protocoles avec Snakemake

Vous avez dit protocole?
Mon prochain protocole. Sans aucun doute un pas de géant pour la science.
Qui dit biologie et bioinformatique dit protocole expérimental. C'est le cœur de la démarche scientifique, et un formalisme adapté est la clef pour assurer la reproductibilité des expériences, et ainsi garantir la validation des découvertes par la communauté. En paillasse, les solutions pour formaliser et conserver les protocoles sont plutôt naturellement pragmatiques et éprouvées par les années...

Découverte :
Métagénomique et Graphique de Recrutement : chercher l'aiguille dans la botte de foin !

La croisade contre les Albigeois, vers 1208. Manuscrit tiré des "Chronique de France ou de Saint Denis", 1325-1350. Source : Wikimedia Commons.
Un intérêt certain se développe pour la compréhension d'écosystèmes complexes comme les eaux, les sols ou encore les microbiomes (plus de 90% des cellules du corps humain sont en fait les bactéries qui peuplent son tube digestif). Plusieurs difficultés se posent :

la plupart des organismes présents ne sont pas facilement cultivables et donc individualisables...