Archives par tags: Perl

Découverte :
Introduction à Circos

La visualisation de données est un problème récurrent dans un grand nombre de disciplines. En bioinformatique, il est souvent difficile de représenter de manière efficace des quantités massives de données. Une « bonne » représentation graphique doit être adaptée au type de données que l’on souhaite visualiser et surtout aux résultats que l’on souhaite mettre en évidence. Par exemple, l’histogramme est un bon moyen d'étudier la répartition d’une variable, un graphe  est un moyen de visualisation efficace pour représenter des interactions, etc...

Découverte :
Bien commencer en bioinformatique

"Je n'y connais rien en informatique", "C'est trop compliqué pour moi" ou "Je ne sais pas par où commencer" sont des phrases qui nous servent souvent d'excuse pour ne pas nous lancer dans le grand bain de la bioinformatique. Biologiste de formation, j'ai moi-même à plusieurs reprises repoussé l'échéance avant de sauter, ne sachant comment m'y prendre ou voulant commencer directement par des choses trop complexes...

Découverte :
À la découverte de BioMart !

Dans le cadre de mon travail, j'ai récemment découvert un outil formidable pour la consultation et la récupération de données à partir de certaines banques : BioMart.

Après avoir passé la frustration de devoir utiliser l'interface du service fourni pour télécharger les différentes données dont j'avais besoin, je me suis renseignée davantage sur ce logiciel. De façon simpliste, on peut définir BioMart comme un programme que l'on peut trouver sur certaines banques sous la forme d'un service web...

Découverte :
Débuter avec l'API Ensembl (Perl)

But : Découvrir comment on peut accéder très simplement aux informations d'Ensembl à l'aide d'un script Perl.
Niveau : débutant.
Pré-requis : Avoir des notions de Perl allant jusqu'à l'utilisation de librairies. Avoir accès à une machine où les librairies Perl d'Ensembl sont installées.
Parmi les sites agrégeant de l'information biologique, Ensembl fournit une API (Application Programming Interface) Perl qui permet de développer des programmes (en Perl donc) pour accéder à cette information...

Découverte :
Récupérer la fiche d'un gène avec les Eutils du NCBI

En bioinformatique il n'est pas rare que l'on ait besoin d’accéder à des informations disponibles sur des bases de données internationales, nous verrons ici le cas de la banque Gene du NCBI. Avant de s'intéresser à la récupération d'une fiche d'un gène en passant par les Eutils, un peu de théorie et d'explications sur une fiche type s'impose.
Pourquoi choisir d'utiliser les Eutils ?
Bien qu'il soit possible de jouer avec la construction d'une URL afin de récupérer la fiche d'un gène au format texte ou XML directement sur le serveur officiel, le NCBI préconise plutôt l'utilisation du serveur Eutils, qui est un outil dédié à l'exécution massive externe de ce genre de requête...

Astuce :
Transformer une sortie de Blast xml en format GenBank

Bonjour, et bienvenu dans mon premier article concernant mon script Perl Blast2Gb.pl. Ce dernier illustre parfaitement ce qu'on peut faire facilement et rapidement avec un script Perl : du traitement de texte. Cet outil permet de faciliter la vie et de transformer une tâche laborieuse en un traitement rapide et efficace.
En effet, qui ne s'est jamais retrouvé avec une sortie de BLAST qu'il voudrait regarder dans un programme de visualisation de séquences (comme Geneious par exemple) mais qui ne prend pas les sorties de BLAST ? Ou encore, devant soumettre un génome au NCBI, mais qui n'a pas envie de se taper tout le formatage à la main ? Eh bien, mon programme est là pour prendre une sortie xml d'un blastn, blastx, tblastn ou tblastx et la transformer en une sortie ...

Découverte :
Les langages de programmation

Bonjour à tous et toutes, j'ai l'honneur d'écrire l'un des tout premiers articles du blog Bioinfo-fr. Étant (presque) plus passionné par l'informatique que par la biologie, je vais vous expliquer l'un des outils les plus importants pour un bioinformaticien : la programmation. En effet, il n'existerait pas de bioinformatique sans informatique et donc sans programmation. Pour ceux qui ne le savent pas, la programmation c'est ce qui permet de créer un programme...