Étiquette : phylogénie
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Automatiser le parcours et la manipulation d’arbres phylogénétiques avec le module Bio.Phylo de BioPython
La génomique comparative permet d'étudier l'évolution d'organismes par comparaison de leur génome. La représentation de la proximité entre les organismes, élément essentiel de la génomique comparative, repose sur des arbres phylogénétiques. Mais comment manipuler ces arbres facilement ? Quand il n’y en a qu’un, pas de problème : on utilise un visualisateur comme ceux proposés dans l’article sur les…
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Il était une fois… l’analyse de séquences d’ADN
L'analyse de séquences est une mission centrale de la bioinformatique. Quelques mots sur celle de l'ADN, un domaine incontournable dans lequel les chercheurs s’attèlent à comprendre la fonction des régions régulatrices du génome et des gènes grâce aux nouvelles technologies. Le credo de la bio En biologie, il existe de nombreuses macromolécules renfermant un code permettant…
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J'ai lu : Bioinformatique, Cours et cas pratiques
Ce mois-ci, j'ai lu pour vous "Bioinfomatique, Cours et cas pratique," un ouvrage de Gilbert Deléage et Manolo Gouy, paru en 2013 aux éditions Dunod. Il s'agit d'un livre à destination des étudiants en licence et master qui souhaitent découvrir la bioinformatique des protéines du point de vue du biologiste. C'est donc un ouvrage très…
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JOBIM2013 : le bilan
Ça y est, les JOBIM 2013 ont eu lieu. Cela se passait à Toulouse au Centre des Congrès Pierre Baudis. Ce fut une semaine bien chargée et bioinformatiquement très intéressante. Les sessions plénières ainsi que les parallèles ont rencontré un certain succès. Cette année les conférenciers invités étaient au nombre de six : Simon Anders (EMBL,…
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Les arbres phylogénétiques : construction et interprétation
Après avoir discuté des alignements multiples (MSA), il s'avérait logique de vous présenter l'étape suivante : la construction d'arbres phylogénétiques. Je précise que je ne parlerai ici que de phylogénie moléculaire. Le but de la phylogénie est de comprendre les relations de parenté, de retracer l’historique évolutif d’un gène, d’une famille de gènes ou d’une espèce. Les…
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Alignements multiples : quels logiciels choisir ?
Le but de cet article est de faire gagner du temps à vous, bioinformaticiens, qui comme moi auront un jour à travailler sur ce large sujet que sont les alignements multiples (ou MSA pour Multiple Sequence Alignements). Dans le cadre de mon travail, j’ai eu à réaliser des alignements de séquences sur un nombre de séquences…