JOBIM2013 : le bilan

Ça y est, les JOBIM 2013 ont eu lieu. Cela se pas­sait à Tou­louse au Centre des Congrès Pierre Bau­dis. Ce fut une semaine bien char­gée et bio­in­for­ma­ti­que­ment très inté­res­sante. Les ses­sions plé­nières ain­si que les paral­lèles ont ren­con­tré un cer­tain suc­cès. Cette année les confé­ren­ciers invi­tés étaient au nombre de six : Simon Anders (EMBL, Heil­del­berg), Chris­tine Brun (TAGC, Mar­seille), Laurent Duret (LBBE, Lyon), Jean-Loup Fau­lon (Uni­ver­si­té d'Evry), Rode­ric Gui­go (CRG, Bar­ce­lone) et Pedro Mendes (Uni­ver­si­té de Man­ches­ter). Nous note­rons dès à pré­sent l'effort d'une petite majo­ri­té des ora­teurs à pré­sen­ter en anglais. Cela pour­rait paraître logique au vu de la pré­sence d'invités étran­gers, mais ce ne fut mal­heu­reu­se­ment pour­tant pas auto­ma­tique. Les vieilles habi­tudes fran­çaises à ce qu'il paraît… Enfin pour ceux qui seraient atta­chés à ce genre de détails, le pack de bien­ve­nue de cette année était com­po­sé d'un sac en ban­dou­lière (beau­coup moins résis­tant que celui de l'année der­nière au pas­sage), d'un verre JOBIM2013, d'une clé USB 2Go com­pre­nant les actes de la confé­rence, d'un car­net de note et d'un sty­lo bille.

Jour 1

C'est Simon Anders de l'EMBL qui a ouvert le bal pour la pre­mière ses­sion "Ana­lyse de séquences et NGS". Il a d'abord fait un tour d'horizon des concepts fon­da­men­taux éta­blis dans l'analyse quan­ti­ta­tive des don­nées issues de RNA-seq, puis nous a par­lé de son très connu DESeq et de son petit der­nier DESeq2. À décou­vrir pour ceux qui affec­tionnent R et ses packages. Vint le tour de Nico­las Phi­lippe du LIRMM qui nous a pré­sen­té CRAC, un logi­ciel d'analyse de reads issus de RNA-seq à essayer de toute urgence. On a ensuite enchai­né avec la pré­sen­ta­tion de KisS­plice un outil implé­men­té en python et C++ com­bi­nant des assem­bleurs de trans­crip­tomes locaux et glo­baux, il semble s'avérer très utile dès lors qu'il nous manque un génome de réfé­rence. L'après midi étant alors bien enta­mé ce fut au tour de nos amis JeBiF de se pré­sen­ter, puis nous leur emboi­tions le pas avec Guillaume dans le rôle de notre ora­teur de cette année (la vidéo se trouve juste en des­sous, on s'excuse pour le son qu'il fau­dra sans doute mettre au maxi­mum et de la part du grille-pain qui a été uti­li­sé dans le rôle de la camé­ra…). Enfin, la for­ma­tion bio­in­for­ma­tique d'Aurillac fut pré­sen­tée pour conclure avant la pause.

À la reprise c'est Gre­go­ry Far­rant, entre autre contri­bu­teur Ros­co­vite de chez nous, qui a pré­sen­té dans son pipe­line déve­lop­pé et vali­dé pour esti­mer la diver­si­té, la dis­tri­bu­tion et l’abondance rela­tive des clades de pico­cya­no­bac­té­ries marines Syne­cho­coc­cus et Pro­chlo­ro­coc­cus. La stra­té­gie étant de recru­ter des lec­tures de méta­gé­nome sur un ensemble de génomes ou de gènes mar­queurs. Ce pipe­line fonc­tionne par­ti­cu­liè­re­ment bien pour l'étude des cya­no­bac­té­ries marines car celles-ci sont abon­dantes dans le milieu marin (et par exten­sion dans la frac­tion bac­té­rienne des méta­gé­nomes marins), parce qu'elles pré­sentent une impor­tante diver­si­té géné­tique et enfin parce que de nom­breux génomes (56) ont été séquen­cés. Cepen­dant une approche simi­laire pour­rait être adap­tée à d'autres orga­nismes moins abon­dants et pour les­quels des génomes repré­sen­ta­tifs d'une cer­taine diver­si­té ou une base de don­nées de séquence d'un gène mar­queur (plus taxo­no­mi­que­ment réso­lu­tif que l'ADNr) seraient dis­po­nibles.

L'avant-dernière ora­teur n'était autre que Sophie Schbath (pré­si­dente entre autres de la SFBI) qui nous a par­lé du tra­vail de son équipe autour d'une nou­velle approche sta­tis­tique per­met­tant d'évaluer si des Matrices de Poids-Posi­tion (PWM) sont signi­fi­ca­ti­ve­ment enri­chies dans cer­tains jeux de séquences. Vous l'aurez com­pris, les équa­tions étaient de sor­tie 🙂

Pour conclure cette pre­mière jour­née, c'est Rasha E. Bou­los qui a intro­duit son tra­vail autour de l'utilisation de la théo­rie des graphes dans le but d'analyser l'interaction des chro­ma­tines (Hi‑C) grâce aux don­nées issues du génome humain.

Jour 2

La deuxième jour­née a com­men­cé avec la pré­sen­ta­tion de Rode­ric Gui­go qui nous a pro­po­sé un pano­ra­ma des phé­no­mènes de trans­crip­tion au sein des cel­lules humaines. Ensuite, Cedric Chauve, de la  Simon Fra­ser Uni­ver­si­ty au Cana­da nous a pré­sen­té son tra­vail sur le génome de la bac­té­rie res­pon­sable de la Peste Noire médié­vale. Le génome de cette bac­té­rie a été extrait de la pulpe den­taire de cadavres exhu­més à Londres et séquen­cé. L’assemblage a été faci­li­té par la dis­po­ni­bi­li­té des génomes contem­po­rains de Yer­si­nia pes­tis ; ces der­niers ont ser­vi de réfé­rence pour la recons­truc­tion du génome ances­tral. L'utilisation de méthodes de paléo­gé­no­mique ont per­mis la cor­rec­tion de l'alignement de contigs et mon­tré que la bac­té­rie Yer­si­nia Pes­tis res­pon­sable de l’épidémie de Peste Noire contient beau­coup d’éléments mobiles assu­rant une grande plas­ti­ci­té géno­mique.

La fin de la mati­née s'est ensuite divi­sées en trois ses­sions paral­lèles :

• La bio­lo­gie struc­tu­rale
• Les envi­ron­ne­ments de recherche en bio­lo­gie
• La géno­mique d'association et les ana­lyses de variants

Nous avons sui­vi la ses­sion envi­ron­ne­ments de recherche où nous avons assis­té à une pré­sen­ta­tion de Julien Woll­brett, du LIRMM et du CIRAD, qui nous a pré­sen­té l'utilisation détour­née d'un outil de map­ping (R2DQ) entre onto­lo­gies et sché­mas de bases de don­nées rela­tion­nelles. La pré­sen­ta­tion sui­vante a été don­née par Pierre Per­icard de la Sta­tion Bio­lo­gique de Ros­coff qui nous a pré­sen­té un envi­ron­ne­ment pour les ana­lyses méta­bo­lo­miques sous Galaxy. Nous avons eu ensuite une pré­sen­ta­tion de R. Bour­qui qui nous a pré­sen­té l'outil Sys­trip qui per­met la visua­li­sa­tion de don­nées tem­po­relles des réseaux méta­bo­liques. La ses­sion s'est ter­mi­née sur la pré­sen­ta­tion par Yvan Le Bras d'un Envi­ron­ne­ment Vir­tuel de Recherche (EVR) pour  la Bio­lo­gie mis en place pour l'ouest de la France. Cet EVR est basé sur l'utilisation d'outils et de pla­te­formes col­la­bo­ra­tifs tels que Galaxy, HUB­ze­ro et d'autres…

Nous note­rons éga­le­ment que la pré­sen­ta­tion de Maga­li Michaut dans la ses­sion "Géno­mique d'association et ana­lyse de variants" fut très agréable à suivre. Celle-ci nous a pré­sen­té son tra­vail "Path­way muta­tion sta­tus pre­dicts che­mo­the­ra­py res­ponse in triple nega­tive breast can­cer" tout en n'oubliant pas de se mettre au niveau d'un public pou­vant par­fois ne pas être du milieu.

Cette mati­née intense s'est ter­mi­née par un déli­cieux repas ser­vi à table qui a ravi les gour­mands avec petit flan au légumes en entrée, confit de canard avec gra­tin aux cham­pi­gnons et char­lotte aux fraises. Après une ses­sion pos­ters d'environ une heure et la pré­sen­ta­tion sur­prise de RSAT (à décou­vrir !) par M. Tho­mas-Chol­lier, nous avons enchaî­né avec la ses­sion plé­nière sur la bio­lo­gie de syn­thèse et la modé­li­sa­tion.

Puis nous avons repris avec une ses­sion plé­nière "Bio­lo­gie de syn­thèse et modé­li­sa­tion" avec J‑L Fau­lon et son "A ratio­nal meta­bo­lic engi­nee­ring pipe­line : from CAD to pro­duct iden­ti­fi­ca­tion". Celui-ci nous a donc expli­qué com­ment il enchaî­nait dif­fé­rents enzymes pour obte­nir cer­tains pro­duits. Pour plus d'informations sur ce domaine il nous a conseillé son livre Hand­book of che­mo­in­for­ma­tics algo­rithms. Puis après une courte pause nous avons enchaî­né avec le pro­jet de M1 et M2 de Y. Dufresne : "Non ribo­so­mal pep­tides : a mono­me­ric puzzle". Très fluide et très com­plète, sa pré­sen­ta­tion fut très agréable à suivre. Enfin, nous avons clo­tu­ré cette longue jour­née avec T. Gaillard qui nous pré­sen­ta son "Com­pu­ta­tio­nal pro­tein desi­gn in the geno­mic era".

Jour 3

Nous avons com­men­cé cette jour­née très tôt avec une pré­sen­ta­tion très inté­res­sante de Chris­tine Brun (qui n'a pas man­qué de remer­cier l'organisation de lui avoir attri­bué la pré­sen­ta­tion la plus mati­nale de la confé­rence) sur les réseaux d'interaction pro­téine-pro­téine (PPI) et ce que l'on arrive à pré­dire grâce à eux. Nous avons ensuite assis­té à la pré­sen­ta­tion de Juan Cor­tès sur MoMA-Lig­Path, un outil per­met­tant de simu­ler la sor­tie d'un ligand de son site actif. Le tout est modé­li­sé à par­tir d'algorithmes uti­li­sés en méca­nique, pour cal­cu­ler notam­ment les tra­jec­toires des robots sou­deurs sur les lignes d'assemblage. La pré­sen­ta­tion était accom­pa­gnée de jolies ani­ma­tions modé­li­sées. Vous pour­rez jouer avec son outil ici.

Après une pré­sen­ta­tion du GdR-BIM, c'est Jean-Fran­çois Gibrat qui enchai­na avec l'IFB. Et là, pour ne pas men­tir, nous sommes un peu tom­bés des nues… Ce pro­jet pro­met­teur qu'il nous avait pré­sen­té l'année der­nière à Rennes n'a semble-t-il pas avan­cé… La faute à la len­teur admi­nis­tra­tive, aux demandes répé­tées de signa­tures en mille exem­plaire pour un même papier, bref de quoi décou­ra­ger le plus moti­vé des hommes. Nous avons d'ailleurs bien sen­ti l'agacement de Jean-Fran­çois quant à cette situa­tion et par­ta­geons clai­re­ment son "éner­ve­ment". Il semble hon­teux qu'un pro­jet aus­si béné­fique pour la Recherche fran­çaise ait autant de bâtons dans les roues bien avant sa créa­tion. Un SIB à la sauce fran­çaise pour­rait en effet déblo­quer énor­mé­ment de choses (comme per­mettre à la France d'être repré­sen­tée dans le pro­jet Elixir par exemple) et faire avan­cer clai­re­ment la Recherche dans l'hexagone. Pour cela entre autre, nous sou­te­nons com­plé­te­ment ce pro­jet et pen­sons qu'il n'est pas pos­sible que celui-ci n'aboutisse pas. Il est néces­saire, la ques­tion ne se pose même pas.

Enfin, après cette petite douche froide dont nous nous serions bien pas­sée nous avons pris une pause avant de nou­velles ses­sions paral­lèles :

• NGS et anno­ta­tion
• Évo­lu­tion
• Réseaux

La mati­née s'est ter­mi­née sur un buf­fet déjeu­na­toire où nous avons eu du risot­to aux gam­bas, un crumble de légume à la pro­ven­çale, et une quan­ti­té impres­sion­nante de petits fours divers et variés. Nous avons repris par une ses­sion pos­ter, l'AG de la SFBI avant de finir la jour­née par une ses­sion autour de la modé­li­sa­tion et des réseaux. Nous avons en par­ti­cu­lier assis­té à la pré­sen­ta­tion de Pedro Mendes sur la modé­li­sa­tion du méta­bo­lisme, du génome jusqu'aux modèles ciné­tiques.

Vint enfin la tant atten­due soi­rée de Gala. Elle débu­ta par un ren­dez-vous devant le Centre des Congrès, où une troupe de per­cus­sions bré­si­liennes est venue nous cher­cher, nous accom­pa­gnant à tra­vers la ville dans la longue marche qui nous ame­na à l'Hôtel-Dieu. Dan­seurs et per­cus­sion­nistes ont ain­si ani­mé les rues de la ville avec une éner­gie qui en a sur­pris plus d’un, sui­vis de l'immense cor­tège des 400 par­ti­ci­pants.

Arri­vés à des­ti­na­tion, nous fûmes accueillis avec une coupe de vin mous­seux et un cor­tège de petits fours et ate­liers dégus­ta­tion. L'apéritif fut clô­tu­ré par une agréable repré­sen­ta­tion de théâtre-opé­ra par la troupe Acide Lyrique, dont l'humour déca­pant n'a d'égal que leurs mul­tiples talents musi­caux. Le repas de gala qui sui­vit était sous le signe de l'écologie, en pro­mou­vant l'économie locale et res­pon­sable. Le clou du repas fut les cho­co­lats qui accom­pa­gnaient le café, agré­men­tés de cri­quets et de vers de farine, dont l'élevage local est étu­dié pour atteindre un impact envi­ron­ne­men­tal  mini­mum. L'expérience inat­ten­due n'a pas désta­bi­li­sé les plus cou­ra­geux qui se sont réga­lés des cho­co­lats de leurs voi­sins moins aven­tu­reux.

La soi­rée s'est ter­mi­née par un concert don­né par un trio : deux gui­tares, contre-basse. Les musi­ciens ont mis une sacrée ambiance et la piste de danse a réson­né jusqu'à 2h du matin.

Jour 4

La der­nière ses­sion de ces JOBIM 2013 était autour de l'évolution. Nous avons com­men­cé par une pré­sen­ta­tion de Laurent Duret sur l'évolution du génome humain. Nous avons ensuite écou­té Cécile Per­ei­ra qui com­pare des pro­fils phy­lo­gé­né­tiques de cham­pi­gnons afin de carac­té­ri­ser leur pro­fil enzy­ma­tique en vue de faci­li­ter l’assignation taxo­no­mique de nou­veaux indi­vi­dus. Nous note­rons, pour l'anecdote, que Cécile a réus­si à pla­cer le mot "banane" dans sa pré­sen­ta­tion.

Après une der­nière pause café et une der­nière pré­sen­ta­tion sur la phy­lo­gé­nie des virus par F. Che­ve­net, nous avons assis­té à la remise des récom­penses JOBIM 2013.

Les gagnants du prix du pos­ter JOBIM2013 sont : Guillaume Col­let (notre bilou­web) et Guillaume Rizk grâce à leur mer­veilleux petit Minia (voir pho­to).

Pour nous, cette vic­toire vient s'ajouter à celle du meilleur pos­ter JOBIM2012 décro­ché par Nico­las (Nico M.) et du meilleur pos­ter ECCB12 accor­dé à Adem Bili­can (adem­can). Notre pro­verbe tient donc tou­jours la route :

Là où bioin­fo-fr passe, les pos­ters tré­passent !

Et enfin, les co-lau­réates du prix de la meilleure pré­sen­ta­tion de ces JOBIM2013 sont Vir­gi­nie Cal­de­ron ("Evo­lu­tion­na­ry dyna­mics  of Escherichia/​Shigella fim­briome") et Elke Scha­per ("Com­plete conser­va­tion of human pro­tein tan­dem repeats across the euka­ryo­tic clade"). Féli­ci­ta­tions à elles !

Les Jour­nées Ouvertes en Bio­lo­gie, Infor­ma­tique et Mathé­ma­tiques 2013 se sont donc dans l'ensemble bien dérou­lées et ont été sui­vies par le work­shop JeBiF le jeu­di après-midi et le ven­dre­di matin qui ont eux aus­si ren­con­tré un franc suc­cès.

Voi­ci des petits gra­phiques afin de recen­ser l'activité propre à la confé­rence sur Twit­ter pour ceux que ça inté­res­se­raient. Mer­ci à max pour le script qui génère ces résul­tats. Les sources de celui-ci sont dis­po­nibles sur Github.

Il ne nous reste alors plus qu'à vous sou­hai­ter un bon été et à vous don­ner ren­dez-vous en 2014 pour les pro­chaines JOBIM, qui n'en seront en fait pas puisqu'ils fusion­ne­ront avec l'ECCB14 à Stras­bourg. À ne pas man­quer !

Les auteurs ayant par­ti­ci­pé à la rédac­tion de cet article sont : bilou­web, Bun­ny, NiGo­PoL, Nisaea, Serah­line et Yoann M. .

Ils tiennent à remer­cier max et  ZaZo0o pour leur relec­ture sans faille.