Étiquette : R
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Soirée BED & FASTA !
Après la petite histoire de l’analyse des séquences d’ADN, voici un tutoriel pour apprendre quelques trucs et astuces dans ce domaine. Biologiste en mal de connaissances de programmation ou pro de R, vous trouverez ici de quoi vous amuser avec un fichier Fasta ou un Bed. Nous allons voir comment faire un alignement multiple de…
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Les mélanges gaussiens
La plupart des mesures que l'on obtient des expériences en biologie suivent approximativement une distribution dite "normale", ou "gaussienne", dont la densité a la forme d'une cloche, symétrique avec un unique sommet au milieu. C'est aussi l'hypothèse d'un grand nombre d'outils d'analyse statistique. Mais que faire quand on observe deux sommets ou plus ? Le plus…
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Julia : le successeur de R ?
Actuellement le langage R est incontournable pour qui veut manipuler des données en bioinformatique, en particulier pour l'analyse statistique. Mais un successeur est en passe de s'imposer : Julia, combinant puissance du langage avec les fonctionnalités de R, et comblant les nombreux défauts de ce dernier - mais plus encore ! Voici une présentation de ce tout…
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Suivez le guide : en quête de HMM
Bases Théoriques : Une chaîne de Markov , ça vous dit quelque chose ? Une classe de modèles de Markov, appelée Modèle de Markov Caché (Hidden Markov Model, HMM), est un modèle mathématique permettant de segmenter un signal observé en régions (états cachés) définis par le modèle. Lequel est composé de quatre éléments : N états, une matrice d’émissions, des conditions…
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Cours de R pour débutant pressé, deuxième épisode
Voici donc la suite de mon premier cours de R pour débutants pressés où nous avions vu les bases. Je vous invite à le lire si vous ne l’avez pas déjà fait. Aujourd’hui le but est de s’approcher de la biologie et de traiter d’un cas concret. Nous avons des données de différents éléments fonctionnels du…
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Cours de R pour débutant pressé (introduction)
Bonjour à tous ! Aujourd’hui, je vous propose un premier petit cours/tutoriel de niveau « débutant », d’une série d’au moins 3, pour apprendre à faire quelques graphiques avec R et vous la péter devant vos collègues encore à grapher sous Excel. Ce tutoriel s’adresse aux gens qui n’ont jamais codé, qui ne connaissent pas grand-chose à la…
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Bioconductor
Bioconductor Voilà le sujet que l'on va aborder ensemble aujourd'hui. On va voir ce que c'est, à quoi cela sert, comment l'installer et bien-sûr l'utiliser. Qu'est-ce donc ? Je décrirais Bioconductor comme un projet participatif. Il est libre d'accès et son développement dépend de ce que la communauté veut bien y apporter. L'objectif est simple, offrir…
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Bien commencer en bioinformatique
"Je n'y connais rien en informatique", "C'est trop compliqué pour moi" ou "Je ne sais pas par où commencer" sont des phrases qui nous servent souvent d'excuse pour ne pas nous lancer dans le grand bain de la bioinformatique. Biologiste de formation, j'ai moi-même à plusieurs reprises repoussé l'échéance avant de sauter, ne sachant comment…