- Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012 -

Étiquette : script

  • Jouer avec l'API de KEGG

    Jouer avec l'API de KEGG

    Il n'est pas rare que nous ayons un jour besoin de récu­pé­rer des infor­ma­tions de la base de don­nées KEGG (Kyo­to Ency­clo­pe­dia of Genes and Genomes). Cette base de don­nées four­nit un nombre consé­quent d'informations sur les génomes et les réseaux de gènes mais éga­le­ment sur les voies méta­bo­liques ou les mala­dies. Dans ces cas…

  • Ajoutez une interface graphique à votre script en 4 lignes avec Gooey

    Ajoutez une interface graphique à votre script en 4 lignes avec Gooey

    Vous venez de ter­mi­ner votre ana­lyse bio-infor­ma­tique. Pour cette der­nière, vous avez réa­li­sé un script qui pour l'instant, il faut le dire, n'est pas du tout réuti­li­sable par une tierce per­sonne. Même vous dans 6 mois vous n'êtes pas sûr de vous sou­ve­nir de ce que vous avez fait. Pour­tant, l'un des inté­rêts de la…

  • Parser des fichiers HTML en Python

    Parser des fichiers HTML en Python

    Lan­gage : PythonBiblio­thèques : bio­ser­vices, HTML­Par­ser, re (par­tiel­le­ment)Niveau : débu­tant-inter­mé­diaire Dans un article pré­cé­dent, je vous ai pré­sen­té le module bio­ser­vices en Python. Au cours de mon tra­vail j'ai été ame­née à récu­pé­rer des infor­ma­tions sur les termes Gene Onto­lo­gy, et notam­ment sur les rela­tions entre dif­fé­rents termes. Cepen­dant, les for­mats de fichiers récu­pé­rés sont dif­fé­rents en fonc­tion…

  • Bioservices, un module Python très utile

    Bioservices, un module Python très utile

    Dans notre domaine si vaste, il existe de nom­breuses bases de don­nées (cf. Bases de don­nées, notions par nahoy), et par­mi ces bases, un cer­tain nombre d'entre elles pro­pose un ser­vice web pour accé­der à leurs don­nées à par­tir d'un script. Le pro­blème prin­ci­pal qui peut nous frei­ner, ou nous faire peur, lorsque l'on se…

  • Astuce : ajouter des options dans un script Bash avec getopt

    Astuce : ajouter des options dans un script Bash avec getopt

    But : com­prendre le fonc­tion­ne­ment de getopt en Bash pour évi­ter la mul­ti­pli­ca­tions de script là où un seul géné­rique pour­rait suf­fire. Pré­re­quis : savoir faire des scripts Bash, connaître la sub­sti­tu­tion de com­mande et savoir mani­pu­ler les argu­ments. Dif­fi­cul­té : 2 (moyen) Pour ceux qui codent en Perl, vous connais­sez déjà sûre­ment le module GetOpt et plus…

  • À la découverte de BioMart !

    À la découverte de BioMart !

    Dans le cadre de mon tra­vail, j'ai récem­ment décou­vert un outil for­mi­dable pour la consul­ta­tion et la récu­pé­ra­tion de don­nées à par­tir de cer­taines banques : Bio­Mart. Après avoir pas­sé la frus­tra­tion de devoir uti­li­ser l'interface du ser­vice four­ni pour télé­char­ger les dif­fé­rentes don­nées dont j'avais besoin, je me suis ren­sei­gnée davan­tage sur ce logi­ciel. De…

  • Récupérer la fiche d'un gène avec les Eutils du NCBI

    En bio­in­for­ma­tique il n'est pas rare que l'on ait besoin d’accéder à des infor­ma­tions dis­po­nibles sur des bases de don­nées inter­na­tio­nales, nous ver­rons ici le cas de la banque Gene du NCBI. Avant de s'intéresser à la récu­pé­ra­tion d'une fiche d'un gène en pas­sant par les Eutils, un peu de théo­rie et d'explications sur une fiche…

  • Transformer une sortie de Blast xml en format GenBank

    Transformer une sortie de Blast xml en format GenBank

    Bon­jour, et bien­ve­nu dans mon pre­mier article concer­nant mon script Perl Blast2Gb​.pl. Ce der­nier illustre par­fai­te­ment ce qu'on peut faire faci­le­ment et rapi­de­ment avec un script Perl : du trai­te­ment de texte. Cet outil per­met de faci­li­ter la vie et de trans­for­mer une tâche labo­rieuse en un trai­te­ment rapide et effi­cace. En effet, qui ne s'est…