Étiquette : snakemake
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Rendre un pipeline Snakemake à l'épreuve des plateformes
Pour avoir été client des articles ("Snakemake pour les nuls", "Formaliser ses protocoles avec Snakemake" et "Snakemake, aller plus loin avec la parallélisation") de mon prédécesseur lelouar, j'ai décidé d'apporter ma pierre à l'édifice et de continuer cette série sur Snakemake. Je vais ici vous parler de généralisation de pipeline pour l'utilisation intensive au sein…
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Snakemake aller plus loin avec la parallélisation
Bonjour à tous, bienvenue dans un nouvel épisode de tutoriels sur Snakemake (épisode précédent). Aujourd'hui nous allons voir ensemble comment paralléliser facilement par la donnée grâce à Snakemake. L'idée générale consiste à découper les fichiers bruts au début de notre pipeline et de les rassembler après les étapes lourdes en calcul. Nous allons également voir comment…
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Formaliser ses protocoles avec Snakemake
Vous avez dit protocole ? Qui dit biologie et bioinformatique dit protocole expérimental. C'est le cœur de la démarche scientifique, et un formalisme adapté est la clef pour assurer la reproductibilité des expériences, et ainsi garantir la validation des découvertes par la communauté. En paillasse, les solutions pour formaliser et conserver les protocoles sont plutôt naturellement…