Voici pour cette nouvelle semaine le deuxième article sur les formations de bioinformatique en France. Je vais vous présenter l'IUT Génie Biologique option Bioinformatique d'Aurillac, rattaché à l'université d’Auvergne. Cette formation en deux ans est, à ma connaissance, la seule qui permet de commencer la bioinformatique à la sortie du lycée. Les étudiants viennent majoritairement de terminale S (aucun prérequis en informatique n'est demandé) et la sélection se fait sur dossier. Le nombre de places étant réduit (~50), il existe une certaine compétition pour y entrer.
Objectifs
Le DUT (Diplôme Universitaire de Technologie) se prépare en deux ans et doit permettre aux étudiants de choisir entre la poursuite d'étude ou l'entrée dans le monde du travail.
L'enseignement de la biologie (biologie moléculaire, microbiologie, enzymologie…) et des connaissances générales (chimie, mathématique…) est assuré dans le cadre des cours communs aux trois options (Agronomie, Bioinformatique et Environnement). L'IUT étant destiné à former des techniciens, les cours magistraux sont accompagnés de nombreuses heures de travaux pratiques en laboratoire (culture de cellules, électrophorèses…). En deuxième année des cours spécifiques à la bioinformatique sont ajoutés comme la protéomique ou la transcriptomique.
L'informatique est, elle, réservée à l'option bioinformatique. L'algorithmique est enseignée en première année avec comme support le langage C, puis avec Java en deuxième année, pour aborder les structures plus complexes comme les objets.
Aux cours de biologie et d'informatique viennent s'ajouter les cours de bioinformatique, comme la création et l'utilisation de bases de données biologiques, le data mining ou l'utilisation de perl et awk pour l'extraction de données contenues dans des fichiers texte (ex. fasta).
Avertissement
La formations est très complète, complexe et demande beaucoup de travail. En effet habituellement, une formation de biologie après le lycée, en plus des enseignement généraux, c'est le moment où on apprend à appréhender les problèmes biologiques et à les résoudre. Par la suite, un étudiant de biologie qui commence sa formation de bioinformaticien en master a normalement déjà acquis cette façon de penser et va en découvrir une autre avec l'informatique. Ici l'étudiant fraîchement sorti du lycée apprend deux façons de penser en même temps. Je crois que c'est à la fois l'atout et la difficulté majeure de cette formation et que cela explique pourquoi certain, après l'IUT, décident de retourner vers la biologie pure.
Stages et débouchés
La moitié du quatrième semestre est consacrée à un stage obligatoire de trois mois. La recherche de stage est encadrée et facilitée par les contacts que l'IUT garde avec les entreprises/laboratoires ayant déjà reçu un étudiant. Il est aussi possible de faire un stage, un peu plus long, à l'étranger. Personnellement je suis allé aux Pays-bas, dans l'université de Wageningen, mais d'autres sont allés aux États-Unis par exemple.
Pour les poursuites d'études, comme je l'ai déjà dit certains retournent vers la biologie pure et donc rejoignent une licence de biologie. D'autres, au contraire, ont été séduit par l'informatique et ont fait une école d'ingénieur en informatique. Enfin, bien sûr, la plupart s'engagent dans une poursuite d'étude de bioinformatique (Master, Ecole d'ingénieur). Les possibilités sont variées et je n'ai malheureusement pas assez de contacts pour vous donner une image complète. J'invite donc les personnes qui on fait le DUT et qui lisent cet article à poster leur parcours en commentaire ou à m'envoyer un mail, si j'ai assez de réponses je ferai une mise à jour de l'article.
Il est en tout cas possible d'intégrer une licence de biologie en troisième année, à la sortie de l'IUT.
La vie à Aurillac
Aurillac est une petite ville perdue dans le Massif central, il n'y a pas de rue commerçante et de grandes enseignes vendant de la culture sous toutes ses formes. Par contre le cadre est exceptionnel et l'ambiance entre les trois options plutôt bonne. L'association étudiante (la BURE) est active et organise plusieurs grosses fêtes par an. Il y a moyen de passer de très bonnes années, même si pour ceux qui viennent de grandes villes, le dépaysement doit être assez important (Ceci est un avis très personnel, une fois de plus, à vos claviers si vous pensez différemment).
Pour ce loger les étudiants qui le veulent ont accès à une résidence universitaire située à deux minutes à pied de l'université. Les chambres sont bien aménagées, il y une salle informatique avec accès à Internet, une laverie et une petite salle de sport équipée pour les plus courageux.
Conclusion
L'enseignement reçu à l'IUT suffit largement à former un bioinformaticien. L'informatique y est aussi poussée qu'en master de bioinformatique, voir plus et les connaissances reçues en biologie sont équivalentes à celles d'un étudiant de licence deux. Bien sûr la plupart des étudiants poursuivent quand même leurs études pour obtenir une licence puis un master. La difficulté principale vient, comme je l'ai dit, du fait de commencer ses études en étant confronter à deux matières assez distinctes, mais au final la formation n'est probablement pas plus dure qu'une autre.
Pour en savoir plus :
Je vous invite à consulter le site web de l'IUT et sa plaquette et à contacter le chef de département.
Site et plaquette :
Page web de l'IUT
Plaquette de la formation
Contacts :
Chef de département :
Guy Febvre : febvre[AT]opgc.univ-bpclermont[DOT]fr
Autres responsables :
Kate James : kate.james[AT]iut.u-clermont1[DOT]fr
Sébastien Rimour : sebastien.rimour[AT]iut.u-clermont1[DOT]fr
Valérie Polonais : valerie.polonais[AT]iut.u-clermont1[DOT]fr
Remerciements à Mr Lavest, directeur de l'IUT, pour son autorisation d'utilisation du logo de l'université.
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