Questions à… Bertrand Braunschweig

Suite de notre rubrique Ques­tions à… sur Bioin​fo​-Fr​.net. Après avoir ques­tion­né de nom­breux cher­cheurs, il est main­te­nant temps de prendre du recul lors d'un entre­tien avec Ber­trand Braun­sch­weig direc­teur du centre Inria de Rennes-Bre­tagne Atlan­tique, centre qui abrite notam­ment deux équipes de recherche en bio­in­for­ma­tique et une plate-forme dédiée à la bio­in­for­ma­tique.

Syl­vain Prigent (S.P.) : Ber­trand Braun­sch­weig bon­jour, et mer­ci d'avoir accep­té de répondre à quelques ques­tions pour le blog bioin​fo​-fr​.net. Est-ce que vous pour­riez com­men­cer par vous pré­sen­ter rapi­de­ment pour nos lec­teurs s'il vous plait ?

Ber­trand Braun­sch­weig (B.L.B.) : Je dirige le centre Inria (Ins­ti­tut natio­nal de recherche en infor­ma­tique et en auto­ma­tique) de Rennes-Bre­tagne Atlan­tique depuis fin 2011, aupa­ra­vant j'ai eu une car­rière de cher­cheur dans l'industrie pétro­lière pour com­men­cer puis à l'IFP (l'Institut Fran­çais du Pétrole qui s'appelle main­te­nant IFP Ener­gies nou­velles) où je suis res­té pen­dant pas mal d'années pour ani­mer une équipe de recherche en intel­li­gence arti­fi­cielle. J'y ai aus­si tra­vaillé sur des sujets d'interopérabilité logi­cielle dans le domaine des pro­cé­dés de raf­fi­nage, chi­miques et pétro­chi­miques. Après un petit pas­sage dans l'organisation des pro­jets de l'IFP j'ai pas­sé 5 ans à l'ANR (Agence Natio­nale de la Recherche) où j'ai été res­pon­sable de quelques pro­grammes dans le dépar­te­ment Sciences et Tech­no­lo­gies de l'Information et de la Télé­com­mu­ni­ca­tion avant d'avoir pen­dant 3 ans la res­pon­sa­bi­li­té de ce dépar­te­ment qui por­tait les STIC et les nano-tech­no­lo­gies. Dans ce dépar­te­ment j'avais notam­ment dans mes res­pon­sa­bi­li­tés les pro­grammes de bio­in­for­ma­tique. C'est pen­dant cette période ANR que j'ai connu de nom­breux cher­cheurs en bioin­fo. Et je suis donc arri­vé ici en octobre 2011.

SP : Vous êtes donc actuel­le­ment direc­teur du centre Inria Rennes Bre­tagne Atlan­tique. Au jour le jour, à quoi cor­res­pond ce tra­vail ?

BLB : Il y a quatre facettes qui incombent au direc­teur d'un centre Inria. Cha­cune pre­nant en théo­rie 25% du temps. Il y a évi­dem­ment la vie scien­ti­fique du centre avec tout ce qui est créa­tion, sui­vi des équipes, orien­ta­tion stra­té­gique, la recherche, le trans­fert, le déve­lop­pe­ment tech­no­lo­gique. Et je suis évi­dem­ment aidé pour cela par mon adjoint, le délé­gué scien­ti­fique du centre. Il y a éga­le­ment l'administration du centre (avec ma délé­guée à l'administration). Puis, tout ce qui est la repré­sen­ta­tion du centre vis-à-vis de notre envi­ron­ne­ment, de notre éco­sys­tème de recherche et d’innovation, comme on dit : les col­lec­ti­vi­tés ter­ri­to­riales (régions, métro­poles, etc.), les par­te­naires, les uni­ver­si­tés, les grandes écoles, etc. Ça demande beau­coup de temps sur­tout en ce moment où il y a beau­coup de chan­ge­ments dans notre envi­ron­ne­ment de recherche et d'innovation, c'est un tra­vail très impor­tant et très pre­nant. Et puis je prends ma part de la direc­tion d’Inria, je suis membre du comi­té de direc­tion d'Inria. C'est éga­le­ment un gros quart de mon temps de dis­cu­ter avec mes col­lègues direc­teurs des autres centres de recherche et avec les direc­tions fonc­tion­nelles et la direc­tion géné­rale.

Et puis il y a tout le reste, tout ce que je n'ai pas décrit. Les sur­prises, comme par exemple l'an der­nier le choix d'une œuvre d'art dans le cadre du 1% artis­tique. C'était un tra­vail pas­sion­nant.

SP : Pour­riez-vous nous décrire un petit peu plus la bio­in­for­ma­tique au centre Inria Rennes ?

BLB : Actuel­le­ment il y a deux équipes-pro­jets. L'histoire c'est qu'il y avait une grande équipe (Sym­biose) qui a été décou­pée en deux parce qu'il y avait deux grands domaines de recherches dans cette équipe. Cette équipe d'une qua­ran­taine ou une cin­quan­taine de per­sonnes tra­vaillait beau­coup avec la plate-forme GenOuest. Aujourd'hui il y a deux équipes com­plé­men­taires qui sont toutes deux uti­li­sa­trices de cette plate-forme. On a Gens­cale, diri­gée par Domi­nique Lave­nier qui est plu­tôt sur l'algorithmique pour la bioin­fo, l'optimisation des algo­rithmes, le paral­lé­lisme, le trai­te­ment de masse, etc. Ils tra­vaillent par exemple sur les don­nées TARA, sur les acqui­si­tions de méta­gé­no­mique dans les océans.

La seconde équipe est plu­tôt "inter­pré­ta­tion des connais­sances autour des don­nées de bioin­fo". Il s'agit de Dyliss, diri­gée par Anne Sie­gel. Ce sont plu­tôt des méthodes issues de l'IA de manière très très large avec des recon­nais­sances de séquences, des méthodes qui se rap­prochent un peu du trai­te­ment de la langue. Ils sont très en contact avec les bio­lo­gistes parce que dès que l'on com­mence à faire de l'interprétation c'est inté­res­sant d'avoir le retour des gens de ter­rain.

Et il y a donc éga­le­ment la plate-forme GenOuest qui est très impor­tante et qui sert les deux équipes mais qui sert aus­si toute la com­mu­nau­té de bioin­fo du grand ouest avec des infra­struc­tures de sto­ckage, de trai­te­ment de don­nées, des logi­ciels mis à dis­po­si­tion, etc.

SP : Que pen­sez-vous de l'évolution de la bio­in­for­ma­tique pour ces pro­chaines années à Rennes ?

BLB : On a des équipes qui sont sur des domaines pas trop éloi­gnées de la bioin­fo, je pense à SERPICO par exemple qui fait de l'imagerie cel­lu­laire à haute réso­lu­tion et VisAGeS, l'équipe de neu­ros­ciences. Ce sont deux autres équipes qui sont dans le domaine très large de la bio­lo­gie et de la san­té. On a donc les deux équipes de bioin­fo qui sont très "au fond" du vivant et ces deux autres équipes qui sont plu­tôt dans ses mani­fes­ta­tions (ima­ge­rie cel­lu­laire, neu­ro­nale, etc). Dans le pas­sé il y avait peu d'interactions entre les dif­fé­rents niveaux d'analyse du vivant, un gros chal­lenge serait d'avoir le lien entre les méthodes et don­nées de bio­in­for­ma­tique et le reste qui est à un tout autre niveau de réso­lu­tion. C'est quelque chose que l'on a ins­crit dans les prio­ri­tés du centre dans le cadre du plan stra­té­gique Inria actuel. J'aimerais bien que l'évolution, ce soit des contacts et des avan­cées scien­ti­fiques entre ces équipes.

Par ailleurs je sou­tiens éga­le­ment for­te­ment l'insertion de nos deux équipes dans le GIS Bio­ge­nouest (qui regroupe une tren­taine de plate-formes de bio­lo­gie dans le grand ouest) pour lequel il y a un pro­jet fédé­ra­teur qui s'appelle e‑biogenouest. Ça per­met de four­nir une plate-forme qui per­met aux gens d'accéder d'une manière aisée à dif­fé­rents outils et qui per­met aux cher­cheurs de conser­ver tous leurs résul­tats, les sources de leurs cal­culs, etc. On va évi­dem­ment sou­te­nir cette action diri­gée par Oli­vier Col­lin qui est res­pon­sable tech­nique de la plate-forme GenOuest.

SP : Et bien mer­ci beau­coup pour vos réponses. J'espère que désor­mais nos lec­teurs en sau­ront un peu plus sur la direc­tion d'un centre Inria et sur tout ce qui touche à la bio­in­for­ma­tique dans ce centre.

Mer­ci à NiGo­PoL, Haut­bit et Clem pour la relec­ture pré-publi­ca­tion de cet article