Entretien :
Questions à... Jean-François Gibrat

Nous lançons aujourd'hui une nouvelle rubrique sur Bioinfo-Fr.net : Questions à… C'était un projet que nous avions en tête depuis un moment, le voilà concrétisé. Dans cette rubrique, vous trouverez des interviews de chercheurs en bioinformatique mais aussi d'ingénieurs, de doctorants, de post-doctorants, de chefs d'entreprise, etc. Bref, de toutes les personnes qui font de la bioinformatique. Nous espérons que ces discussions vous seront aussi intéressantes à lire qu'elles nous ont été agréables à mener.

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Holger Ellgaard (CC-by-SA 3.0)

Pour ce premier interview, nous recevons Jean-François Gibrat, coordinateur du projet de création de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB). Nous l'avons croisé lors du dernier JOBIM à Rennes et nous avons profité de sa présence pour lui proposer d'inaugurer la rubrique "Questions à..." sur Bioinfo-Fr.net.

Guillaume Collet (GC) : Bonjour Jean-François. Je te remercie d'avoir accepté ce premier entretien pour le blog Bioinfo-Fr.net. Pour commencer, peux-tu nous parler de ta formation initiale et de ton parcours professionnel ?

Jean-François Gibrat (JFG) : Je suis ingénieur chimiste et j'ai fait une thèse en physico-chimie à Paris 6. Pendant ma thèse, j'ai travaillé sur les relations séquence-structure des protéines par des méthodes informatiques… bien qu'à l'époque je n'aie eu aucune connaissance en biologie et très peu en informatique, je me suis formé pendant ma thèse à ces disciplines. J'ai été embauché à l'INRA après ma thèse, cela se faisait à l'époque, où j'ai fait toute ma carrière. J'ai fait un post-doc au Japon de 18 mois et un autre au NCBI de deux ans tout en étant à l'INRA.

GC : Quelle est ta situation actuelle ? J'ai vu que tu n'étais plus directeur de l'unité MIG de l'INRA de Jouy-en-Josas.

JFG : Je suis DR1 [note de l'éditeur : Directeur de recherche classe 1], j'ai effectivement laissé la direction de l'unité MIG après 4 ans. On peut faire 2 mandats comme directeur d'unité. Une des raisons était de dégager du temps pour mettre en place le projet IFB.

GC : Parlons justement de l'IFB (Institut Français de Bioinformatique) : comment ce projet a-t-il vu le jour ?

JFG : C'est une réponse conjointe des membres du réseau ReNaBi à l'appel à projets des Investissements d'Avenir (IA). Le projet a été soumis en 2010. Il a été refusé mais le comité de pilotage des IA a demandé à ReNaBi de se joindre, du moins la partie concernant le traitement des données NGS [note de l'éditeur : "NGS" est une abréviation pour séquençage à haut débit], à 3 autres projets de séquençage portés par le Centre National de Génotypage, le Centre National de Séquençage et le réseau INDIGEN, regroupant 7 plate-formes de séquençage, pour mettre en place une infrastructure de séquençage appelée France Génomique. Ce nouveau projet a été accepté en juin 2011. Le réseau ReNaBi a soumis à nouveau un projet au second appel en 2011. Ce projet, avec un certain nombre d'amendements, a été accepté en avril 2012. Le projet a beaucoup évolué entre sa première mouture et la version actuelle pour prendre en compte les remarques et critiques des rapporteurs.

GC : Quels sont les objectifs de l'IFB ?

JFG : L’Institut Français de Bioinformatique est une infrastructure nationale de service dont l’objectif principal est de fournir, à la communauté nationale et internationale des Sciences de la Vie, des ressources bioinformatiques de base dans des champs de la génomique, protéomique, biologie des systèmes, etc.

Les missions de cette infrastructure sont :

  1. de fournir un appui aux programmes de biologie en termes d’accompagnement de projet et de formation ;
  2. de mettre en place une infrastructure informatique dédiée à la gestion et à l’analyse des données biologiques produites permettant d’assurer la première mission. Cette infrastructure reposera sur des ressources matérielles importantes de stockage et calcul, et fournira un accès privilégié à des développements de haut niveau concernant les bases de données et les outils ;
  3. de promouvoir des développements technologiques innovants à l’interface des Sciences de la Vie et des Sciences de l’Information ayant vocation à répondre à des questions de recherche essentielles issues de programmes scientifiques aux niveaux national et international.

GC : Quels sont les moyens prévus ?

JFG : Les fonds attribués au projet IFB par l’ANR se divisent en 10 M€ de crédits consommables auxquels s’ajoutent les intérêts générés par une dotation non-consommable de 36.7 M€ entre le 23 juillet 2012 et avril 2020. Une année d’intérêt représente la somme de 1.25 M€. Ces intérêts d'emprunt représentent donc 10 M€ sur 8 ans. Au total le projet a été doté de 20 M€.

GC : Où en êtes-vous ?

JFG : Il faut mettre en place l'infrastructure. Cela veut dire, dans un premier temps, signer avec l'ANR. Il a été décidé de créer un nœud national qui prendrait la forme d'une unité mixte de service (UMS) dépendant du CEA, du CNRS, de l'INRA, de l'INRIA et de l'INSERM. Ce nœud sera l'interlocuteur unique de l'ANR et le gestionnaire de cette UMS, en l'occurrence le CNRS, gérera les fonds alloués à l'IFB. Il faut donc également établir la convention de création de l'UMS entre les partenaires. Nous espérons signer avant la fin de l'année avec l'ANR et créer l'UMS début 2013. En parallèle, il nous faut recruter le futur directeur de l'IFB dont j'assure l'intérim dans l'intervalle. Nous allons mettre en place un comité de recrutement international pour cela.

GC : Quel est le programme des mois à venir pour l'IFB ?

JFG : En bref :

  1. signer le projet avec l'ANR ;
  2. créer l'UMS ;
  3. recruter le directeur ;
  4. lancer les travaux, les appels d'offres pour des projets de service en bioinformatique, la mise en place de l'infrastructure informatique, etc.

GC : Merci Jean-François pour tes réponses et le temps accordé.

À bientôt pour un prochain entretien !

Merci à Malicia et Yoann M pour leur relecture.

  • À propos de
  • Je suis actuellement en post-doc dans l'équipe DYLISS de L'IRISA à Rennes. Je travaille sur la reconstruction automatique de réseaux métaboliques. Plus particulièrement, je m'intéresse aux aspects fouille de connaissance, combinatoire, base de données en graphe. Mais dans un passé pas si lointain, je me suis aussi intéressé aux séquences de protéines, à leur alignement et à la prédiction de leur structures.

2 commentaires sur “Questions à... Jean-François Gibrat

  1. cette rubrique sera une source d\'inspiration pour de nombreuses personnes!

    • C\'est en effet le but. Si vous avez des personnes qui pourraient être intéressées pour une future interview n\'hésitez pas à nous contacter !

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