Questions à… Jean-François Gibrat

Nous lan­çons aujourd'hui une nou­velle rubrique sur Bioin​fo​-Fr​.net : Ques­tions à… C'était un pro­jet que nous avions en tête depuis un moment, le voi­là concré­ti­sé. Dans cette rubrique, vous trou­ve­rez des inter­views de cher­cheurs en bio­in­for­ma­tique mais aus­si d'ingénieurs, de doc­to­rants, de post-doc­to­rants, de chefs d'entreprise, etc. Bref, de toutes les per­sonnes qui font de la bio­in­for­ma­tique. Nous espé­rons que ces dis­cus­sions vous seront aus­si inté­res­santes à lire qu'elles nous ont été agréables à mener.

Pour ce pre­mier inter­view, nous rece­vons Jean-Fran­çois Gibrat, coor­di­na­teur du pro­jet de créa­tion de l'Institut Fran­çais de Bio­in­for­ma­tique (IFB). Nous l'avons croi­sé lors du der­nier JOBIM à Rennes et nous avons pro­fi­té de sa pré­sence pour lui pro­po­ser d'inaugurer la rubrique "Ques­tions à…" sur Bioin​fo​-Fr​.net.

Guillaume Col­let (GC) : Bon­jour Jean-Fran­çois. Je te remer­cie d'avoir accep­té ce pre­mier entre­tien pour le blog Bioin​fo​-Fr​.net. Pour com­men­cer, peux-tu nous par­ler de ta for­ma­tion ini­tiale et de ton par­cours pro­fes­sion­nel ?

Jean-Fran­çois Gibrat (JFG) : Je suis ingé­nieur chi­miste et j'ai fait une thèse en phy­si­co-chi­mie à Paris 6. Pen­dant ma thèse, j'ai tra­vaillé sur les rela­tions séquence-struc­ture des pro­téines par des méthodes infor­ma­tiques… bien qu'à l'époque je n'aie eu aucune connais­sance en bio­lo­gie et très peu en infor­ma­tique, je me suis for­mé pen­dant ma thèse à ces dis­ci­plines. J'ai été embau­ché à l'INRA après ma thèse, cela se fai­sait à l'époque, où j'ai fait toute ma car­rière. J'ai fait un post-doc au Japon de 18 mois et un autre au NCBI de deux ans tout en étant à l'INRA.

GC : Quelle est ta situa­tion actuelle ? J'ai vu que tu n'étais plus direc­teur de l'unité MIG de l'INRA de Jouy-en-Josas.

JFG : Je suis DR1 [note de l'éditeur : Direc­teur de recherche classe 1], j'ai effec­ti­ve­ment lais­sé la direc­tion de l'unité MIG après 4 ans. On peut faire 2 man­dats comme direc­teur d'unité. Une des rai­sons était de déga­ger du temps pour mettre en place le pro­jet IFB.

GC : Par­lons jus­te­ment de l'IFB (Ins­ti­tut Fran­çais de Bio­in­for­ma­tique) : com­ment ce pro­jet a‑t-il vu le jour ?

JFG : C'est une réponse conjointe des membres du réseau ReNa­Bi à l'appel à pro­jets des Inves­tis­se­ments d'Avenir (IA). Le pro­jet a été sou­mis en 2010. Il a été refu­sé mais le comi­té de pilo­tage des IA a deman­dé à ReNa­Bi de se joindre, du moins la par­tie concer­nant le trai­te­ment des don­nées NGS [note de l'éditeur : "NGS" est une abré­via­tion pour séquen­çage à haut débit], à 3 autres pro­jets de séquen­çage por­tés par le Centre Natio­nal de Géno­ty­page, le Centre Natio­nal de Séquen­çage et le réseau INDIGEN, regrou­pant 7 plate-formes de séquen­çage, pour mettre en place une infra­struc­ture de séquen­çage appe­lée France Géno­mique. Ce nou­veau pro­jet a été accep­té en juin 2011. Le réseau ReNa­Bi a sou­mis à nou­veau un pro­jet au second appel en 2011. Ce pro­jet, avec un cer­tain nombre d'amendements, a été accep­té en avril 2012. Le pro­jet a beau­coup évo­lué entre sa pre­mière mou­ture et la ver­sion actuelle pour prendre en compte les remarques et cri­tiques des rap­por­teurs.

GC : Quels sont les objec­tifs de l'IFB ?

JFG : L’Institut Fran­çais de Bio­in­for­ma­tique est une infra­struc­ture natio­nale de ser­vice dont l’objectif prin­ci­pal est de four­nir, à la com­mu­nau­té natio­nale et inter­na­tio­nale des Sciences de la Vie, des res­sources bio­in­for­ma­tiques de base dans des champs de la géno­mique, pro­téo­mique, bio­lo­gie des sys­tèmes, etc.

Les mis­sions de cette infra­struc­ture sont :

1. de four­nir un appui aux pro­grammes de bio­lo­gie en termes d’accompagnement de pro­jet et de for­ma­tion ;
2. de mettre en place une infra­struc­ture infor­ma­tique dédiée à la ges­tion et à l’analyse des don­nées bio­lo­giques pro­duites per­met­tant d’assurer la pre­mière mis­sion. Cette infra­struc­ture repo­se­ra sur des res­sources maté­rielles impor­tantes de sto­ckage et cal­cul, et four­ni­ra un accès pri­vi­lé­gié à des déve­lop­pe­ments de haut niveau concer­nant les bases de don­nées et les outils ;
3. de pro­mou­voir des déve­lop­pe­ments tech­no­lo­giques inno­vants à l’interface des Sciences de la Vie et des Sciences de l’Information ayant voca­tion à répondre à des ques­tions de recherche essen­tielles issues de pro­grammes scien­ti­fiques aux niveaux natio­nal et inter­na­tio­nal.

GC : Quels sont les moyens pré­vus ?

JFG : Les fonds attri­bués au pro­jet IFB par l’ANR se divisent en 10 M€ de cré­dits consom­mables aux­quels s’ajoutent les inté­rêts géné­rés par une dota­tion non-consom­mable de 36.7 M€ entre le 23 juillet 2012 et avril 2020. Une année d’intérêt repré­sente la somme de 1.25 M€. Ces inté­rêts d'emprunt repré­sentent donc 10 M€ sur 8 ans. Au total le pro­jet a été doté de 20 M€.

GC : Où en êtes-vous ?

JFG : Il faut mettre en place l'infrastructure. Cela veut dire, dans un pre­mier temps, signer avec l'ANR. Il a été déci­dé de créer un nœud natio­nal qui pren­drait la forme d'une uni­té mixte de ser­vice (UMS) dépen­dant du CEA, du CNRS, de l'INRA, de l'INRIA et de l'INSERM. Ce nœud sera l'interlocuteur unique de l'ANR et le ges­tion­naire de cette UMS, en l'occurrence le CNRS, gére­ra les fonds alloués à l'IFB. Il faut donc éga­le­ment éta­blir la conven­tion de créa­tion de l'UMS entre les par­te­naires. Nous espé­rons signer avant la fin de l'année avec l'ANR et créer l'UMS début 2013. En paral­lèle, il nous faut recru­ter le futur direc­teur de l'IFB dont j'assure l'intérim dans l'intervalle. Nous allons mettre en place un comi­té de recru­te­ment inter­na­tio­nal pour cela.

GC : Quel est le pro­gramme des mois à venir pour l'IFB ?

JFG : En bref :

1. signer le pro­jet avec l'ANR ;
2. créer l'UMS ;
3. recru­ter le direc­teur ;
4. lan­cer les tra­vaux, les appels d'offres pour des pro­jets de ser­vice en bio­in­for­ma­tique, la mise en place de l'infrastructure infor­ma­tique, etc.

GC : Mer­ci Jean-Fran­çois pour tes réponses et le temps accor­dé.

À bien­tôt pour un pro­chain entre­tien !

Mer­ci à Mali­cia et Yoann M pour leur relec­ture.