Auteur/autrice : max

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Issu du Master pro BBSG sur Marseille, j'ai fait une thèse sur Marseille sur la recherche de biomarqueurs prédictifs dans le cancer du sein, suivi par un post-doc à Singapour. Je suis maintenant en Suède, à Stockholm où je travaille pour une biobanque de tumeurs au développement de pipelines en collaboration avec les infrastructures locales. Anciennement impliqué chez JeBiF, je vous invite fortement à aller aux JeBiF Pubs 😉

Ses publications :

  • Virtualisez pour plus de reproductibilité

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    Virtualisez pour plus de reproductibilité

    Virtualisez pour plus de reproductibilité Pour commencer Vous avez enten­du par­ler de repro­duc­ti­bi­li­té. Vous vou­lez vous y mettre ? Vous vous dites que la vir­tua­li­sa­tion vous aide­rait à uti­li­ser tou­jours la même ver­sion d'un outil pré­cis. En savoir plus sur Docker vous aide­rait bien ? Cet article est donc pour vous. Je pro­fite de l'occasion pour par­ler…

  • Nextflow, pour votre prochain pipeline ?

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    Nextflow, pour votre prochain pipeline ?

    Pour commencer Vous savez déjà tout sur les pipe­lines et les bonnes pra­tiques de déve­lop­pe­ment. Vous faites bien évi­dem­ment de la recherche repro­duc­tive. Vous tra­vaillez peut-être avec un clus­ter. Vous avez écrit votre propre pipe­line en Bash, Python ou même en Perl qui gérait les appels à dif­fé­rents scripts et outils (voire même l'appel à…

  • ELIXIR, un savant mélange de pays

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    ELIXIR, un savant mélange de pays

    Vous avez peut-être enten­du par­ler d'ELIXIR récem­ment, car la France vient de rejoindre le pro­jet. Mais ELIXIR, c'est quoi ? Pour faire simple, ELIXIR c'est la réponse aux défis sui­vants, chers aux cher­cheurs en Science de la Vie : main­te­nir un accès libre aux don­nées bio­lo­giques pour per­mettre une meilleure inno­va­tion. gérer le data deluge (le déluge…

  • Un bookmarklet pour accéder plus facilement aux publications

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    Si vous êtes au CNRS, ou à l'Inserm, vous êtes pro­ba­ble­ment fami­liers avec BiblioIn­serm ou Biblio­VIE, les por­tails d’informations et d’accès aux revues de ces ins­ti­tu­tions.   Le por­tail BiblioIn­serm   Le por­tail Biblio­VIE Ces por­tails vous per­mettent d’accéder par exemple à PUBMED et d’y cher­cher des articles, sous réserve d’avoir un iden­ti­fiant et le mot…

  • Comment organiser sa veille en Bioinformatique ?

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    Libre­ment tra­duit, com­plé­té et adap­té de l’article “How to Stay Cur­rent in Bioinformatics/​Genomics” par Ste­phen Tur­ner. Ste­phen est "assis­tant pro­fes­sor" (c'est à dire pro­fes­seur non encore titu­la­ri­sé) en san­té publique, et direc­teur du bio­in­for­ma­tics core de l'Université de Vir­gi­nie, et tient le blog Get­ting Things Done in Gene­tics & Bio­in­for­ma­tics Research. Plu­sieurs per­sonnes ayant deman­dé à Ste­phen com­ment il res­tait…

  • Présentation de l'association JeBiF

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    Présentation de l'association JeBiF

    En bio­in­for­ma­tique, nous sommes sou­vent ame­nés à col­la­bo­rer avec d’autres équipes, dans d’autres labo­ra­toires… Connaître les dif­fé­rentes asso­cia­tions, socié­tés, réseaux, grou­pe­ments ou autres peut être utile. C'est à ce titre là que je sou­haite par­ta­ger mes connais­sances et mes inté­rêts et vous pré­sen­ter l'association JeBiF dont je suis membre. Présentation de JebiF RSG-France Que signifie JeBiF ?…