Comment organiser sa veille en Bioinformatique ?

Libre­ment tra­duit, com­plé­té et adap­té de l’article “How to Stay Cur­rent in Bioinformatics/​Genomics” par Ste­phen Tur­ner. Ste­phen est "assis­tant pro­fes­sor" (c'est à dire pro­fes­seur non encore titu­la­ri­sé) en san­té publique, et direc­teur du bio­in­for­ma­tics core de l'Université de Vir­gi­nie, et tient le blog Get­ting Things Done in Gene­tics & Bio­in­for­ma­tics Research.

Plu­sieurs per­sonnes ayant deman­dé à Ste­phen com­ment il res­tait au cou­rant de ce qu’il se pas­sait dans son domaine, il a déci­dé de par­ta­ger sa stra­té­gie sur son blog. Avec une immen­si­té de sources à dis­po­si­tion, la dif­fi­cul­té n’est pas vrai­ment de trou­ver ce qui est inté­res­sant, mais plu­tôt de fil­trer ce qui ne l’est pas. Ce que vous ne lisez pas est aus­si impor­tant (voire plus) que ce que vous lisez. Donc avec des outils comme les flux RSS, Twit­ter, et sur­tout les emails, il est essen­tiel d’abandonner les sources dont le conte­nu n’est ni per­ti­nent ni inté­res­sant. Voi­ci une façon d'organiser votre veille, libre à vous de vous en ins­pi­rer et de l'adapter. N’hésitez pas à lais­ser des com­men­taires avec ce que vous lisez et trou­ve­riez utiles et qui ont été oublié ici.

 

RSS

La majo­ri­té des news pro­viennent de flux RSS (aide de Google sur grea­der) de blogs et jour­naux.

Jour­naux. La plu­part des jour­naux ont des flux RSS sépa­rés pour leurs articles en cours, ain­si que pour leurs articles publiés en ligne avant impres­sion.

• Bio­in­for­ma­tics — RSS feed of cur­rent and advance online publi­ca­tions
• Genome Research — cur­rent & advance
• Genome Bio­lo­gy — edi­tors picks, latest, most vie­wed, most for­war­ded. (Atten­tion l’icône RSS est cachée der­rière chaque onglet).
• BMC Bio­in­for­ma­tics — edi­tors picks, latest, most vie­wed, most for­war­ded (Atten­tion l’icône RSS est cachée der­rière chaque onglet).
• PLoS Gene­tics — new articles
• PLoS Com­pu­ta­tio­nal Bio­lo­gy — new articles
• Nature Gene­tics — cur­rent TOC and AOP
• Nature Reviews Gene­tics — cur­rent TOC and AOP

Blogs. Pour évi­ter l'effet cata­logue, j'ai déci­dé de ne gar­der que les plus inté­res­sants à mes yeux. Si vous vou­lez d'autres blogs à suivre, je vous conseille de lire l'article ori­gi­nal, la réponse sur Homo­lo­gus, ou d'en deman­der dans les com­men­taires.

Blogs col­lec­tifs (fré­quences des articles assez éle­vée) :

• The Open­He­lix Blog (j'apprécie par­ti­cu­lié­re­ment les SNP­pets, et les Tips of the Week qui sont sou­vent en vidéos… à quand sur bioin­fo-fr ?)
• Homo­lo­gus (très bon blog, avec plein d'articles inté­res­sants, je conseille notam­ment les sui­vants : la bio­in­for­ma­tique pour les nuls par­tie I et par­tie II, les outils indis­pen­sables du bio­in­for­ma­ti­cien, pour­quoi ne pas faire une thèse en bio­in­for­ma­tique)
• bioin​fo​-fr​.net (For­cé­ment, vu que vous lisez cet article, vous connais­sez pro­ba­ble­ment déjà mais en ce qui concerne la biblio­gra­phie, je conseille les caté­go­ries jour­nal club et j'ai lu)
• R‑bloggers (Flux aggré­gés de plus de 350 blogs sur R, donc flux impor­tant, à suivre avec connais­sance de cause)
• Mycor­Web Fun­gal Geno­mics (le por­tail du labo­ra­toire Eco­ge­no­mics of Inter­ac­tions, du fran­çais et de l'anglais, de la géno­mique et des cham­pi­gnons…)
• C@fé des Sciences (com­mu­nau­té de blogs scien­ti­fiques fran­çais, je conseille les caté­go­ries mathé­ma­tiques, sciences de la vie, chi­mie et san­té).
• MyS­cien­ce­Work (com­mu­nau­té scien­ti­fique fran­çaise, je conseille les caté­go­ries mathé­ma­tiques, bio­lo­gie, infor­ma­tique et méde­cine).

Blogs per­son­nels à ne man­quer sous aucun pré­texte (tota­le­ment sub­jec­tif, mais ils sont pour moi indis­pen­sables à suivre) :

Forums

• Seqans­wers — bio­in­for­ma­tics forum
• Seqans­wers — RNA-Seq forum
• BioS­tar
• Bio­lo­gy sur Sta­ckex­change

Google Scholar

Une des récentes mise à jour de Google Scho­lar per­met la décou­verte de nou­velles connec­tions, c'est à dire de nou­veaux articles en se basant sur ceux que vous avez publié pour vous en pro­po­ser d'autres en rap­port. Et même avec un article ça marche, je le conseille à tous ceux qui sont en train de cher­cher de la biblio. (cf l'article sur le blog de google scho­lar, ou celui sur le blog Tree of Life)

Listes de diffusion

Ste­phen pré­fère gar­der ses mails de bou­lot et ses mails per­son­nels sépa­rés, mais il lit ses listes de dif­fu­sion via Gmail, parce qu'il trouve leur outil de recherche meilleur. Il uti­lise un filtre auto­ma­tique pour les anno­ter avec un label “Tra­vail” pour pou­voir les retrou­ver ou les fil­trer faci­le­ment.

• Bio­con­duc­tor (dai­ly digest — résu­mé quo­ti­dien)
• Galaxy. Steve a sous­crit aux -announce, -user, and -dev des listes de dif­fu­sion (il y a éga­le­ment une liste -france), mais il a confi­gu­ré son filtre Gmail pour mar­quer auto­ma­ti­que­ment comme lu les mes­sages des listes ‑user et ‑dev. Il ne trouve pas impor­tant de les regar­der tous les jours, mais c’est pra­tique en uti­li­sant les outils de recherche de Gmail de regar­der par­mi les anciennes réponses à la listes de dif­fu­sion.

Per­son­nel­le­ment j’utilise plu­tôt les listes de dif­fu­sion pour regar­der les offres d’emploi et les annonces des confé­rences avec notam­ment la liste de dif­fu­sion de la SFBI.

Alertes par Email & Abonnements

Les emails peuvent vite deve­nir incon­trô­lables, il vaut mieux gar­der uni­que­ment les choses à ne pas man­quer par email, et uti­li­ser les flux RSS pour le reste.

• SeqAns­wers. Impor­tant de suivre les ques­tions en rap­port avec votre tra­vail, vous pou­vez sous­crire au sujet pour des emails d'alertes chaque fois qu'une nou­velle réponse est pos­tée.
• Google Scho­lar. Vous pou­vez vous faire aler­ter par emails sur cer­tains sujets (e.g. [ rna-seq | trans­crip­tome sequen­cing | RNA-sequen­cing ] or [ intitle:"chip-seq" ]), ou quand cer­taines per­sonnes publient (e.g. ["rit­chie md" & van­der­bilt]). Il uti­lise aus­si les alertes quand cer­tains consor­tia publient (e.g. ["Popu­la­tion Archi­tec­ture using Geno­mics and Epi­de­mio­lo­gy"]).
• Pub­Med — MyNC­BI, parce que Google Scho­lar ne trouve pas tout, vous pou­vez éga­le­ment vous faire aler­ter via myNC­BI (eg : RNA-seq, ChIP-Seq, bio­in­for­ma­tics methods, etc).
• Geno­me­Web. La plu­part sont heb­do­ma­daires, sauf les Dai­ly Scan (quo­ti­dien). C'est bien pour récu­pé­rer des choses qui ont pu pas­ser au tra­vers des alertes Google Sco­lar et Pub­med.

Twitter et les réseaux sociaux, et d'autres outils de communication…

Il y aurait matière à écrire un dos­sier com­plet sur l'utilisation de ces outils de com­mu­ni­ca­tion, voire même sur cha­cun des outils, je laisse donc cela de côté pour de pro­chains articles… Mais j'insiste ici en disant que mis à part Face­book qui me sert rare­ment pour trou­ver des sources en bio­in­for­ma­tique d'autres outils peuvent être utiles si on s'y penche un peu. Si vous vou­lez quelques sug­ges­tions, n'hésitez pas à les deman­der…

Un grand mer­ci à tous ceux qui m'ont conseillé et relu pour l'édition de cet article, en par­ti­cu­lier Mali­cia, Hau­bit, nal­lias, nahoy et Yoann M. pour leurs com­men­taires et dis­cus­sion.