Découverte :
Comment organiser sa veille en Bioinformatique ?

Librement traduit, complété et adapté de l’article “How to Stay Current in Bioinformatics/Genomics” par Stephen Turner. Stephen est "assistant professor" (c'est à dire professeur non encore titularisé) en santé publique, et directeur du bioinformatics core de l'Université de Virginie, et tient le blog Getting Things Done in Genetics & Bioinformatics Research.

Plusieurs personnes ayant demandé à Stephen comment il restait au courant de ce qu’il se passait dans son domaine, il a décidé de partager sa stratégie sur son blog. Avec une immensité de sources à disposition, la difficulté n’est pas vraiment de trouver ce qui est intéressant, mais plutôt de filtrer ce qui ne l’est pas. Ce que vous ne lisez pas est aussi important (voire plus) que ce que vous lisez. Donc avec des outils comme les flux RSS, Twitter, et surtout les emails, il est essentiel d’abandonner les sources dont le contenu n’est ni pertinent ni intéressant. Voici une façon d'organiser votre veille, libre à vous de vous en inspirer et de l'adapter. N’hésitez pas à laisser des commentaires avec ce que vous lisez et trouveriez utiles et qui ont été oublié ici.

RSS

La majorité des news proviennent de flux RSS (aide de Google sur greader) de blogs et journaux.

Journaux. La plupart des journaux ont des flux RSS séparés pour leurs articles en cours, ainsi que pour leurs articles publiés en ligne avant impression.

Blogs. Pour éviter l'effet catalogue, j'ai décidé de ne garder que les plus intéressants à mes yeux. Si vous voulez d'autres blogs à suivre, je vous conseille de lire l'article original, la réponse sur Homologus, ou d'en demander dans les commentaires.

Blogs collectifs (fréquences des articles assez élevée) :

Blogs personnels à ne manquer sous aucun prétexte (totalement subjectif, mais ils sont pour moi indispensables à suivre) :

Blogs personnels à ne pas manquer (totalement subjectif encore, indispensables aussi):

Blogs personnels (très intéressants à suivre également, mais que je classe subjectivement un cran en dessous des autres):

Forums

Google Scholar

Une des récentes mise à jour de Google Scholar permet la découverte de nouvelles connections, c'est à dire de nouveaux articles en se basant sur ceux que vous avez publié pour vous en proposer d'autres en rapport. Et même avec un article ça marche, je le conseille à tous ceux qui sont en train de chercher de la biblio. (cf l'article sur le blog de google scholar, ou celui sur le blog Tree of Life)

Listes de diffusion

Stephen préfère garder ses mails de boulot et ses mails personnels séparés, mais il lit ses listes de diffusion via Gmail, parce qu'il trouve leur outil de recherche meilleur. Il utilise un filtre automatique pour les annoter avec un label “Travail” pour pouvoir les retrouver ou les filtrer facilement.

  • Bioconductor (daily digest - résumé quotidien)
  • Galaxy. Steve a souscrit aux -announce, -user, and -dev des listes de diffusion (il y a également une liste -france), mais il a configuré son filtre Gmail pour marquer automatiquement comme lu les messages des listes -user et -dev. Il ne trouve pas important de les regarder tous les jours, mais c’est pratique en utilisant les outils de recherche de Gmail de regarder parmi les anciennes réponses à la listes de diffusion.

Personnellement j’utilise plutôt les listes de diffusion pour regarder les offres d’emploi et les annonces des conférences avec notamment la liste de diffusion de la SFBI.

Alertes par Email & Abonnements

Les emails peuvent vite devenir incontrôlables, il vaut mieux garder uniquement les choses à ne pas manquer par email, et utiliser les flux RSS pour le reste.

  • SeqAnswers. Important de suivre les questions en rapport avec votre travail, vous pouvez souscrire au sujet pour des emails d'alertes chaque fois qu'une nouvelle réponse est postée.
  • Google Scholar. Vous pouvez vous faire alerter par emails sur certains sujets (e.g. [ rna-seq | transcriptome sequencing | RNA-sequencing ] or [ intitle:"chip-seq" ]), ou quand certaines personnes publient (e.g. ["ritchie md" & vanderbilt]). Il utilise aussi les alertes quand certains consortia publient (e.g. ["Population Architecture using Genomics and Epidemiology"]).
  • PubMed - MyNCBI, parce que Google Scholar ne trouve pas tout, vous pouvez également vous faire alerter via myNCBI (eg: RNA-seq, ChIP-Seq, bioinformatics methods, etc).
  • GenomeWeb. La plupart sont hebdomadaires, sauf les Daily Scan (quotidien). C'est bien pour récupérer des choses qui ont pu passer au travers des alertes Google Scolar et Pubmed.

Twitter et les réseaux sociaux, et d'autres outils de communication...

Il y aurait matière à écrire un dossier complet sur l'utilisation de ces outils de communication, voire même sur chacun des outils, je laisse donc cela de côté pour de prochains articles... Mais j'insiste ici en disant que mis à part Facebook qui me sert rarement pour trouver des sources en bioinformatique d'autres outils peuvent être utiles si on s'y penche un peu. Si vous voulez quelques suggestions, n'hésitez pas à les demander...

Un grand merci à tous ceux qui m'ont conseillé et relu pour l'édition de cet article, en particulier Malicia, Haubit, nalliasnahoy et Yoann M. pour leurs commentaires et discussion.

  • À propos de
  • Issu du Master pro BBSG sur Marseille, j'ai fait une thèse sur Marseille sur la recherche de biomarqueurs prédictifs dans le cancer du sein, suivi par un post-doc à Singapour. Je suis maintenant en Suède, à Stockholm où je travaille pour une biobanque de tumeurs. Anciennement impliqué chez JeBiF, je vous invite fortement à aller aux JeBiF Pubs ;-)

8 commentaires sur “Comment organiser sa veille en Bioinformatique ?

  1. merci pour la mention 😉

    Pierre

    • On aime bien te lire 🙂 Si tu souhaites expliquer comment fonctionne StackExchange et ce qu\'on y trouve, n\'hésite pas !

  2. Merci pour ce billet fort utile (et pour les mentions du C@fé des sciences).

    Quelques remarque :
    - pour moi Twitter est devenu une source majeure de références ;
    - par contre j\'ai totalement arrêté d\'utiliser les RSS ou ToC des journaux ; trop de choses, pas assez de signal / bruit ;
    - je placerais le blog bytesizebiology parmi les plus utiles en ce qui me concerne.

    Enfin, un point pas abordé dans le billet c\'est les emails des collègues, très utiles, et ce que l\'on entends dans les séminaires. Allez à vos séminaires de département etc, vous ne savez jamais ce que vous apprendrez.

    Et donc un appel : quand vous voyez un article intéressant, twittez-le, et/ou envoyez un email aux collègues proches de votre sujet (moi j\'aime bien recevoir des emails de mes doctorants par exemple).

    • Personnellement je me sers aussi énormément de Google+ qui est une mine d\'or d\'informations une fois ses hashtags (complétement inspirés de Twitter) préférés configurés. Il y a une belle communauté bioinformatique sur ce réseau communautaire et facilement accessible également.

  3. @Pierre, de rien, j\'ai fait une sélection des blogs qui me plaisent, et le tien en faisait parti 😉
    @MRR, Totalement vrai, j\'ai pas du tout abordé les emails des collègues, les séminaires, etc... Alors que c\'est super important, j\'ai un des séniors de mon labo, qui bosse pas du tout dans mon domaine qui m\'a donné un lien vers un article fantastique en plein dans mon sujet de thèse. Après c\'est vrai que j\'ai pas assez parlé de twitter et des autres outils de réseaux sociaux, qu\'ils soient virtuels ou réels. Aller en conférence peut être aussi l\'occasion de se faire de nouveaux contacts :-D, et de trouver d\'autres travaux, voire de prendre les références d\'un poster traitant un sujet similaire...

  4. @MRR + Max : J\'ai conseillé que nous ne mélangeons pas Twitter dans cette article. Je préfère qu\'on y consacre un billet spécifique, surtout avec l\'idée en tête que nous avons prévu de lancer un compte @bioinfofr dédié et que c\'est fort probablement bibi qui s\'occupera d\'en développer l\'audience.

    Du coup, je me disais que ça pourrait faire un bon article de non seulement parler de Twitter comme source d\'information avec la nécessité inhérente de filtrer l\'info mais aussi de discuter comment on développe un lectorat francophone dans le domaine qu\'est le nôtre et avec toutes les réserves de la part d\'une bonne partie de nos collègues quand il s\'agit de \"nouvelles technologies\" 🙂

  5. Ah oui, nous avons oublié ce blog qui est vraiment marrant. C\'est de la vulgarisation mais bien faite : http://tumourrasmoinsbete.blogspot.fr/

  6. http://www.gettinggeneticsdone.com/2017/02/staying-current-in-bioinformatics-genomics-2017.html

    Nouvelle version de l\'article original de Stephen Turner 😉

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