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ELIXIR, un savant mélange de pays

Logo d'ELIXIR - © EMBL-EBI, 2013

Logo d'ELIXIR - © EMBL-EBI, 2013

Vous avez peut-être entendu parler d'ELIXIR récemment, car la France vient de rejoindre le projet. Mais ELIXIR, c'est quoi ?

Pour faire simple, ELIXIR c'est la réponse aux défis suivants, chers aux chercheurs en Science de la Vie :

  • maintenir un accès libre aux données biologiques pour permettre une meilleure innovation.
  • gérer le data deluge (le déluge de données arrivant grâce/à cause des nouvelles technologies à très haut-débit).
  • intégrer les données pour réduire l'éparpillement de la recherche et des efforts.
  • explorer de nouveaux types de données.

Ces défis étant justement d'une portée trop vaste pour être géré par une seule institution ou un seul pays, tout l'intérêt d'ELIXIR réside dans sa dimension européenne.

Son but est donc de construire et d'exploiter durablement une infrastructure permettant l'échange et le stockage de données biologiques, au niveau européen.

En Octobre 2006, l'European Strategy Forum on Research and Innovation (ESFRI), organisme mis en place par 33 pays sous l'initiative du Conseil Européen, a identifié 35 infrastructures de recherche à l'échelle européenne. Et ELIXIR a été retenu comme une des rares pouvant avoir une importance globale dans le développement de la science et de l'innovation.

ELIXIR ne partira cependant pas de rien, et sera bien évidement construit à partir des ressources et services existants.
Pour la France, par exemple cela serait l'Infrastructure RENABI GRISBI, qui pilote la mise en place d'une infrastructure de cloud entre les différents pôles de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB).

L'Infrastructure RENABI GRISBI (CC-BY-SA Isabelle Stévant)

L'Infrastructure RENABI GRISBI (CC-BY-SA Isabelle Stévant)

Ce projet est coordonné par l'European Molecular Biology Laboratory’s European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI).
Son infrastructure est basée sur le modèle hub/nœuds : un hub central sera localisé à l'EMBL-EBI à Hinxton et un nombre important de nœuds dans des centres d'excellence à travers l'Europe.

elixir

Organisation d'ELIXIR suivant le modèle Hub/Noeuds - (Image adaptée, source)

57 organisations dans 24 pays ont fait part de leur intérêt pour devenir un nœud dans ce projet (cf carte interactive).

Le 12 novembre 2013, la France a été le 16ème pays a signer le Memorandum of Understanding (MoU) pour participer à ce projet. C'est le CNRS, qui a signé, représentant les institutions nationales (le CEA, l'INRA, l'INRIA, l'Inserm et bien évidemment le CNRS lui-même).

En 2012, la communauté française de Bioinformatique a établi une infrastructure nationale : l'IFB. Un des but étant de servir de nœud français pour ELIXIR.

Le MoU est une première étape formelle vers l'implémentation d'ELIXIR.

La France a donc rejoint l'EMBL et les 15 autres pays signataires : le Danemark, l'Espagne, l'Estonie, la Finlande, la Grèce, Israël, l'Italie, la Norvège, les Pays-Bas, le Portugal, la République Tchèque, le Royaume Uni, la Slovénie, la Suède et la Suisse.

La prochaine étape est la ratification de l'ELIXIR Consortium Agreement (ECA), qui sera la base légale permanente pour ELIXIR. L'ECA a déjà été ratifié par le Royaume Uni, la Suède, la Suisse et l'EMBL. ELIXIR existera comme une entité légale à part entière, une fois que deux pays de plus auront ratifié l'ECA. Ce qui devrait en tout logique arriver dans les prochains mois.

Plusieurs personnalités ont commenté cet événement :

Le Professeur Søren Brunak, Président du conseil d'administration provisoire d'ELIXIR :

La France rejoint à un instant intéressant ELIXIR qui va bientôt rentrer dans la phase de construction et d'opération. Je suis ravi qu'un pays possédant une aussi forte culture scientifique et d'aussi importants services bioinformatiques rejoigne ELIXIR à ce moment.

Le Docteur Jean-François Gibrat, Directeur de l'IFB :

Le nœud français d'ELIXIR rassemble une expertise précieuse et des ressources considérables dans les domaines de  la metagénomique, la santé, les maladies rares et la biologie. Nous avons hâte de participer à la construction de cette infrastructure vitale.

Le Docteur Niklas Blomberg, Directeur d'ELIXIR :

Je suis ravi que la France nous rejoigne à ce stade. Les services proposés par le nœud français d'ELIXIR vont ajouter une valeur considérable à l'ensemble de l'infrastructure et apporter un réel avantage pour les utilisateurs.

C'est une excellente nouvelle que la France rejoigne ce projet. Cela augure de bons présages pour l'IFB, qui réalise ici un de ses premiers objectifs. Un avenir particulièrement intéressant et innovant se dessine pour la Recherche et plus spécifiquement la Bioinformatique, en France mais aussi en Europe.

Donc surveillez les news.

Merci aux super-relecteurs : Nolwenn, ZaZo0o et Yoann M. (+1 pour l'inspiration).

Pour en savoir plus :

  • À propos de
  • Issu du Master pro BBSG sur Marseille, j'ai fait une thèse sur Marseille sur la recherche de biomarqueurs prédictifs dans le cancer du sein, suivi par un post-doc à Singapour. Je suis maintenant en Suède, à Stockholm où je travaille pour une biobanque de tumeurs. Anciennement impliqué chez JeBiF, je vous invite fortement à aller aux JeBiF Pubs ;-)

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