Catégorie : Découverte
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Débuter avec l'API Ensembl (Perl)
But : Découvrir comment on peut accéder très simplement aux informations d'Ensembl à l'aide d'un script Perl. Niveau : débutant. Pré-requis : Avoir des notions de Perl allant jusqu'à l'utilisation de librairies. Avoir accès à une machine où les librairies Perl d'Ensembl sont installées. Parmi les sites agrégeant de l'information biologique, Ensembl fournit une API (Application Programming Interface)…
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Reconstruction automatique de réseaux métaboliques
Le nombre de génomes séquencés croît aujourd'hui exponentiellement. Il est probable que d'ici peu de temps chacun d'entre nous puisse avoir la séquence de son propre génome pour une poignée de dollars en quelques jours seulement. On peut d'ailleurs se référer à ce récent débat vidéo, dans lequel intervient notamment le professeur Denis Duboule (généticien…
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Alignements multiples : quels logiciels choisir ?
Le but de cet article est de faire gagner du temps à vous, bioinformaticiens, qui comme moi auront un jour à travailler sur ce large sujet que sont les alignements multiples (ou MSA pour Multiple Sequence Alignements). Dans le cadre de mon travail, j’ai eu à réaliser des alignements de séquences sur un nombre de séquences…
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Métagénomique : différences fondamentales avec la génomique
Qu'est ce que la métagénomique ? Depuis quelques années, la métagénomique semble s'installer de plus en plus parmi les sciences du vivant. Bien que plusieurs techniques et modi operandi se cachent derrière le terme "métagénomique", on peut y apposer une définition générale : la métagénomique vise à étudier l'ensemble des génomes issus d'un même milieu ainsi que…
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Récupérer la fiche d'un gène avec les Eutils du NCBI
En bioinformatique il n'est pas rare que l'on ait besoin d’accéder à des informations disponibles sur des bases de données internationales, nous verrons ici le cas de la banque Gene du NCBI. Avant de s'intéresser à la récupération d'une fiche d'un gène en passant par les Eutils, un peu de théorie et d'explications sur une fiche…
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Les langages de programmation
Bonjour à tous et toutes, j'ai l'honneur d'écrire l'un des tout premiers articles du blog Bioinfo-fr. Étant (presque) plus passionné par l'informatique que par la biologie, je vais vous expliquer l'un des outils les plus importants pour un bioinformaticien : la programmation. En effet, il n'existerait pas de bioinformatique sans informatique et donc sans programmation. Pour…