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Exclusif : Bioinfo-fr au Congrès sur le microbiome humain #IHMC2012

Le Congrès inter­na­tio­nal sur le micro­biome humain 2012 (Inter­na­tio­nal Human Micro­biome Congress 2012) a com­men­cé hier, le 19 mars 2012, au Palais Bron­gniart à Paris. Bioin­fo-fr était pré­sent, évi­dem­ment 😉 Voi­ci une petite mise en bouche.

Qu'est-ce que le microbiome humain ?

Il s'agit de l'ensemble de la flore bac­té­rienne du corps humain. Lorsque l'on parle du micro­biome intes­ti­nal, on fait donc réfé­rence à la flore bac­té­rienne du sys­tème diges­tif, encore appe­lée flore intes­ti­nale. Vous pou­vez tran­quille­ment lire l'article Wiki­pé­dia sur le sujet, il est assez bien écrit et docu­men­té.

Pour un rap­pel de ce qu'est la méta­gé­no­mique, je vous recom­mande l'excellent billet de Nico, publié plus tôt ce mois-ci.

Qu'est-ce que MetaHIT ?

Meta­HIT est le sigle de Metageno­mics of the Human Intes­ti­nal Tract. Il s'agit d'un consor­tium euro­péen (finan­cé par la Com­mis­sion Euro­péenne et son pro­gramme FP7) regrou­pant 13 équipes de recherche. Le but de cette aven­ture scien­ti­fique est clai­re­ment de tra­vailler pour amé­lio­rer la san­té humaine. Ain­si, l'objectif est d'établir des liens entre gènes bac­té­riens et désordres chez l'humain tels que l'obésité et les mala­dies intes­ti­nales inflam­ma­toires.

Pour atteindre cet objec­tif, Meta­HIT a d'abord éta­bli un cata­logue de réfé­rence des gènes du micro­biome intes­ti­nal humain. En paral­lèle, un nombre cer­tain d'outils bio­in­for­ma­tiques ont été créés pour pou­voir ana­ly­ser et gérer les énormes jeux de don­nées. Une suite logique du cata­logue était de savoir quels gènes bac­té­riens sont pré­sent chez quels indi­vi­dus de la popu­la­tion humaine. Ain­si, autant des puces à ADN spé­ci­fiques que des approches de séquen­çage à haut débit ont été déve­lop­pées et uti­li­sées pour ana­ly­ser plus de 500 indi­vi­dus.

Beau­coup de choses ont été accom­plies par le consor­tium, mais je m'arrêterai ici dans ce cata­logue à la Pré­vert pour vous invi­ter à faire un tour sur leur site et lire 🙂

Le Congrès, donc

Le pro­gramme avait l'air allé­chant et jusque là, je n'ai pas été déçue. Je vous en par­le­rai plus en détails dans des billets à venir (bien­tôt !) sur des sujets choi­sis par­mi l'effervescence de thé­ma­tiques pré­sentes. Aus­si, il faut l'avouer, pas­ser 3 jours au Palais Bron­gniart contri­bue gran­de­ment au sen­ti­ment de bien-être 🙂

Selon les orga­ni­sa­teurs, 650 per­sonnes se sont ins­crites et — si j'ai cor­rec­te­ment comp­té — 168 pos­ters occupent les pan­neaux dans les espaces dédiés. Je trouve cette idée excel­lente : il n'y a pas des tonnes de pos­ters, ils res­tent pour toute la durée de la confé­rence et les gens pointent vers des pro­jets addi­tion­nels lors de leurs pré­sen­ta­tions orales. On a donc le temps de faire le tour et de dis­cu­ter avec les per­sonnes.

Les 3 jours sont orga­ni­sés en ses­sions thé­ma­tiques. Ain­si, le pre­mier jour était consa­cré à l'introduction à la thé­ma­tique : quelles leçons a‑t-on appris après 5 ans d'études appro­fon­dies et à grande échelle du micro­biome intes­ti­nal humain ? De plus, nous avons vu une mul­ti­tude de pré­sen­ta­tions très inté­res­santes sur les approches ana­ly­tiques employées dans le domaine de la méta­gé­no­mique et sur les façons d'organiser et d'interpréter les don­nées. Cette pre­mière jour­née est très inté­res­sante pour nous en tant que bio­in­for­ma­ti­ciens, donc j'y revien­drai très bien­tôt.

Aujourd'hui (le 20 mars), les thé­ma­tiques sont celles du micro­biome — sa com­po­si­tion et sa varia­tion — chez des indi­vi­dus en bonne san­té et aus­si chez ceux souf­frant de mala­dies diverses. Le der­nier jour (le 21 mars) abor­de­ra des thé­ma­tiques telles que la modu­la­tion du micro­biome (c.-à‑d., effets de la nutri­tion et des médi­ca­ments) et enfin, les pos­sibles fonc­tions de ces com­mu­nau­tés micro­biennes.

La pause café com­mence main­te­nant mais davan­tage de billets sont dans les tubes : sui­vez le tag #IHMC2012 🙂



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