Catégorie : Découverte
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Présentation de l'association JeBiF
En bioinformatique, nous sommes souvent amenés à collaborer avec d’autres équipes, dans d’autres laboratoires… Connaître les différentes associations, sociétés, réseaux, groupements ou autres peut être utile. C'est à ce titre là que je souhaite partager mes connaissances et mes intérêts et vous présenter l'association JeBiF dont je suis membre. Présentation de JebiF RSG-France Que signifie JeBiF ?…
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GPGPU, le "supercalculateur" du pauvre
En bioinformatique, nous sommes souvent amenés à travailler avec des données à grande échelle. Il suffit de voir le nombre de publications incluant les termes “large-scale”, “extensive” ou encore “high-throughput” pour s’en rendre compte. Dans la majorité des cas, on est satisfait du développement d’un outil quand celui-ci fait son job correctement en se souciant…
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Débuter avec l'API Ensembl (Perl)
But : Découvrir comment on peut accéder très simplement aux informations d'Ensembl à l'aide d'un script Perl. Niveau : débutant. Pré-requis : Avoir des notions de Perl allant jusqu'à l'utilisation de librairies. Avoir accès à une machine où les librairies Perl d'Ensembl sont installées. Parmi les sites agrégeant de l'information biologique, Ensembl fournit une API (Application Programming Interface)…
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Reconstruction automatique de réseaux métaboliques
Le nombre de génomes séquencés croît aujourd'hui exponentiellement. Il est probable que d'ici peu de temps chacun d'entre nous puisse avoir la séquence de son propre génome pour une poignée de dollars en quelques jours seulement. On peut d'ailleurs se référer à ce récent débat vidéo, dans lequel intervient notamment le professeur Denis Duboule (généticien…
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Alignements multiples : quels logiciels choisir ?
Le but de cet article est de faire gagner du temps à vous, bioinformaticiens, qui comme moi auront un jour à travailler sur ce large sujet que sont les alignements multiples (ou MSA pour Multiple Sequence Alignements). Dans le cadre de mon travail, j’ai eu à réaliser des alignements de séquences sur un nombre de séquences…
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Métagénomique : différences fondamentales avec la génomique
Qu'est ce que la métagénomique ? Depuis quelques années, la métagénomique semble s'installer de plus en plus parmi les sciences du vivant. Bien que plusieurs techniques et modi operandi se cachent derrière le terme "métagénomique", on peut y apposer une définition générale : la métagénomique vise à étudier l'ensemble des génomes issus d'un même milieu ainsi que…
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Récupérer la fiche d'un gène avec les Eutils du NCBI
En bioinformatique il n'est pas rare que l'on ait besoin d’accéder à des informations disponibles sur des bases de données internationales, nous verrons ici le cas de la banque Gene du NCBI. Avant de s'intéresser à la récupération d'une fiche d'un gène en passant par les Eutils, un peu de théorie et d'explications sur une fiche…