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- Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012 -

Catégorie : Didacticiel

  • Rendre un pipeline Snakemake à l'épreuve des plateformes

    Rendre un pipeline Snakemake à l'épreuve des plateformes

    Pour avoir été client des articles ("Sna­ke­make pour les nuls",  "For­ma­li­ser ses pro­to­coles avec Sna­ke­make" et "Sna­ke­make, aller plus loin avec la paral­lé­li­sa­tion") de mon pré­dé­ces­seur lelouar, j'ai déci­dé d'apporter ma pierre à l'édifice et de conti­nuer cette série sur Sna­ke­make. Je vais ici vous par­ler de géné­ra­li­sa­tion de pipe­line pour l'utilisation inten­sive au sein…

  • Les problèmes limités par les entrées/​sorties (IObound)

    Les problèmes limités par les entrées/​sorties (IObound)

    Dans la pre­mière par­tie de ce tuto­riel , j'ai expli­qué ce qu’était la pro­gram­ma­tion concur­rente et paral­lèle, ain­si que détaillé les dif­fé­rents types de pro­gram­ma­tion concur­rente et leurs spé­ci­fi­ci­tés. Si vous ne l'avez pas lue, je vous conseille de la lire avant de démar­rer. Dans cette deuxième par­tie, nous allons nous concen­trer sur l'optimisation d'un…

  • Télécharger des données de séquençage sur le NCBI.. pour les débutants !

    Télécharger des données de séquençage sur le NCBI.. pour les débutants !

    Toi petit étu­diant de M1 qui arrive en pre­mier jour de stage… Viens par ici… Oui TOI ! Toi à qui ton maître de stage te demande de récu­pé­rer les don­nées de séquen­çage d'un article vache­ment bien, sans que tu saches le faire… TOI ! Toi le phy­si­cien qui se met à la bio­lo­gie mais qui ignore…

  • Rendre ses projets R plus accessibles grâce à Shiny

    Vous avez un script que vous sou­hai­tez par­ta­ger avec une équipe expé­ri­men­tale ? Vous ne vou­lez pas que les uti­li­sa­teurs modi­fient le code pour para­mé­trer votre pro­gramme ? Vous codez avec R ? Alors cet article est fait pour vous ! Nous allons voir com­ment créer une appli­ca­tion web avec R et per­mettre à votre uti­li­sa­teur d’exécuter votre code…

  • Du CV jusqu'au poster avec Inkscape (débutant)

    Du CV jusqu'au poster avec Inkscape (débutant)

    Nous revoi­là pour de nou­velles aven­tures sur Inks­cape ! Le but de ce tuto est moins de faire son CV avec Inks­cape, quand des outils qu’on uti­lise tous les jours le font très bien, que de se fami­lia­ri­ser avec un outil puis­sant en mani­pu­lant des notions de bases qui peuvent ser­vir ensuite notam­ment dans l’élaboration de…

  • LaTeX : les lettres (de motivation) !

    LaTeX : les lettres (de motivation) !

    Après avoir appris à com­pi­ler, à insé­rer des flot­tants, à mettre en forme les para­graphes et à insé­rer des mathé­ma­tiques, il est temps de faire une petite pause hors de la classe article et de se pen­cher sur les lettres (notam­ment parce que si mes pré­dic­tions sont justes, certain·e·s d'entre vous doivent écrire des lettres…

  • Inkscape pour biologistes

    Inkscape pour biologistes

    Fini les rec­tangles pour faire des pro­téines ou les images pixe­li­sées cho­pées sur des sites dou­teux ! Dans 10 minutes vous serez un pro d'Inks­cape qui est un logi­ciel gra­tuit pour "des­si­ner" avec une prise en main très rapide per­met­tant de réa­li­ser des figures vec­to­rielles, non construites en pixels, pou­vant être alors redi­men­sion­nées à l'infini en conser­vant…

  • Apprivoiser l'ami ursidé de Python : Pandas

    Apprivoiser l'ami ursidé de Python : Pandas

    Durant mon stage de M2, j’ai eu l’occasion de cha­touiller ce drôle d’animal qu’est pan­das. En effet, j’ai tra­vaillé sur des don­nées de pro­téo­mique conte­nues dans des fichiers tabu­lés. Il s'agissait de com­pa­rer la pré­sence des pro­téines ou leur expres­sion dans dif­fé­rents échan­tillons. Les abon­dances rela­tives (la variable étu­diée) étaient indi­quées pour les dif­fé­rentes pro­téines…