Catégorie : Didacticiel
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Rendre ses projets R plus accessibles grâce à Shiny
Bonjour à tous ! Vous avez un script que vous souhaitez partager avec une équipe expérimentale ? Vous ne voulez pas que les utilisateurs modifient le code pour paramétrer votre programme ? Vous codez avec R ? Alors cet article est fait pour vous ! Nous allons voir comment créer une application web avec R et permettre à votre utilisateur…
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Du CV jusqu'au poster avec Inkscape (débutant)
Nous revoilà pour de nouvelles aventures sur Inkscape ! Le but de ce tuto est moins de faire son CV avec Inkscape, quand des outils qu’on utilise tous les jours le font très bien, que de se familiariser avec un outil puissant en manipulant des notions de bases qui peuvent servir ensuite notamment dans l’élaboration de…
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LaTeX : les lettres (de motivation) !
Après avoir appris à compiler, à insérer des flottants, à mettre en forme les paragraphes et à insérer des mathématiques, il est temps de faire une petite pause hors de la classe article et de se pencher sur les lettres (notamment parce que si mes prédictions sont justes, certain·e·s d'entre vous doivent écrire des…
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Inkscape pour biologistes
Fini les rectangles pour faire des protéines ou les images pixelisées chopées sur des sites douteux ! Dans 10 minutes vous serez un pro d'Inkscape qui est un logiciel gratuit pour "dessiner" avec une prise en main très rapide permettant de réaliser des figures vectorielles, non construites en pixels, pouvant être alors redimensionnées à l'infini en conservant…
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Apprivoiser l'ami ursidé de Python : Pandas
Durant mon stage de M2, j’ai eu l’occasion de chatouiller ce drôle d’animal qu’est pandas. En effet, j’ai travaillé sur des données de protéomique contenues dans des fichiers tabulés. Il s'agissait de comparer la présence des protéines ou leur expression dans différents échantillons. Les abondances relatives (la variable étudiée) étaient indiquées pour les différentes protéines…
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LaTeX : automatisez le traitement des CSV
Vous avez peut-être vu l'excellent article de Chopopope sur l'utilisation des flottants en LaTeX, et en particulier la partie sur la création de tableaux. Non ? Pour les retardataires, c'est par ici… Vous vous êtes surement rendu compte que créer des tableaux peut être long et fastidieux. De plus, en bons bioinformaticiens, vos données tabulées sont…
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Maîtrisez le cache de Rmarkdown !
Pour des raisons de reproduction de la science, il est important de conserver une trace de tout ce que l'on fait sur son ordinateur. Pour cela, faire des rapports est la meilleure manière que je connaisse qui permette d'inclure le code et les résultats d'une analyse. Pour faire ça bien avec R, on a déjà…
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LaTeX : les maths !
Après avoir appris à compiler, à insérer des flottants et à mettre en forme les paragraphes, on va s'attaquer à un truc plutôt coolish qui fait la force de LaTeX : la mise en forme de maths ! Comme c'est long et vaste, on va faire ça en plusieurs fois 😉 ! Tables des matières : 1. Ce qu'il…
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Jouer avec l'API de KEGG
Il n'est pas rare que nous ayons un jour besoin de récupérer des informations de la base de données KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Cette base de données fournit un nombre conséquent d'informations sur les génomes et les réseaux de gènes mais également sur les voies métaboliques ou les maladies. Dans ces cas…