Étiquette : Python

  • Choisir entre R et Python en bioinformatique ? Regards croisés entre collègues enseignants-chercheurs

    Choisir entre R et Python en bioinformatique ? Regards croisés entre collègues enseignants-chercheurs

    Gaëlle Lelan­dais et Pierre Pou­lain Qui sommes-nous ? Tous les deux pas­sion­nés par l’enseignement, les pro­blé­ma­tiques de big data et d’analyse de don­nées en bio­lo­gie, nous nous côtoyons pro­fes­sion­nel­le­ment depuis 15 ans, avec écoute et bien­veillance. Si l’étiquette de « bio­in­for­ma­ti­cien » nous est sou­vent attri­buée, nous sommes pour­tant très dif­fé­rents. Je (Gaëlle) tra­vaille sur des pro­blé­ma­tiques de…

  • Installer JupyterHub pour des Notebooks hébergés sur votre serveur

    Installer JupyterHub pour des Notebooks hébergés sur votre serveur

    Vous connais­sez sans doute déjà les note­books Jupy­ter [1], ces docu­ments web où l'on peut rédi­ger du conte­nu en Mark­down, pou­vant conte­nir des for­mules mathé­ma­tiques en LaTeX, mêlées à des cel­lules de code Python, (ou R, Julia etc.) que l'on peut exé­cu­ter au cas par cas de façon inter­ac­tive. Ils sont pas mal uti­li­sés en…

  • J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la vie

    J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la vie

    Python et la bio­in­for­ma­tique asso­ciés dans un livre, qui plus est écrit par deux maîtres de confé­rences pas­sion­nés de l'Université Paris Dide­rot que sont Patrick Fuchs et Pierre Pou­lain : nous nous devions de nous pro­cu­rer cet ouvrage et de vous en faire une rapide retrans­crip­tion ! Ce bou­quin date de juillet 2019 et c'est tout sim­ple­ment…

  • Concours : Noël avant l'heure !

    Concours : Noël avant l'heure !

    A l'occasion de la sor­tie de notre fiche de lec­ture sur le livre "Pro­gram­ma­tion en Python pour les sciences de la vie" et sur une gen­tille pro­po­si­tion de Pierre Pou­lain & Patrick Fuchs, nous vous pro­po­sons un petit jeu concours avant Noël. Pour par­ti­ci­per : il y a dans le livre un petit eas­ter egg pla­cé…

  • Rendre un pipeline Snakemake à l'épreuve des plateformes

    Rendre un pipeline Snakemake à l'épreuve des plateformes

    Pour avoir été client des articles ("Sna­ke­make pour les nuls",  "For­ma­li­ser ses pro­to­coles avec Sna­ke­make" et "Sna­ke­make, aller plus loin avec la paral­lé­li­sa­tion") de mon pré­dé­ces­seur lelouar, j'ai déci­dé d'apporter ma pierre à l'édifice et de conti­nuer cette série sur Sna­ke­make. Je vais ici vous par­ler de géné­ra­li­sa­tion de pipe­line pour l'utilisation inten­sive au sein…

  • Les problèmes limités par les entrées/​sorties (IObound)

    Les problèmes limités par les entrées/​sorties (IObound)

    Dans la pre­mière par­tie de ce tuto­riel , j'ai expli­qué ce qu’était la pro­gram­ma­tion concur­rente et paral­lèle, ain­si que détaillé les dif­fé­rents types de pro­gram­ma­tion concur­rente et leurs spé­ci­fi­ci­tés. Si vous ne l'avez pas lue, je vous conseille de la lire avant de démar­rer. Dans cette deuxième par­tie, nous allons nous concen­trer sur l'optimisation d'un…

  • La programmation concurrente en python

    La programmation concurrente en python

    Ce tuto­riel est une tra­duc­tion infi­dèle d'un article de real​py​thon​.com https://​real​py​thon​.com/​p​y​t​h​o​n​-​c​o​n​c​u​r​r​e​n​c​y​/​#​w​h​e​n​-​t​o​-​u​s​e​-​c​o​n​c​u​r​r​e​ncy Mer­ci à eux pour leur for­mi­dable tra­vail et leur auto­ri­sa­tion. Vous avez cer­tai­ne­ment enten­du par­ler de la librai­rie asyn­cio qui a été ajou­té à Python 3 et vous êtes curieux de savoir com­ment elle se place par rap­port aux autres méthodes de pro­gram­ma­tions concur­rentes ?…

  • ViLoVar : un outil pour la visualisation de variations génétiques

    ViLoVar : un outil pour la visualisation de variations génétiques

    Pour mon pre­mier article, je vais vous pré­sen­ter un outil que j'ai déve­lop­pé lorsque je tra­vaillais sur le pro­jet "Myo­cap­ture"; un pro­jet natio­nal de séquen­çage d'exomes qui por­tait sur les myo­pa­thies (https://​www​.afm​-tele​thon​.fr/​m​y​o​p​a​t​h​i​e​-​c​o​n​g​e​n​i​t​a​l​e​-​6​675). Ce pro­jet visait à trou­ver de nou­velles muta­tions res­pon­sables de ces mala­dies rares. Il a éga­le­ment per­mis d'identifier de nou­veaux gènes impli­qués dans…

  • #JOBIM2018 : une étude de réseau

    #JOBIM2018 : une étude de réseau

    Bon­jour à tou·te·s ! Comme une par­tie de la com­mu­nau­té bio­in­for­ma­tique fran­çaise, et pro­ba­ble­ment du lec­to­rat de ce blog, je me suis ren­du à la 19è édi­tion des Jour­nées Ouvertes en Bio­lo­gie, Infor­ma­tique et Mathé­ma­tiques (JOBIM). Celle-ci se tenait à Mar­seille, au Palais du Pha­ro, et pour celles et ceux d'entre vous curieux·ses de connaître le…