Étiquette : programmation

  • La première carte de la diversité génétique des poissons publiée

    La première carte de la diversité génétique des poissons publiée

    Introduction En ce début d’année 2020, notre équipe* a publié la pre­mière carte mon­diale de la diver­si­té géné­tique des pois­sons d’eau de mer et d’eau douce. C’est un ins­tru­ment impor­tant pour la pré­ser­va­tion des espèces. Cette pre­mière carte est publiée dans la revue Nature Com­mu­ni­ca­tions. Comme j’ai réa­li­sé l’ensemble des ana­lyses bio-infor­ma­tiques, je me suis…

  • J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la vie

    J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la vie

    Python et la bio­in­for­ma­tique asso­ciés dans un livre, qui plus est écrit par deux maîtres de confé­rences pas­sion­nés de l'Université Paris Dide­rot que sont Patrick Fuchs et Pierre Pou­lain : nous nous devions de nous pro­cu­rer cet ouvrage et de vous en faire une rapide retrans­crip­tion ! Ce bou­quin date de juillet 2019 et c'est tout sim­ple­ment…

  • Concours : Noël avant l'heure !

    Concours : Noël avant l'heure !

    A l'occasion de la sor­tie de notre fiche de lec­ture sur le livre "Pro­gram­ma­tion en Python pour les sciences de la vie" et sur une gen­tille pro­po­si­tion de Pierre Pou­lain & Patrick Fuchs, nous vous pro­po­sons un petit jeu concours avant Noël. Pour par­ti­ci­per : il y a dans le livre un petit eas­ter egg pla­cé…

  • Les tests en bioinformatique

    Les tests en bioinformatique

    Tester est-ce douter ? Aujourd'hui on va par­ler d'un truc très connu des infor­ma­ti­ciens mais encore trop peu connu en bio-infor­ma­tique : les tests. Cette pra­tique est pour­tant conseillée dans le guide du bon bro­in­for­ma­ti­cien . Alors, qu'est ce qu'un test ? Un test désigne une pro­cé­dure de véri­fi­ca­tion d'un sys­tème. Son objec­tif prin­ci­pal est d'identifier un nombre…

  • canSnippet : le voilà !

    canSnippet : le voilà !

    Nous vous l'avions annon­cé il y a qua­si­ment un an jour pour jour lors de notre pré­sen­ta­tion à JOBIM2017 à Lille. Il est main­te­nant là, dis­po­nible, consul­table et à por­tée de tous : canS­nip­pet Com­mu­ni­ty Edi­tion. A vos marques pages, c'est ici que ça se pas­se­ra doré­na­vant : https://​cans​nip​pet​.bioin​fo​-fr​.net/ ! Le principe Avoir une col­lec­tion de snip­pets…

  • Jouer avec l'API de KEGG

    Jouer avec l'API de KEGG

    Il n'est pas rare que nous ayons un jour besoin de récu­pé­rer des infor­ma­tions de la base de don­nées KEGG (Kyo­to Ency­clo­pe­dia of Genes and Genomes). Cette base de don­nées four­nit un nombre consé­quent d'informations sur les génomes et les réseaux de gènes mais éga­le­ment sur les voies méta­bo­liques ou les mala­dies. Dans ces cas…

  • Rust, un super héros au secours de la bio-informatique ?

    Rust, un super héros au secours de la bio-informatique ?

      Rust est la tra­duc­tion du mot "rouille" en anglais, ain­si qu'un jeu vidéo de sur­vie post-apo­ca­lyp­tique, mais c'est aus­si un lan­gage de pro­gram­ma­tion. Et vous devez main­te­nant vous deman­der : Encore un autre langage, mais pourquoi ? Les origines En 2006 Gray­don Hoare, un déve­lop­peur chez Mozilla, com­mence un pro­jet per­son­nel, un nou­veau lan­gage de pro­gram­ma­tion…

  • Software Carpentry ou la transmission de bonnes pratiques en informatique

    Avec l’augmentation de la capa­ci­té des ordi­na­teurs et de la qua­li­té des algo­rithmes, l’informatique prend une place de plus en plus impor­tante dans la vie de tous les jours, mais aus­si dans la recherche. Cela est ren­du aus­si pos­sible grâce à la pro­gram­ma­tion et aux amé­lio­ra­tions des lan­guages, des outils et des pra­tiques. Les déve­lop­peurs sont…

  • Écrire son parseur à la main — chroniques d'une mauvaise bonne idée

    Écrire son parseur à la main — chroniques d'une mauvaise bonne idée

    Partie 1 Où l'on prend conscience de l'existence de stan­dards, et de leur néces­si­té. Tout petit pro­gramme s'éveillant au monde se trou­ve­ra un jour face à ses obli­ga­tions : s’interfacer avec ce der­nier. La lumière exté­rieure devra alors péné­trer son petit antre, appor­tant mali­cieu­se­ment l'information de mille autres petits pro­grammes, si hété­ro­clites et désor­don­nés que nul…