Étiquette : programmation
-
La première carte de la diversité génétique des poissons publiée
Introduction En ce début d’année 2020, notre équipe* a publié la première carte mondiale de la diversité génétique des poissons d’eau de mer et d’eau douce. C’est un instrument important pour la préservation des espèces. Cette première carte est publiée dans la revue Nature Communications. Comme j’ai réalisé l’ensemble des analyses bio-informatiques, je me suis…
-
J'ai lu : Programmation en Python pour les sciences de la vie
Python et la bioinformatique associés dans un livre, qui plus est écrit par deux maîtres de conférences passionnés de l'Université Paris Diderot que sont Patrick Fuchs et Pierre Poulain : nous nous devions de nous procurer cet ouvrage et de vous en faire une rapide retranscription ! Ce bouquin date de juillet 2019 et c'est tout simplement…
-
Concours : Noël avant l'heure !
A l'occasion de la sortie de notre fiche de lecture sur le livre "Programmation en Python pour les sciences de la vie" et sur une gentille proposition de Pierre Poulain & Patrick Fuchs, nous vous proposons un petit jeu concours avant Noël. Pour participer : il y a dans le livre un petit easter egg placé…
-
Les tests en bioinformatique
Tester est-ce douter ? Aujourd'hui on va parler d'un truc très connu des informaticiens mais encore trop peu connu en bio-informatique : les tests. Cette pratique est pourtant conseillée dans le guide du bon broinformaticien . Alors, qu'est ce qu'un test ? Un test désigne une procédure de vérification d'un système. Son objectif principal est d'identifier un nombre…
-
canSnippet : le voilà !
Nous vous l'avions annoncé il y a quasiment un an jour pour jour lors de notre présentation à JOBIM2017 à Lille. Il est maintenant là, disponible, consultable et à portée de tous : canSnippet Community Edition. A vos marques pages, c'est ici que ça se passera dorénavant : https://cansnippet.bioinfo-fr.net/ ! Le principe Avoir une collection de snippets…
-
Jouer avec l'API de KEGG
Il n'est pas rare que nous ayons un jour besoin de récupérer des informations de la base de données KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Cette base de données fournit un nombre conséquent d'informations sur les génomes et les réseaux de gènes mais également sur les voies métaboliques ou les maladies. Dans ces cas…
-
Rust, un super héros au secours de la bio-informatique ?
Rust est la traduction du mot "rouille" en anglais, ainsi qu'un jeu vidéo de survie post-apocalyptique, mais c'est aussi un langage de programmation. Et vous devez maintenant vous demander : Encore un autre langage, mais pourquoi ? Les origines En 2006 Graydon Hoare, un développeur chez Mozilla, commence un projet personnel, un nouveau langage de programmation…
-
Software Carpentry ou la transmission de bonnes pratiques en informatique
Avec l’augmentation de la capacité des ordinateurs et de la qualité des algorithmes, l’informatique prend une place de plus en plus importante dans la vie de tous les jours, mais aussi dans la recherche. Cela est rendu aussi possible grâce à la programmation et aux améliorations des languages, des outils et des pratiques. Les développeurs sont…
-
Écrire son parseur à la main — chroniques d'une mauvaise bonne idée
Partie 1 Où l'on prend conscience de l'existence de standards, et de leur nécessité. Tout petit programme s'éveillant au monde se trouvera un jour face à ses obligations : s’interfacer avec ce dernier. La lumière extérieure devra alors pénétrer son petit antre, apportant malicieusement l'information de mille autres petits programmes, si hétéroclites et désordonnés que nul…