Blennie de roux (Parablennius rouxi), poisson cryptobenthique connu en Méditerranée, photographié dans le Parc National des Calanques.Crédit: Emilie Boulanger
Introduction
En ce début d’année 2020, notre équipe* a publié la première carte mondiale de la diversité génétique des poissons d’eau de mer et d’eau douce. C’est un instrument important pour la préservation des espèces...
Couverture de "Programmation en Python pour les sciences de la vie", par P. Fuchs et P. Poulain
Python et la bioinformatique associés dans un livre, qui plus est écrit par deux maîtres de conférences passionnés de l'Université Paris Diderot que sont Patrick Fuchs et Pierre Poulain : nous nous devions de nous procurer cet ouvrage et de vous en faire une rapide retranscription !
Ce bouquin date de juillet 2019 et c'est tout simplement 275 pages de pur bonheur ! Décomposé en 22 chapitres s'imbriquant tous parfaitement les uns après les autres, il ne peut que (et doit !) devenir une référence dans l'apprentissage du langage Python, avec ou sans bio-informatique derrière...
A l'occasion de la sortie de notre fiche de lecture sur le livre "Programmation en Python pour les sciences de la vie" et sur une gentille proposition de Pierre Poulain & Patrick Fuchs, nous vous proposons un petit jeu concours avant Noël.
Pour participer : il y a dans le livre un petit easter egg placé volontairement (et malicieusement) par nos deux auteurs. La ou le premier qui trouvera cette petite chose rigolote gagnera un livre dédicacé des deux auteurs (idéal pour un cadeau de Noël !) ainsi qu'une belle boite de chocolats ! Gourmandes, gourmands : à vous de jouer !
"hmmmmm"| vmaurin
Participation uniquement par mail à l'adresse concours[CHEZ]bioinfo-fr...
Tester est-ce douter ?
Aujourd'hui on va parler d'un truc très connu des informaticiens mais encore trop peu connu en bio-informatique : les tests.
Cette pratique est pourtant conseillée dans le guide du bon broinformaticien . Alors, qu'est ce qu'un test ?
Un test désigne une procédure de vérification d'un système. Son objectif principal est d'identifier un nombre maximum de comportements problématiques du logiciel afin d'en augmenter la qualité (si les problèmes identifiés lors des tests sont corrigés)...
Nous vous l'avions annoncé il y a quasiment un an jour pour jour lors de notre présentation à JOBIM2017 à Lille. Il est maintenant là, disponible, consultable et à portée de tous : canSnippet Community Edition.
A vos marques pages, c'est ici que ça se passera dorénavant : https://cansnippet.bioinfo-fr.net/ !
Le principe
Avoir une collection de snippets (petits bouts de codes réutilisables) axés autour de la bioinformatique facilement trouvables et retrouvables pour le commun des bioinformaticiens...
Logo de la Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG), propriété intellectuelle de Kanehisa Laboratories.
Il n'est pas rare que nous ayons un jour besoin de récupérer des informations de la base de données KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Cette base de données fournit un nombre conséquent d'informations sur les génomes et les réseaux de gènes mais également sur les voies métaboliques ou les maladies...
Qu'est-ce que c'est ? Un Avion ? Une Fusée ? Ha, non, juste de la rouille …
Rust est la traduction du mot "rouille" en anglais, ainsi qu'un jeu vidéo de survie post-apocalyptique, mais c'est aussi un langage de programmation. Et vous devez maintenant vous demander :
Encore un autre langage, mais pourquoi ?
Les origines
En 2006 Graydon Hoare, un développeur chez Mozilla, commence un projet personnel, un nouveau langage de programmation qu'il va nommer Rust...
Avec l’augmentation de la capacité des ordinateurs et de la qualité des algorithmes, l’informatique prend une place de plus en plus importante dans la vie de tous les jours, mais aussi dans la recherche. Cela est rendu aussi possible grâce à la programmation et aux améliorations des languages, des outils et des pratiques. Les développeurs sont devenus plus productifs.
Mais l’impact sur les scientifiques est plus mitigé...
Nobody expect to be able to parse any (old) C.S.V. Crédit: Paul Downey
Partie 1
Où l'on prend conscience de l'existence de standards, et de leur nécessité.
Tout petit programme s'éveillant au monde se trouvera un jour face à ses obligations : s’interfacer avec ce dernier. La lumière extérieure devra alors pénétrer son petit antre, apportant malicieusement l'information de mille autres petits programmes, si hétéroclites et désordonnés que nul ne sais vraiment qui fait quoi...
Logo de git (http://git-scm.com) Git Logo by Jason Long is licensed under the Creative Commons Attribution 3.0 Unported License
Git est un logiciel de contrôle de versions de fichiers. Il est distribué sous licence GNU GPLv2 et est disponible sur les principaux systèmes d'exploitation.
Dans l'article précédent, nous avions vu comment installer et configurer git, comment créer un dépôt pour un projet, ainsi que les principes de base de gestion de versions...
