Présentation du master BIBS d'Orsay (Paris XI)

Cet article ouvre une caté­go­rie sur les for­ma­tions de bio­in­for­ma­tique en France (et pour­quoi pas ailleurs). Je vais donc vous par­ler du Mas­ter que j'ai sui­vi : le mas­ter Bio­in­for­ma­tique et Bio­sta­tis­tiques (BIBS) d'Orsay (Paris XI) co-habi­li­té par l’École Poly­tech­nique. Ce mas­ter à plu­sieurs années mais il a sa forme actuelle pour la 2ème année consé­cu­tive.

La bio­in­for­ma­tique est, comme la bio­lo­gie, très vaste. En effet pour chaque domaine de la bio­lo­gie on peut trou­ver des besoins en bio­in­for­ma­ti­ciens. Les pré­cé­dents articles ont déjà par­lé de l'analyse de don­nées de séquen­çage (géno­mique, pro­téo­mique, méta­gé­no­mique, etc.) et cer­tains par­mi les sui­vants par­le­ront de replie­ment des pro­téines et d'autres domaines. Dans tous ces domaines, l'informatique couvre l'analyse des don­nées, le sto­ckage, la créa­tion d'outils et la modé­li­sa­tion. Une for­ma­tion en bio­in­for­ma­tique et bio­sta­tis­tiques se doit donc d'être très vaste.

Le mas­ter Bio­In­for­ma­tique et BiosS­ta­tis­tiques (BIBS) d'Orsay tente de cou­vrir tous les aspects de la bio­in­for­ma­tique grâce à des ensei­gnants-cher­cheurs issus de dif­fé­rents labo­ra­toires de l'université Paris-Sud, de l'école Poly­tech­nique, du pla­teau de Saclay et du CNRS de Gif sur Yvette.

Recrutement 

Le recru­te­ment se fait aus­si bien à par­tir d'une licence de bio­lo­gie, que d'informatique ou de mathé­ma­tiques. Aucun pré-requis n'est deman­dé dans les 2 autres dis­ci­plines. Cette par­ti­cu­la­ri­té d'avoir des étu­diants ayant des par­cours très dif­fé­rents fait qu'au pre­mier semestre il existe 3 Uni­tés d'Enseignement (UE) spé­ci­fiques, cha­cune ayant pour but de remettre à niveau dans les domaines qui n'avaient pas été vus en licence (ces UE sont assez intenses, il faut s'attendre à voir de très nom­breux aspects des dis­ci­plines en très peu de temps). Par exemple l'UE de bio­lo­gie va de la bio­chi­mie à la taxo­no­mie. Le regard exté­rieur que j'ai de l'UE d'informatique (venant d'une licence d'informatique) est que les étu­diants l'ayant sui­vie ont une vision glo­bale assez pous­sée, bien qu'évidement moins que ce qui est pos­sible en 3 ans de licence.

Les UE sont décrites sur le site offi­ciel (voir à la fin de l'article) donc je ne vais pas refaire de des­crip­tif pour cha­cune d'elles, cepen­dant celles-ci per­mettent une vision d'ensemble de la bio­in­for­ma­tique (l'écologie excep­tée puisque à part avec un modèle clas­sique simple dans une UE elle est lais­sée de coté). Le Mas­ter a tou­te­fois une forte domi­nante en ARNo­mique car l'équipe ensei­gnante com­porte des spé­cia­listes du domaine et parce que les domaines ‑omiques sont les plus deman­deurs en bio­in­for­ma­ti­ciens. La seconde année qui déter­mine si le mas­ter sera pro­fes­sion­nel ou recherche per­met l'apprentissage de nom­breuses méthodes et domaines non vus l'année pré­cé­dente (comme l'analyse d'images) ou de pous­ser des domaines vus pré­cé­dem­ment (sta­tis­tiques avan­cées par exemple) selon les choix.

Stages et débouchés 

Les stages : Aucun stage n'est obli­ga­toire en M1 mais ils sont conseillés car ils per­mettent d'approfondir les sujets et de se faire une expé­rience sur des pro­jets concrets.

En deuxième année le stage com­mence en mars et fini pour le Mas­ter recherche en juin pour des contraintes d'écoles doc­to­rales et en sep­tembre pour le Mas­ter pro­fes­sion­nel. Le stage de 4 mois en recherche est très court et demande un inves­tis­se­ment très impor­tant, cepen­dant la bonne for­ma­tion et la répu­ta­tion du mas­ter per­mettent aux étu­diants l'obtention d'allocations diverses (DGA, CNRS, allo­ca­tions doc­to­rales clas­siques, …) pour conti­nuer en thèse dans la tota­li­té des cas (pour 2011).

Les débou­chés sont très variés, les thèses peuvent se faire dans des domaines très dif­fé­rents. Par exemple je suis à l'INRA où je fais de la géno­mique com­pa­ra­tive (bio­ana­lyse) et cer­tains sont en bourse CIFRE dans des entre­prises pour faire de la recherche finan­cée par le pri­vé. Par­mi les Mas­ter pro cer­tains sont ingé­nieurs d'étude dans le public (l'EBI par exemple) et d'autre sont dans des grandes entre­prises en bio­ana­lyse (deux per­sonnes de deux pro­mo­tions dif­fé­rentes sont chez l'Oréal par exemple) ou en créa­tion de logi­ciels pour la bio­lo­gie (une per­sonne chez Das­sault Sys­tem par exemple).

Vie étudiante dans le Master

Le Mas­ter a don­né nais­sance à une junior entre­prise réa­li­sant des pro­jets pour des entre­prises ou des labo­ra­toires (site web d'un grou­pe­ment de labo­ra­toires, …) qui entraîne un lien entre les dif­fé­rentes pro­mo­tions du mas­ter. De plus un groupe lin­ke­dIn regroupe les anciens étu­diants et les actuels, cer­tains anciens étu­diants donnent éga­le­ment des cours dans le mas­ter ou viennent pour expli­quer leurs métiers aux étu­diants, ce qui ajoute un lien sup­plé­men­taire entre les pro­mo­tions.

Conclusion

Points forts :

• le fait que les étu­diants venants des dif­fé­rentes for­ma­tions soient ensembles pen­dant presque 2 ans créé une atmo­sphère d'entre-aide et soude les pro­mo­tions (de ce que j'ai vu sur ma pro­mo­tion, celle d'avant et celle d'après).
  
• L'encadrement des étu­diants avec la pré­sen­ta­tion des débou­chés pos­sibles.
  

 Points faibles :

• A cause des for­ma­tions ini­tiales assez dif­fé­rentes il y a de nom­breuses redon­dances entre les cours du pre­mier semestre car cer­taines bases qui ne sont pas encore maî­tri­sées sont indis­pen­sables aux cours sui­vis.
  
• Mal­gré une for­ma­tion très ouverte cer­tains points, comme l'écologie, ne sont pas abor­dés.
  

ATTENTION : Ceci est UN avis d'un unique étu­diant sur la for­ma­tion, pour les infor­ma­tions offi­cielles ren­dez vous sur le site offi­ciel, pour des infor­ma­tions com­plé­men­taires n'hésitez pas à vous connec­ter sur IRC, je me ferai un plai­sir de vous ren­sei­gner. Vous pou­vez éga­le­ment com­mu­ni­quer avec les diri­geants du Mas­ter (Alain Denise et Daniel Gau­the­ret)[edit du 01/​02/​2016 : il s'agit main­te­nant de Chris­tine Froi­de­vaux et Oli­vier Les­pi­net] qui sont très pré­sents pour les étu­diants.

Pour en savoir plus :

Site web offi­ciel :http://www.bibs.u‑psud.fr/index.php

Forum étu­diant : http://www.bioinfo-biostats-etudiants.u‑psud.fr/distribution/

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