Formation :
Présentation du master BIBS d'Orsay (Paris XI)

Cet article ouvre une catégorie sur les formations de bioinformatique en France (et pourquoi pas ailleurs). Je vais donc vous parler du Master que j'ai suivi : le master Bioinformatique et Biostatistiques (BIBS) d'Orsay (Paris XI) co-habilité par l’École Polytechnique. Ce master à plusieurs années mais il a sa forme actuelle pour la 2ème année consécutive.

Logo de l'université Paris-Sud XI - Orsay. Tous droits réservés

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La bioinformatique est, comme la biologie, très vaste. En effet pour chaque domaine de la biologie on peut trouver des besoins en bioinformaticiens. Les précédents articles ont déjà parlé de l'analyse de données de séquençage (génomique, protéomique, métagénomique, etc.) et certains parmi les suivants parleront de repliement des protéines et d'autres domaines. Dans tous ces domaines, l'informatique couvre l'analyse des données, le stockage, la création d'outils et la modélisation. Une formation en bioinformatique et biostatistiques se doit donc d'être très vaste.

Le master BioInformatique et BiosStatistiques (BIBS) d'Orsay tente de couvrir tous les aspects de la bioinformatique grâce à des enseignants-chercheurs issus de différents laboratoires de l'université Paris-Sud, de l'école Polytechnique, du plateau de Saclay et du CNRS de Gif sur Yvette.

Recrutement 

Le recrutement se fait aussi bien à partir d'une licence de biologie, que d'informatique ou de mathématiques. Aucun pré-requis n'est demandé dans les 2 autres disciplines. Cette particularité d'avoir des étudiants ayant des parcours très différents fait qu'au premier semestre il existe 3 Unités d'Enseignement (UE) spécifiques, chacune ayant pour but de remettre à niveau dans les domaines qui n'avaient pas été vus en licence (ces UE sont assez intenses, il faut s'attendre à voir de très nombreux aspects des disciplines en très peu de temps). Par exemple l'UE de biologie va de la biochimie à la taxonomie. Le regard extérieur que j'ai de l'UE d'informatique (venant d'une licence d'informatique) est que les étudiants l'ayant suivie ont une vision globale assez poussée, bien qu'évidement moins que ce qui est possible en 3 ans de licence.

Les UE sont décrites sur le site officiel (voir à la fin de l'article) donc je ne vais pas refaire de descriptif pour chacune d'elles, cependant celles-ci permettent une vision d'ensemble de la bioinformatique (l'écologie exceptée puisque à part avec un modèle classique simple dans une UE elle est laissée de coté). Le Master a toutefois une forte dominante en ARNomique car l'équipe enseignante comporte des spécialistes du domaine et parce que les domaines -omiques sont les plus demandeurs en bioinformaticiens. La seconde année qui détermine si le master sera professionnel ou recherche permet l'apprentissage de nombreuses méthodes et domaines non vus l'année précédente (comme l'analyse d'images) ou de pousser des domaines vus précédemment (statistiques avancées par exemple) selon les choix.

Stages et débouchés 

Les stages : Aucun stage n'est obligatoire en M1 mais ils sont conseillés car ils permettent d'approfondir les sujets et de se faire une expérience sur des projets concrets.

En deuxième année le stage commence en mars et fini pour le Master recherche en juin pour des contraintes d'écoles doctorales et en septembre pour le Master professionnel. Le stage de 4 mois en recherche est très court et demande un investissement très important, cependant la bonne formation et la réputation du master permettent aux étudiants l'obtention d'allocations diverses (DGA, CNRS, allocations doctorales classiques, …) pour continuer en thèse dans la totalité des cas (pour 2011).

Les débouchés sont très variés, les thèses peuvent se faire dans des domaines très différents. Par exemple je suis à l'INRA où je fais de la génomique comparative (bioanalyse) et certains sont en bourse CIFRE dans des entreprises pour faire de la recherche financée par le privé. Parmi les Master pro certains sont ingénieurs d'étude dans le public (l'EBI par exemple) et d'autre sont dans des grandes entreprises en bioanalyse (deux personnes de deux promotions différentes sont chez l'Oréal par exemple) ou en création de logiciels pour la biologie (une personne chez Dassault System par exemple).

Vie étudiante dans le Master

Le Master a donné naissance à une junior entreprise réalisant des projets pour des entreprises ou des laboratoires (site web d'un groupement de laboratoires, …) qui entraîne un lien entre les différentes promotions du master. De plus un groupe linkedIn regroupe les anciens étudiants et les actuels, certains anciens étudiants donnent également des cours dans le master ou viennent pour expliquer leurs métiers aux étudiants, ce qui ajoute un lien supplémentaire entre les promotions.

Conclusion

Points forts :

  • le fait que les étudiants venants des différentes formations soient ensembles pendant presque 2 ans créé une atmosphère d'entre-aide et soude les promotions (de ce que j'ai vu sur ma promotion, celle d'avant et celle d'après).

  • L'encadrement des étudiants avec la présentation des débouchés possibles.

 Points faibles :

  • A cause des formations initiales assez différentes il y a de nombreuses redondances entre les cours du premier semestre car certaines bases qui ne sont pas encore maîtrisées sont indispensables aux cours suivis.

  • Malgré une formation très ouverte certains points, comme l'écologie, ne sont pas abordés.

ATTENTION : Ceci est UN avis d'un unique étudiant sur la formation, pour les informations officielles rendez vous sur le site officiel, pour des informations complémentaires n'hésitez pas à vous connecter sur IRC, je me ferai un plaisir de vous renseigner. Vous pouvez également communiquer avec les dirigeants du Master (Alain Denise et Daniel Gautheret)[edit du 01/02/2016 : il s'agit maintenant de Christine Froidevaux et Olivier Lespinet] qui sont très présents pour les étudiants.

Pour en savoir plus :

Site web officiel :http://www.bibs.u-psud.fr/index.php

Forum étudiant : http://www.bioinfo-biostats-etudiants.u-psud.fr/distribution/

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  • À propos de
  • Je suis en doctorat sur la génomique des populations des champignons ectomycorhiziens (par exemple la Truffe) à l'INRA de Nancy. Avant cela j'ai effectué un Master Bioinformatique et Biostatistiques à l'Université Paris-Sud XI (Orsay) pendant lequel j'ai effectué des stages sur la dynamique des éléments transposables (recherche et modélisation). J'ai avant cela effectué une licence Informatique dans cette même université.

9 commentaires sur “Présentation du master BIBS d'Orsay (Paris XI)

  1. Je voudrais juste mettre commentaire de mise à jour, car Alain Denise n\'est plus responsable du master à partir de cette année, remplacé par Christine Froideveaux (tout aussi joignable pour les éventuelles questions) 🙂

    Go BIBS!

    • Salut, autre mise à jour, Christine Froidevaux et Olivier Lespinet sont les responsables.
      De plus le lien vers le site du BDE est mort : http://www.bioinfo-biostats-etudiants.u-psud.fr/

      BIBS pour toujours... (même si maintenant les M2 sont AMI2B...)

      • Merci Bunny et Ccile pour vos commentaires. J\'ai édité l\'article pour les nouveaux responsables.
        Par contre pour le lien du BDE, je laisse le lien mort (au cas où il renaisse de ses cendres) et j\'attendrai d\'avoir une autre proposition pour le mettre à jour.

  2. A toutes fins utiles :
    le guide http://www.orientation-Environnement.com référence les formations diplômantes en environnement, notamment les Masters en écologie, biodiversité. Cet inventaire ne prétend pas l\'exhaustivité mais la mise à jour est effectuée continuellement. Bien à vous.

  3. Bonjour,

    Je recherche un étudiant du master bio informatique d\'Orsay pour faire un interview ( pour mon projet professionnel)

    Merci beaucoup

    Marie

    • Bonjour Marie !

      Je suis issue du Master BIBS, promo 2013/2015. Je me ferait un plaisir de répondre à tes questions en privé ou de te rediriger vers d\'autres anciens BIBS si tu veux quelqu\'un qui a fait la formation depuis plus longtemps ^^

      Bonne journée

      • Bonjour,
        j\'aimerais bien m\'entretenir avec vous à propos de la formations BIBs si ça vous dérange pas.
        Cordialement

        Houssem

  4. Bonjour,

    je suis interessé par ce master, j\'aimerais bien parler à un ancien qui à suivit cette formation

    Houssem

    • Bonjour,

      Les admins m\'ont transmis votre mail, je vous contacte rapidement 🙂

      Gwenaëlle

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