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Le rôle de la bioinformatique dans les labos collaboratifs

Y a‑t-il une place pour la bioinformatique dans les structures du type « Do it yourself biology », « Bio-hackers spaces » et autres FabLabs ?

Avant de répondre à cette ques­tion, quelques pré­ci­sions sur ces espaces col­la­bo­ra­tifs sont néces­saires. Il s’agit de curieux et de pas­sion­nés qui se retrouvent dans des caves… ou des labo­ra­toires pour éla­bo­rer des pro­jets créa­tifs et nova­teurs, et défendre la phi­lo­so­phie du libre accès à la connais­sance. Le poste de Shalf regroupe quelques vidéos et des sources biblio­gra­phiques de réfé­rences dans ce domaine en ébul­li­tion.

Ces lieux hors du com­mun ont été créés aux Etats-Unis par de for­mi­dables idéa­listes comme Mitch Alt­man. Une Charte leur per­met de fixer les buts et les limites de leur action avec des règles de vie en groupe. Une envie de jouer, avec la matière et la science, les motive. Le desi­gn, le mar­ke­ting et d’autres dis­ci­plines se croisent dans ces lieux qui occupent par­fois des espaces de « Co-wor­king ».

Les labo­ra­toires col­la­bo­ra­tifs orien­tés en bio­lo­gie se sont éri­gés en une asso­cia­tion inter­na­tio­nale, depuis 2008, qui regroupe tous les lieux estam­pillés DIY­bio, avec notam­ment La paillasse à Paris. Vous pour­rez trou­ver d'autres espaces DIY­bio ici. D'autres labos col­la­bo­ra­tifs orien­tés en élec­tro­nique sont regrou­pés sous l’appellation FabLab, avec notam­ment celui du célèbre Bar­bu de la grotte du bar­bu en Creuse (France), le Rural­Lab, Ou encore les FabLabs suisses. L’appellation "Hacker space" est à l'origine uti­li­sée par les labos col­la­bo­ra­tifs orien­tés en infor­ma­tique, mais elle s'applique, aujourd'hui, à tous ces espaces col­la­bo­ra­tifs où les pas­sion­nés se ren­contrent et tra­vaillent.

Les célèbres confé­rences TED ont vu pas­ser quelques membres de FabLab, comme par exemple Nico­las Huchet qui pré­sente son pro­jet de pro­thèse de main impri­mée en 3D lors de TEDx de Rennes ci des­sous.

Un Hackuarium à l’ UniverCité

Locaux de l'association Hackua­rium (CC-BY 3.0 funam­bu­line)

Un nou­vel espace dédié à l'innovation par­ti­ci­pa­tive a récem­ment ouvert à Renens (en Suisse, près de Lau­sanne). Dans ce lieu inso­lite nom­mé Uni­ver­Ci­té, l’association Hackua­rium à éta­bli son quar­tier géné­ral. J’ai pu y croi­ser quelques per­son­na­li­tés volon­taires et créa­tives avec les­quelles nous avons mené un petit pro­jet bio­in­for­ma­tique d’impression de modèles 3D de pro­téines. Un tuto­riel sur la méthode uti­li­sée est dis­po­nible ici. L’association Hackua­rium est très active et sera pré­sente dans des évè­ne­ments comme les Desi­gn Days et la Nip­conf. Enfin l'exposition LAB/​LIFE au Musée de la main à Lau­sanne, va pro­po­ser au public deux struc­tures de pro­téines en 3D pro­duites en col­la­bo­ra­tion avec Hackua­rium, l’éprouvette de l’UNIL et la pla­te­forme d’impression 3D de STI à l’EPFL.

Impres­sion 3D de la pro­téine COX1

La Bioinformatique démocratisée ?

La bio­in­for­ma­tique ouvre des pers­pec­tives impor­tantes dans le domaine de la méde­cine per­son­na­li­sée. Elle per­met l’étude des patho­gènes viraux et bac­té­riens, ain­si que d’autres études fon­da­men­tales sur les méca­nismes molé­cu­laires propres à la vie. Com­ment démo­cra­ti­ser une dis­ci­pline aus­si éloi­gnée du grand public ?

Minions issus du film " (source)

Il est pos­sible de réa­li­ser aujourd’hui des ana­lyses impor­tantes sur un simple ordi­na­teur de bureau. Une grande par­tie des logi­ciels et des don­nées sont en libre accès sur le WEB. Les nou­velles tech­no­lo­gies de séquen­çage minION de Nano­pore ou les « Lab on chip » per­met­tront à leur tour la démo­cra­ti­sa­tion de cette dis­ci­pline. Marc Robin­son-Recha­vi nous explique, dans son blog « tout se passe comme ci », les pos­si­bi­li­tés de cette tech­no­lo­gie de séquen­çage por­table. Dans un article inti­tu­lé « De l'explosion du tout séquen­çage à la méde­cine », Yoann M donne un bon aper­çu des avan­tages et des inté­rêts éco­no­miques der­rières ces outils pro­met­teurs. Enfin, l'enthousiasme com­mu­ni­ca­tif de Mark Ake­son achève de nous convaincre de l'avenir de ces pro­duits haute tech­no­lo­gie.

Le prix de ces bijoux de tech­no­lo­gie sera un jour pro­chain acces­sible à des labo­ra­toires col­la­bo­ra­tifs, ou à des par­ti­cu­liers, pour mener des études indé­pen­dantes sur l’environnement et la sur­veillance sani­taire entre autres. Les Bio-hackers se feront un plai­sir de déve­lop­per des pro­to­coles pour ces outils et les bio­in­for­ma­ti­ciens pour­ront mettre en place les pro­grammes néces­saires à  l'exploration des don­nées pro­duites. Un véri­table ras-de marée de don­nées va défer­ler sur les labo­ra­toires !

minion-nanopore-technologies-2
Le séquen­ceur por­table minION

Dans un ave­nir plus loin­tain, des impri­mantes à ADN  feront peut-être par­tie de la pano­plie de tout labo­ra­toire digne de ce nom. Ima­gi­nez les pos­si­bi­li­tés en matière de bio­lo­gie syn­thé­tique, mais tout ceci est encore de la science-fic­tion (pour le moment).

Les labos col­la­bo­ra­tifs et les « Co-wor­king spaces » sont des endroits où vous allez ren­con­trer  le co-fon­da­teur de votre start-up. Ils per­mettent le pro­to­ty­page, la recherche et le déve­lop­pe­ment de pro­jets ayant des appli­ca­tions indus­trielles. Ces lieux sont de réels réser­voirs d’idées où la bio­in­for­ma­tique sera un atout pour le suc­cès de pro­jets utiles à la socié­té, dans la phi­lo­so­phie du libre, propre aux pion­niers d’Internet et des nou­velles tech­no­lo­gies.

Un grand mer­ci pour le tra­vail de relec­ture à nal­lias, Julien et ook4mi.



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Commentaires

4 réponses à “Le rôle de la bioinformatique dans les labos collaboratifs”

  1. Mon article pré­fé­ré sur ce blog ! Mer­ci de l'avoir écrit.

    (Ca fait très spam comme com­men­taire je trouve ; est-ce que ça va pas­ser ?)

    1. Mer­ci,

      Je dois dire que ton blog vaut aus­si le détour et que l'article sur le minION m'a beau­coup ins­pi­ré pour ce billet. N’hésite pas à pas­ser à Hackua­rium à l'occasion !
      On fait des "open Lab" tous les mer­cre­di soirs.
      A bien­tôt.

  2. Et bien, j'en apprend beau­coup 🙂 Très bon article.

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