Dans cet article je vais vous parler d'une facette un peu moins connue de la bioinformatique en vous présentant comment il est possible, à l'heure actuelle, d'assembler un serveur d’analyse bioinformatique avec un budget serré. Il ne s'agit pas d'une étude de marché très poussée mais d'un simple exemple du matériel qu'il est possible d'utiliser pour réaliser un serveur de développement performant. En tant que bioinformaticien, il est important de savoir comment fonctionne une machine, monter soi-même un serveur est un très bon moyen de se familiariser avec le matériel que l'on utilise quotidiennement. De plus, cela n'a rien de bien compliqué et permet de réaliser des économies assez conséquentes comparé à l'achat d'un système pré-monté. Dans un premier temps, et c’est sans doute la règle de base dans ce type de démarche, il est important de faire un état des lieux et de se poser les bonnes questions pour estimer les besoins réels avant de se lancer dans un achat compulsif. Ça peut paraître idiot mais combien de labos, après avoir reçu une bourse, se sont empressés d’acheter la toute dernière machine à PCR-électrophorèse-cafépour finalement ne jamais s’en servir ? C’est bientôt la fin de l’année budgétaire, il reste quelques fonds pour acheter du matériel et améliorer l’infrastructure, faisons preuve de bon sens et investissons dans quelque chose d'utile : du matos informatique ! 😉
Dans notre groupe de recherche, il manque sérieusement d’un serveur de test / développement / analyse. L’idéal, serait une machine assez polyvalente et puissante qui nous permettrait de développer et tester tranquillement nos applications et analyses sans utiliser notre serveur de production. Le tout, si possible, pour un coût inférieur à 3000€. Cette machine sera utilisée pour différents types de travaux : analyse de données NGS, développement de bases de données, statistiques, alignement de séquences, GPGPU, … Le nombre d'utilisateurs est faible (<5), une machine aux caractéristiques suivantes sera donc adaptée :
- 6/12 coeurs
- 64 GB de ram
- 12 Tb de stockage en RAID
Notre fournisseur habituelnous propose le tout pour un budget d’environ 10000€. Un peu trop cher pour l'utilisation que l'on souhaite en faire. Voyons ce que l'on peut réaliser avec du matériel accessible au grand public.
- Carte mère :
- Les contraintes pour le choix de la carte mère seront : un nombre maximum de slots pour la mémoire vive et un maximum de ports SATA pour les disques durs. Les cartes mères grand public actuelles ont une limite de 8 slots pour la RAM. La plupart peuvent accueillir une capacité maximale de 64GB (8*8GB) mais certaines peuvent supporter jusqu'à 128GB de RAM (8*16GB). Le nombre de ports SATA est également un critère important, car il permettra de faire évoluer la machine si necessaire.
- Cette carte MSI semble parfaitement correspondre à ce que l’on recherche.
- ~350€
- Processeur :
- Intel i7 3930k
- Il s'agit d'un processeur puissant parfaitement compatible avec la carte mère sélectionnée. Ce processeur possède de 6 coeurs, capables d'executer jusqu'a 12 taches en parallèles, ce qui est tres interessant pour le multithreading.
- ~550€
- Mémoire RAM :
- 8x8Gb pour un total de 64Gb.
- ~300€
- Stockage :
- Ici, nous avons décider d’utiliser 5 disques de 3TB montes en RAID 6. Cela permettra d’obtenir un volume de stockage de 9TB, largement suffisant dans notre cas.
- 130 x 5 = 650€
- Système d’exploitation :
- N’importe quelle distribution GNU/Linux fera l’affaire. Ubuntu server sera sans doute notre choix final. Basée sur Debian, cette distribution permettra d'installer facilement tous les outils dont on aura besoin.
- 0€
- Le système sera installé sur un disque dur SSD. Cela permettra d'augmenter l’exécution des taches et pour éviter les mauvaises surprises deux disques identiques seront montés en RAID1, une capacité de 128GB sera suffisante pour installer le système.
- 90 x 2 = 180€
- Carte graphique :
- Optionnel dans la plupart des cas, mais comme nous avons l'intention d'utiliser/développer certaines applications , nous en ajouterons une. Pas besoin d’une machine de guerre dans notre cas, une GeForce GTX560 sera parfaite.
- 190€
- Autres :
- Boitier
- Alimentation
- Ventilateurs
- Système de refroidissement pour le processeur
- 350€ (assez large)
Le budget total est d’environ 2500€, un coût relativement faible pour un serveur de bioinformatique polyvalent et aux performances tout à fait correctes. Un serveur similaire (livré monté!) couterait ~4 fois plus, c'est un des avantages du DIY qui s'applique à de nombreux domaine, un exemple avec cette PCR maison ;). Assembler son propre serveur permet également une grande flexibilité, le choix de la configuration peut-être totalement adapté en fonction des ses besoins et de son budget. Cependant, vous restez le seul juge quant au choix du matériel à utiliser et il est donc facile de finir avec une machine qui ne correspondra pas à vos attentes. De plus, le montage et configuration prendra certainement plus de temps qu'une machine plug and play, ce qui est également un critère important. Je pense commander une configuration à peu près similaire à celle-ci avant la fin de l'année. D'ici là, si vous avez des suggestions ou retours d’expériences n’hésitez pas à nous les faire partager.
En remerciant max et Sp4M pour la relecture et leur remarques constructives.
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