Découverte :
BIOASTER

Le tour des laboratoires proposant d'exercer notre métier de bioinformaticien continue avec la présentation du tout jeune Institut de Technologie en Microbiologie BIOASTER.

Logo BIOASTER

Logo de BIOASTER

Histoire et géographie

BIOASTER ne s'est pas fondé en un jour et ne s'est surtout pas fondé tout seul. Parmi le collège de fondateurs qui a permis à cet institut de voir le jour fin 2012, on dénombre des laboratoires publics (INSERM, CEA, CNRS), l’Institut Pasteur (fondation privée) mais aussi des partenaires privés (Danone, Institut Mérieux, Sanofi-Pasteur). Une autre particularité de BIOASTER, c'est qu'il bénéficie également du soutien de l'État grâce au plan d'investissement d'avenir et de celui des collectivités locales (la métropole de Lyon, la région Rhône-Alpes) et du pôle de compétitivité LyonBiopôle.

Aujourd'hui le siège de BIOASTER est clairement implanté dans le paysage lyonnais du Biodistrict de  Gerland grâce à son tout nouveau bâtiment comprenant 2200m2 de laboratoires (P2 et P3 avec un accès au P4 Jean Mérieux) et 1600m2 de bureaux, livré en juin 2015.

BIOASTER n’est pas uniquement à Lyon, il est également présent à Paris, au sein même de l'Institut Pasteur, l’un de ses membres fondateurs, avec 600 m2  de surface incluant 250m2 de laboratoires (P1 et P2).

En 2015, 3 ans après sa création, les effectifs de BIOASTER atteignent une centaine de personnes dont plus de 80 scientifiques et ingénieurs avec 17 nationalités différentes représentées.

Une position à l'interface entre public/privé

L'Institut de Technologie en Microbiologie fait partie des huit récents Instituts de Recherche Technologique (IRT) français, mais est le seul dans le domaine de la santé. L'un des intérêts du modèle d'un IRT est de réunir les compétences de l’industrie et de la recherche publique dans une logique de co-investissement. BIOASTER a le statut de Fondation de Coopération Scientifique et réinvestit donc l’intégralité de ses revenus au service de la  recherche. Un but simple : renforcer l’excellence de l’innovation dans la santé en France. L'interface et la collaboration clairement assumée entre le secteur public et le secteur privé est ainsi l'une des clés pour atteindre cet objectif majeur.

Les huit IRT se sont d'ailleurs regroupés récemment en une association des IRT. Cette association a pour objectifs de :

  • être l'interlocuteur de la Commission Européenne
  • faire découvrir et expliquer le systèmes des IRT
  • faciliter l'échange et la collaboration inter-IRT
  • renforcer les liens entre les académiques et les privés

 

Un cas concret afin de comprendre l'importance d'une structure tel qu'un IRT : la participation de BIOASTER, par exemple, dans un projet d'innovation scientifique peut permettre à des laboratoires dit concurrents de se réunir le temps d'un projet pour lever des verrous sur une technologie identifiée comme bloquante pour eux jusqu'ici. Bien sûr, on peut très bien imaginer que ce déblocage aurait pu être réalisé au final dans un des laboratoires, mais certainement pas aussi rapidement que lorsque les différentes forces/compétences sont unies.

La recherche et la bioinformatique à BIOASTER

Les projets de Recherche et Développement s'articulent autour des quatre grands domaines de la santé et des maladies en microbiologie regroupés en quatre unités thématiques :

  • Les vaccins
  • L'antimicrobien
  • Le diagnostic
  • Le microbiote

 

Accompagnées par l’unité des sciences translationnelles pour harmoniser et coordonner l'ensemble des quatre unités thématiques précédemment citées.

Au total, ce sont quatre unités thématiques et sept unités technologiques  coordonnées qui se repartissent les travaux en interne. La collaboration et la coordination sont donc de mise entre les équipes et les différentes spécialités.

La découpe des équipes s'est d'ailleurs faite autour de ces spécialités.
Celles des unités technologiques :

  • collections biologiques et microbiologie,
  • génomique et transcriptomique,
  • immunomonitoring,
  • ingénierie des protéines et systèmes d'expression,
  • modèles précliniques et imagerie,
  • gestion et analyses des données scientifiques,
  • métabolomique et protéomique.

Clairement et vous l'aurez compris, la bioinformatique est présente et représentée dans l'ensemble de ces unités. D'ailleurs, les bioinformaticien(ne)s en 2015 à BIOASTER ont atteint 10% de la masse salariale totale. Parmi cette bonne dizaine de bioinformaticien(ne)s, on retrouve un panel de profils que peut nous proposer notre profession : des analystes de données, des biostatisticiens, des développeurs et des "data managers".

L'Institut a aussi une mission de formation des jeunes scientifiques et propose régulièrement des stages pour aider ces derniers à compléter leurs études et à plonger dans le monde actif. Des CDD et CDI sont aussi à pourvoir, n'hésitez pas à consulter la page d'offres d'emplois du site officiel qui est régulièrement alimentée.

Un partenariat avec le centre de calcul de l'IN2P3

En plus de leurs serveurs en interne, les bioinformaticiens bioastériens peuvent profiter de la "force de frappe" du centre de calcul de l'IN2P3 localisé à Villeurbanne.

Logo du Centre de Calcul de l'IN2P3 à Villeurbanne (France)

Logo du Centre de Calcul de l'IN2P3 à Villeurbanne (France)

Ainsi, les bioastériens évoluent au jour le jour avec :

  • 6 serveurs VMWare ESX (2*10 cores et 256 Go par machine)
  • environ 100 To de capacité de stockage de fichiers en GPFS "backupés"
  • environ 50 Go  de capacité de stockage de fichiers en AFS "backupés"
  • 4 serveurs OpenStack (16 cores + 768Go RAM + 9To de disque local par serveur)
  • une ferme de calcul (4*10^6 HS06 connectés aux systèmes de stockage GPFS et AFS)

Cette "artillerie" n'est surtout pas figée dans le marbre. L'analyse de l'utilisation de tout ce beau matériel permet de le faire évoluer d'année en année.

Exemple de projet à BIOASTER

BIOASTER facilite et va dans le sens des collaborations avec des partenaires extérieurs, mais l'Institut sait aussi mener à bien des projets tout seul. Un exemple concret : Biospecimens.

Logo de Biospecimens

Logo de Biospecimens

Biospecimens est une plateforme web d'accès à des ressources biologiques pour la communauté scientifique et qui a justement pour but de fédérer de nouvelles collaborations autour des collections biologiques (échantillons humains, souches bactériennes, souches virales). L'application a vu le jour en 2014 au sein de BIOASTER et est déjà très sollicitée par les divers acteurs nationaux et internationaux du monde des ressources biologiques.

Son accès est gratuit et ne nécessite pas forcément de création de compte associé. N'hésitez pas à le découvrir si cela vous intéresse.

 

Merci à mes relecteurs (Kumquatum, m4rsu et Sylvain) qui m'ont aidé à rester objectif (puisque je travaille pour BIOASTER) ainsi qu'aux services de communication de BIOASTER et de l'IN2P3 pour leurs aides et leurs accords pour publication.

  • À propos de
  • Je suis issu d'une licence de Biologie des Organismes et du Master de Bioinformatique de Bordeaux (Promo 2011).

    J'ai été bioinformaticien à l'Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL) pendant 4 ans. Tout d'abord dans le laboratoire Trono puis dans le laboratoire Duboule, je fus ensuite rattaché à la plateforme de bioinformatique et de biostatistiques de l’EPFL (BBCF) où j'ai développé BioRepo, un LIMS (Laboratory Information Management System) pour les données issues de HTS.

    Depuis début 2015, je suis en poste en tant que Bioinformaticien/Software developer au sein de l’Institut de Recherche Technologique BIOASTER à Lyon.

    Enfin, j'ai l'honneur et la fierté d'être un des fondateurs/administrateurs de bioinfo-fr.net et grand supporter des Girondins de Bordeaux.

6 commentaires sur “BIOASTER

  1. Salut !

    Je profite justement de cet article pour adresser un message à Yoann :

    Je suis aussi issu du master de Bordeaux et je t\'écris sous les conseils avisés de tata et de Cynthia qui était en stage avec toi à Lausanne. Je travaille actuellement à Lyon (peut être que l\'on s\'est croisé lors du workshop illumina qui a eu lieu en Septembre à la fac de medecine ?), ça serait pas mal que l\'on prenne contact je pense, donc je laisse mon adresse mail ici.

    A bientôt j\'espère et bonne année 2016 !

    Clément

    • Salut Clément,

      Tu as bien fait de te lancer, je t\'écris dans la semaine !
      Bonne année également 🙂

      • Hello Yoann, est-ce possible de discuter un peu de Bioaster ? Je te laisse mon email si c\'est possible d\'échanger un peu à ce sujet 🙂

        • Salut Kévin,

          Ok je te contacte 🙂

  2. Salut Yoann,
    Je suis en M2 Bioinformatique à Paris Saclay, j\'aimerai bien discuter avec vous sur Bioaster. Je vous laisse mon mail si c\'est possible de discuter un peu.
    Merci d\'avance

    • Salut Houssem,

      Je t\'invite à envoyer un mail sur adminATbioinfo-frPOINTnet avec tes questions directement dedans, je te répondrai volontiers.

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