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Étiquette : analyse

  • Julia : le successeur de R ?

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    par

    Julien Delafontaine
    dans
    Julia : le successeur de R ?

    Actuel­le­ment le lan­gage R est incon­tour­nable pour qui veut mani­pu­ler des don­nées en bio­in­for­ma­tique, en par­ti­cu­lier pour l'analyse sta­tis­tique. Mais un suc­ces­seur est en passe de s'imposer : Julia, com­bi­nant puis­sance du lan­gage avec les fonc­tion­na­li­tés de R, et com­blant les nom­breux défauts de ce der­nier — mais plus encore ! Voi­ci une pré­sen­ta­tion de ce tout…

  • Analyses rapides de fichiers

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    par

    Nolwenn
    dans
    Analyses rapides de fichiers

    Lan­gage : shell, sous GNU/​Linux Com­mandes pré­sen­tées :wc, awk, sed, tr, head, nl, cut Niveau : débu­tant Dans le cadre de notre tra­vail, nous sommes sou­vent ame­nés à mani­pu­ler de nom­breux fichiers conte­nant des mil­liers de lignes et des dizaines de champs. Dans ces cas-là, nous avons sou­vent ten­dance à virer à la para­noïa et à vou­loir nous…

  • Tests Statistiques : suivez l'guide

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    par

    Delphine-L
    dans
    Tests Statistiques : suivez l'guide

    Introduction : Pourquoi des tests statistiques ? Les tests sta­tis­tiques sont de puis­sants outils d’aide à la déci­sion pour le cher­cheur, qui lui per­mettent de véri­fier des hypo­thèses expé­ri­men­tales, avec un cer­tain seuil de pro­ba­bi­li­té. Ces tests sont simples à appli­quer, mais par­fois moins simples à com­prendre. C’est pour­quoi nous allons étu­dier ensemble ces tests pas à pas…

  • L'analyse de données RNA-seq : mode d'emploi

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    par

    Julien Delafontaine
    dans
    L'analyse de données RNA-seq : mode d'emploi

    Un jour, un bio­lo­giste se pointe chez vous avec d'une part un disque dur externe dans la main, d'autre part l'air sou­cieux. Il veut que vous ana­ly­siez ses don­nées RNA-seq. Le disque, c'est parce qu'il a envi­ron 50Gb de don­nées à vous trans­mettre ; l'air sou­cieux, c'est parce qu'elles ont coû­té dans les 15'000 euros, et…

  • Bioconductor

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    par

    Akira
    dans
    Bioconductor

    Bioconductor Voi­là le sujet que l'on va abor­der ensemble aujourd'hui. On va voir ce que c'est, à quoi cela sert, com­ment l'installer et bien-sûr l'utiliser. Qu'est-ce donc ? Je décri­rais Bio­con­duc­tor comme un pro­jet par­ti­ci­pa­tif. Il est libre d'accès et son déve­lop­pe­ment dépend de ce que la com­mu­nau­té veut bien y appor­ter. L'objectif est simple, offrir…

  • Galaxy : Bien plus qu'un gestionnaire de workflows

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    par

    Nisaea
    dans
    Galaxy : Bien plus qu'un gestionnaire de workflows

    Qu'est-ce que Galaxy ? Galaxy est une appli­ca­tion web écrite en Python des­ti­née à faci­li­ter la mani­pu­la­tion et l'analyse des don­nées, dans le cadre de la recherche bio­mé­di­cale. Elle per­met d'utiliser des logi­ciels habi­tuel­le­ment exé­cu­tés en ligne de com­mande de manière gra­phique, grâce à un sys­tème de plu­gins (« outils ») en XML et de tem­plates Mako. Ces…