Étiquette : analyse

  • ViLoVar : un outil pour la visualisation de variations génétiques

    ViLoVar : un outil pour la visualisation de variations génétiques

    Pour mon pre­mier article, je vais vous pré­sen­ter un outil que j'ai déve­lop­pé lorsque je tra­vaillais sur le pro­jet "Myo­cap­ture"; un pro­jet natio­nal de séquen­çage d'exomes qui por­tait sur les myo­pa­thies (https://​www​.afm​-tele​thon​.fr/​m​y​o​p​a​t​h​i​e​-​c​o​n​g​e​n​i​t​a​l​e​-​6​675). Ce pro­jet visait à trou­ver de nou­velles muta­tions res­pon­sables de ces mala­dies rares. Il a éga­le­ment per­mis d'identifier de nou­veaux gènes impli­qués dans…

  • Analyse de réseaux : du degré des noeuds aux centralités

    Analyse de réseaux : du degré des noeuds aux centralités

    Le deuxième article sur la repré­sen­ta­tion du méta­bo­lisme et son ana­lyse ! Pour rap­pel, le pre­mier volet est ici ! Un grand nombre de phé­no­mènes bio­lo­giques peuvent être repré­sen­tés sous la forme d'un réseau. Qui n'a jamais enten­du par­ler de réseaux d'intéraction pro­téine-pro­téine (fameux réseaux "PPI"), de réseaux de gènes ou encore de réseaux méta­bo­liques ? En fait,…

  • De la procrastination dans l'R

    De la procrastination dans l'R

    Connaissances requises Connais­sances basiques en R. Si vous ne faites pas la dif­fé­rence entre un test exact de Fisher et le test du Chi‑2, cela ne devrait pas poser de pro­blème. Euh, bah c'est tout ! Introduction Si l'on s'en réfère à la défi­ni­tion : Un infor­ma­ti­cien, et a for­tio­ri un bio­in­for­ma­ti­cien, fera tout pour mettre en œuvre des…

  • L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

    L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

    Les anno­ta­tions sont essen­tielles lors d'analyses fonc­tion­nelles à large échelle sur le génome.  Lorsque l’on pra­tique des ana­lyses en géno­mique, basées sur des tech­niques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec res­pec­ti­ve­ment une liste de trans­crits ou de pics (régions géno­miques). Dans le cas des ana­lyses ChIP-seq, on sou­haite carac­té­ri­ser les gènes cibles du fac­teur…

  • L'analyse en composantes principales (avec R)

    L'analyse en composantes principales (avec R)

    L'ACP, ou Ana­lyse en Com­po­santes Prin­ci­pales, est une méthode d'exploration de don­nées qui consiste à réduire la dimen­sion­na­li­té du pro­blème pour en extraire l'essentiel. Par une pro­jec­tion dans un espace plus petit, on réduit le nombre de variables, et si on réduit suf­fi­sam­ment on peut en faire un outil de diag­nos­tic gra­phique. Comme c'est une…

  • Flux Balance Analysis ou la simulation du métabolisme d'une cellule

    Flux Balance Analysis ou la simulation du métabolisme d'une cellule

    "I thought there couldn't be any­thing as com­pli­ca­ted as the uni­verse, until I star­ted rea­ding about the cell.“ (Sys­tems Bio­lo­gist Eric de Sil­va ‑astro­phy­si­cist by training‑, Impe­rial Col­lege Lon­don.) Avec l'arrivée des tech­no­lo­gies de séquen­çage à haut débit (NGS pour les intimes), de plus en plus de génomes com­plets sont dis­po­nibles dans les banques de don­nées…

  • Julia : le successeur de R ?

    Julia : le successeur de R ?

    Actuel­le­ment le lan­gage R est incon­tour­nable pour qui veut mani­pu­ler des don­nées en bio­in­for­ma­tique, en par­ti­cu­lier pour l'analyse sta­tis­tique. Mais un suc­ces­seur est en passe de s'imposer : Julia, com­bi­nant puis­sance du lan­gage avec les fonc­tion­na­li­tés de R, et com­blant les nom­breux défauts de ce der­nier — mais plus encore ! Voi­ci une pré­sen­ta­tion de ce tout…

  • Analyses rapides de fichiers

    Analyses rapides de fichiers

    Lan­gage : shell, sous GNU/​Linux Com­mandes pré­sen­tées : wc, awk, sed, tr, head, nl, cut Niveau : débu­tant Dans le cadre de notre tra­vail, nous sommes sou­vent ame­nés à mani­pu­ler de nom­breux fichiers conte­nant des mil­liers de lignes et des dizaines de champs. Dans ces cas-là, nous avons sou­vent ten­dance à virer à la para­noïa et à vou­loir…

  • Tests Statistiques : suivez l'guide

    Tests Statistiques : suivez l'guide

    Introduction : Pourquoi des tests statistiques ? Les tests sta­tis­tiques sont de puis­sants outils d’aide à la déci­sion pour le cher­cheur, qui lui per­mettent de véri­fier des hypo­thèses expé­ri­men­tales, avec un cer­tain seuil de pro­ba­bi­li­té. Ces tests sont simples à appli­quer, mais par­fois moins simples à com­prendre. C’est pour­quoi nous allons étu­dier ensemble ces tests pas à pas…