Étiquette : analyse
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ViLoVar : un outil pour la visualisation de variations génétiques
Pour mon premier article, je vais vous présenter un outil que j'ai développé lorsque je travaillais sur le projet "Myocapture"; un projet national de séquençage d'exomes qui portait sur les myopathies (https://www.afm-telethon.fr/myopathie-congenitale-6675). Ce projet visait à trouver de nouvelles mutations responsables de ces maladies rares. Il a également permis d'identifier de nouveaux gènes impliqués dans…
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Analyse de réseaux : du degré des noeuds aux centralités
Le deuxième article sur la représentation du métabolisme et son analyse ! Pour rappel, le premier volet est ici ! Un grand nombre de phénomènes biologiques peuvent être représentés sous la forme d'un réseau. Qui n'a jamais entendu parler de réseaux d'intéraction protéine-protéine (fameux réseaux "PPI"), de réseaux de gènes ou encore de réseaux métaboliques ? En fait,…
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De la procrastination dans l'R
Connaissances requises Introduction Si l'on s'en réfère à la définition : Un informaticien, et a fortiori un bioinformaticien, fera tout pour mettre en œuvre des stratégies lui permettant d'automatiser les tâches répétitives qui lui incombe. Plusieurs avantages à cela, i/ rallonger les pauses café, ii/ profiter du temps gagné pour regarder la guerre des étoiles directement…
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L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement
Les annotations sont essentielles lors d'analyses fonctionnelles à large échelle sur le génome. Lorsque l’on pratique des analyses en génomique, basées sur des techniques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec respectivement une liste de transcrits ou de pics (régions génomiques). Dans le cas des analyses de ChIP-seq, on souhaite caractériser les gènes cibles du…
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L'analyse en composantes principales (avec R)
L'ACP, ou Analyse en Composantes Principales, est une méthode d'exploration de données qui consiste à réduire la dimensionnalité du problème pour en extraire l'essentiel. Par une projection dans un espace plus petit, on réduit le nombre de variables, et si on réduit suffisamment on peut en faire un outil de diagnostic graphique. Comme c'est une…
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Flux Balance Analysis ou la simulation du métabolisme d'une cellule
"I thought there couldn't be anything as complicated as the universe, until I started reading about the cell.“ (Systems Biologist Eric de Silva -astrophysicist by training-, Imperial College London.) Avec l'arrivée des technologies de séquençage à haut débit (NGS pour les intimes), de plus en plus de génomes complets sont disponibles dans les banques de données…
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Julia : le successeur de R ?
Actuellement le langage R est incontournable pour qui veut manipuler des données en bioinformatique, en particulier pour l'analyse statistique. Mais un successeur est en passe de s'imposer : Julia, combinant puissance du langage avec les fonctionnalités de R, et comblant les nombreux défauts de ce dernier - mais plus encore ! Voici une présentation de ce tout…
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Analyses rapides de fichiers
Langage : shell, sous GNU/Linux Commandes présentées :wc, awk, sed, tr, head, nl, cut Niveau : débutant Dans le cadre de notre travail, nous sommes souvent amenés à manipuler de nombreux fichiers contenant des milliers de lignes et des dizaines de champs. Dans ces cas-là, nous avons souvent tendance à virer à la paranoïa et à vouloir nous…