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Didacticiel :
Automatiser la récupération de données biologiques : version avancée

Dans cette version avancée, nous allons nous intéresser à une autre manière de récupérer des données depuis un site internet : via l'utilisation de formulaires.
Les formulaires, ce sont ces pages avec plein de champs à remplir et que vous soumettez ensuite pour vous créer un compte, contacter votre hotline ou que sais-je. Leur utilisation permet de contourner une limitation importante de la soumission d'informations via des adresses internet (ou URL pour "Uniform Resource Locator") : le volume de données (au fait, saviez-vous qu'un Geek ne crie pas, mais qu'il URL? ;-))...

Entretien :
Questions à… Laurent Mouchard

Avec un peu beaucoup de retard, retrouvez la retranscription de la TOBi organisée par JeBiF en mai 2016 avec Laurent Mouchard, maître de conférence à l'Université de Rouen et modérateur de la liste bioinfo.
Nous le remercions d'être venu nous raconter la petite histoire de la bioinformatique !

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Laurent Mouchard : Je suis vieux… J'ai donc eu le temps d'accumuler un parcours un peu particulier...

Suivez l'guide :
BLAST en pratique

Cet article a pour but de vous montrer une application pratique de BLAST, le fameux programme d'alignement de séquences détenant un record de citations, avec certains problèmes qu'on peut rencontrer et ce qu'on peut tirer de son résultat. BLAST a au moins deux usages typiques en génomique :

Trouver les occurrences similaires à une séquence de bases ou d'acides aminés donnée ("query") dans une séquence de référence, par exemple un génome entier...

Astuce :
Transformer une sortie de Blast xml en format GenBank

Bonjour, et bienvenu dans mon premier article concernant mon script Perl Blast2Gb.pl. Ce dernier illustre parfaitement ce qu'on peut faire facilement et rapidement avec un script Perl : du traitement de texte. Cet outil permet de faciliter la vie et de transformer une tâche laborieuse en un traitement rapide et efficace.
En effet, qui ne s'est jamais retrouvé avec une sortie de BLAST qu'il voudrait regarder dans un programme de visualisation de séquences (comme Geneious par exemple) mais qui ne prend pas les sorties de BLAST ? Ou encore, devant soumettre un génome au NCBI, mais qui n'a pas envie de se taper tout le formatage à la main ? Eh bien, mon programme est là pour prendre une sortie xml d'un blastn, blastx, tblastn ou tblastx et la transformer en une sortie ...