Étiquette : BLAST

  • Automatiser la récupération de données biologiques : version avancée

    Automatiser la récupération de données biologiques : version avancée

    Dans cette ver­sion avan­cée, nous allons nous inté­res­ser à une autre manière de récu­pé­rer des don­nées depuis un site inter­net : via l'utilisation de for­mu­laires. Les for­mu­laires, ce sont ces pages avec plein de champs à rem­plir et que vous sou­met­tez ensuite pour vous créer un compte, contac­ter votre hot­line ou que sais-je. Leur uti­li­sa­tion per­met…

  • Questions à… Laurent Mouchard

    Questions à… Laurent Mouchard

    Avec un peu beau­coup de retard, retrou­vez la retrans­crip­tion de la TOBi orga­ni­sée par JeBiF en mai 2016 avec Laurent Mou­chard, maître de confé­rence à l'Uni­ver­si­té de Rouen et modé­ra­teur de la liste bioin­fo. < p style="text-align : cen­ter;">Nous le remer­cions d'être venu nous racon­ter la petite his­toire de la bio­in­for­ma­tique ! .   Laurent Mou­chard : Je suis vieux… J'ai…

  • BLAST en pratique

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    Cet article a pour but de vous mon­trer une appli­ca­tion pra­tique de BLAST, le fameux pro­gramme d'ali­gne­ment de séquences déte­nant un record de cita­tions, avec cer­tains pro­blèmes qu'on peut ren­con­trer et ce qu'on peut tirer de son résul­tat. BLAST a au moins deux usages typiques en géno­mique : Trou­ver les occur­rences simi­laires à une séquence de…

  • Transformer une sortie de Blast xml en format GenBank

    Bon­jour, et bien­ve­nu dans mon pre­mier article concer­nant mon script Perl Blast2Gb​.pl. Ce der­nier illustre par­fai­te­ment ce qu'on peut faire faci­le­ment et rapi­de­ment avec un script Perl : du trai­te­ment de texte. Cet outil per­met de faci­li­ter la vie et de trans­for­mer une tâche labo­rieuse en un trai­te­ment rapide et effi­cace. En effet, qui ne s'est…