Étiquette : Chip-seq

  • L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

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    par

    Jsobel
    dans , , ,
    L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

    Les anno­ta­tions sont essen­tielles lors d'analyses fonc­tion­nelles à large échelle sur le génome.  Lorsque l’on pra­tique des ana­lyses en géno­mique, basées sur des tech­niques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec res­pec­ti­ve­ment une liste de trans­crits ou de pics (régions géno­miques). Dans le cas des ana­lyses ChIP-seq, on sou­haite carac­té­ri­ser les gènes cibles du fac­teur…

  • Quelques pistes pour contrôler vos données de ChIP-seq

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    par

    Akira
    dans
    Quelques pistes pour contrôler vos données de ChIP-seq

    Le ChIP-seq est une méthode aujourd'hui répan­due qui consiste à cibler une par­tie du génome grâce à une pro­téine et à séquen­cer uni­que­ment les par­ties du génome aux­quelles celle-ci s'est fixée. On la cap­ture ensuite avec un anti­corps spé­ci­fique et on séquence uni­que­ment l'ADN qu'elle pro­té­geait (voir notre article : DNase-seq, FAIRE-seq, ChIP-seq, trois outils d'analyse de…

  • DNase-seq, FAIRE-seq, ChIP-seq, trois outils d'analyse de la régulation de l'expression des gènes

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    par

    I. Stévant
    dans
    DNase-seq, FAIRE-seq, ChIP-seq, trois outils d'analyse de la régulation de l'expression des gènes

    La régu­la­tion de la trans­crip­tion est un pro­ces­sus indis­pen­sable aux cel­lules pour per­mettre leur dif­fé­ren­cia­tion, expri­mer leur spé­ci­fi­ci­té, assu­rer leur déve­lop­pe­ment, leur pro­li­fé­ra­tion ou encore pour leur per­mettre de s'adapter à un envi­ron­ne­ment. L'étude de la régu­la­tion de la trans­crip­tion passe par l'identification d'éléments clés gou­ver­nant ces pro­ces­sus bio­lo­giques. Ces élé­ments de régu­la­tions se dis­tinguent…