Archives par tags: cluster

Découverte :
BIOASTER

Découverte, Formation 6

Le tour des laboratoires proposant d'exercer notre métier de bioinformaticien continue avec la présentation du tout jeune Institut de Technologie en Microbiologie BIOASTER.
Logo de BIOASTER
Histoire et géographie
BIOASTER ne s'est pas fondé en un jour et ne s'est surtout pas fondé tout seul. Parmi le collège de fondateurs qui a permis à cet institut de voir le jour fin 2012, on dénombre des laboratoires publics (INSERM, CEA, CNRS), l’Institut Pasteur (fondation privée) mais aussi des partenaires privés (Danone, Institut Mérieux, Sanofi-Pasteur)...

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Découverte :
Clusters et pipelines avec LSF

Découverte 0

Pipelines Nick-K (Nikos Koutoulas) (CC BY-NC 2.0)
Aujourd'hui petit mash-up de deux articles précédemment publiés dans nos colonnes. Comme je l'avais promis, je vais vous présenter ma méthode pour faire du pipelining avec le gestionnaire de ressources de notre cluster. Si vous n'avez pas compris la phrase précédente, je vous invite à aller (re-)lire l'article sur les pipelines et celui sur les clusters, tout devrait être plus clair...

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Astuce :
Comment travailler sur une grappe de serveurs (cluster)

Astuce, Découverte 3

Patrick Finnegan / CC BY 2.0
Avec les avancées en biologie ces dernières années, la quantité de données produites et les ressources informatiques nécessaires à leur traitement ont grandement augmenté. Pour faire face à ces problèmes, l'une des solutions les plus répandues est la mise en place de grappes de serveurs (plus souvent désignées par le terme anglais computer cluster ou simplement cluster)...

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Astuce :
Galaxy: Bien plus qu'un gestionnaire de workflows

Astuce 8

Logo de Galaxy
Qu'est-ce que Galaxy ?
Galaxy est une application web écrite en Python destinée à faciliter la manipulation et l'analyse des données, dans le cadre de la recherche biomédicale. Elle permet d'utiliser des logiciels habituellement exécutés en ligne de commande de manière graphique, grâce à un système de plugins (« outils ») en XML et de templates Mako. Ces outils sont particulièrement puissants car ils peuvent exécuter n'importe quel langage ou programme...

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