Étiquette : conda
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Conda et le piège de la licence Anaconda
Conda est apparu en 2012 et a été distribué par Continuum Analytics, connue sous le nom d’Anaconda Inc depuis 2017. Conda est distribué sous la licence MIT, l’une des licences open-source les plus permissives, permettant aux utilisateurs d’adopter, d’adapter et de partager le logiciel presque sans restrictions. Conda a été conçu pour gérer les environnements…
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Comment fixer les problèmes de déploiement et de durabilité des outils en bioinformatique ? Indice : conda !
La diversité des questions que se posent nos amis biologistes entraîne une diversité des données : génomiques, images, etc. De plus, ces données sont générées à des vitesses folles. Pour manipuler les données et extraire les informations utiles, des solutions et outils bioinformatiques sont nécessaires. De nombreux outils existent déjà pour répondre à de nombreuses questions.…
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Conda le meilleur ami du bioinformaticien
Conda, le meilleur ami du bioinformaticien Conda est un package manager écrit en python, comme pypi. Mais contrairement à celui-ci, il permet d'installer des programmes écrits dans d'autres langages. Notamment vos outils bioinformatiques préférés par l’intermédiaire du dépôt bioconda. C'est-à-dire que tous vos outils, que ce soit samtools, bwa, bowtie, trimmomatic, fastqc et j'en passe,…