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Astuce :
Comment fixer les problèmes de déploiement et de durabilité des outils en bioinformatique ? Indice : conda !

La diversité des questions que se posent nos amis biologistes entraîne une diversité des données : génomiques, images, etc. De plus, ces données sont générées à des vitesses folles. Pour manipuler les données et extraire les informations utiles, des solutions et outils bioinformatiques sont nécessaires. De nombreux outils existent déjà pour répondre à de nombreuses questions. Mais parfois, de nouveaux outils sont nécessaires pour répondre à une question spécifique...

Découverte :
Conda le meilleur ami du bioinformaticien

Conda, le meilleur ami du bioinformaticien

Conda est un package manager écrit en python, comme pypi. Mais contrairement à celui-ci, il permet d'installer des programmes écrits dans d'autres langages. Notamment vos outils bioinformatiques préférés par l’intermédiaire du dépôt bioconda. C'est-à-dire que tous vos outils, que ce soit samtools, bwa, bowtie, trimmomatic, fastqc et j'en passe, sont disponibles et mis à jour par l’intermédiaire de conda...