Étiquette : ggplot2

  • Les éléments répétés du génome humain : aperçu rapide avec R et le tidyverse

    Les éléments répétés du génome humain : aperçu rapide avec R et le tidyverse

    Dans un pré­cé­dent article, nous avions regar­dé le fichier d'annotation des gènes du génome humain d’après Gen­code. J'avais uti­li­sé pour cela la puis­sante com­bi­nai­son dplyr + ggplot2 (packages cen­traux du tidy­verse), par­ti­cu­liè­re­ment adap­tée à tout ce qui est mani­pu­la­tion et visua­li­sa­tion de don­nées tabu­laires. Mais notre génome n'est pas consti­tué que de gènes, loin s'en…

  • Représenter rapidement une ACP avec R et ggplot2

    Représenter rapidement une ACP avec R et ggplot2

    Je ne sais pas pour vous, mais moi, à chaque fois que j'assiste à une réunion de labo, il y a qua­si sys­té­ma­ti­que­ment un gra­phique d'ACP pour mon­trer les don­nées. Et à chaque fois, il s'agit d'un gra­phique de base, géné­ré avec R, avec la fonc­tion plot(), des cou­leurs qui piquent les yeux et des…

  • dplyr et le génome humain

    dplyr et le génome humain

    Introduction Non, ne fuyez pas tout de suite, chers lec­teurs, tout va s'éclaircir : dplyr, c’est plyr pour les data.frame (les tableaux de don­nées). Atten­dez, j’y viens, plyr, c’est un package R pour appli­quer (apply) des fonc­tions. Donc, dplyr (pro­non­cez “diplir”), c’est un package R, pour appli­quer des fonc­tions à un tableau de don­nées. Et ça,…

  • Guide de démarrage pour ggplot2, un package graphique pour R

    Guide de démarrage pour ggplot2, un package graphique pour R

    Le trai­te­ment et l’analyse de don­nées sont une part impor­tante des tâches deman­dées à un bio­in­for­ma­ti­cien. L’utilisation de R faci­lite gran­de­ment la mani­pu­la­tion des don­nées et per­met éga­le­ment leur repré­sen­ta­tion de mul­tiples façons. Mal­gré le poten­tiel de R, ce der­nier est sou­vent sous-exploi­té à cause d’une syn­taxe par­fois trop com­plexe. Je vais vous pré­sen­ter aujourd’hui…