Archives par tags: langage

Découverte :
Rust, un super héros au secours de la bio-informatique ?

 
Rust est la traduction du mot "rouille" en anglais, ainsi qu'un jeu vidéo de survie post-apocalyptique, mais c'est aussi un langage de programmation. Et vous devez maintenant vous demander :
Encore un autre langage, mais pourquoi ?
Les origines
En 2006 Graydon Hoare, un développeur chez Mozilla, commence un projet personnel, un nouveau langage de programmation qu'il va nommer Rust. Trois ans plus tard, le langage est jugé suffisamment mature pour intéresser Mozilla, qui décide de le prendre sous son aile...

Découverte :
Cython: votre programme Python mais 100x plus vite

Python est un langage extrêmement pratique car il est facile à lire et à écrire, comparé à un langage de "bas niveau" et compilé comme le C. D'un autre côté, à l'exécution il est beaucoup plus lent. C'est un compromis entre les deux qu'offre Cython, permettant d'accélérer votre programme d'un facteur 2 à plus de 100, et d'intégrer facilement des fonctions déjà écrites en C - d'où son nom...

Découverte :
Julia: le successeur de R ?

Actuellement le langage R est incontournable pour qui veut manipuler des données en bioinformatique, en particulier pour l'analyse statistique. Mais un successeur est en passe de s'imposer : Julia, combinant puissance du langage avec les fonctionnalités de R, et comblant les nombreux défauts de ce dernier - mais plus encore ! Voici une présentation de ce tout nouveau langage.
 
À l'origine
La principale raison du succès de R est le système de "packages" qui a permis à chaque labo d'écrire et de rendre facilement récupérable le code qui résout son problème particulier...

Opinion :
Lâchez vos coms!

Je souhaiterais partager avec vous dans ce billet quelques petites choses qui relèvent plus de l'anecdote personnelle que de l'article sérieux. J'espère que vous ne m'en voudrez pas si je prends le risque de baisser un peu le niveau de ce blog, mais ça fait un moment que le sujet me trottait en tête.

Les commentaires sont nos amis, il faut les aimer aussi
Il y a quelques temps, j'ai eu un petit débat de fin de journée avec un collègue qui a un bagage très informatique...

Astuce :
Command line Tips : passage de variable dans awk

But : Dans un fichier organisé en colonnes, nous allons extraire les lignes contenant un mot (donné en argument) dans une colonne fixée à l'avance (1ère colonne).
Prérequis : Connaître un peu le shell (pour l'exercice).
Difficulté : 2/5 (Facile)
Exercice : Pour agrémenter la note, on extraira dans quatre fichiers distincts les lignes contenant les quatre mots les plus représentés du fichier PDB ci-dessous (un mot, un fichier)...

Astuce :
SQL Tips : Les transactions

But : Comprendre ce qu'est une transaction au sens SQL du terme, savoir l'utiliser : les avantages, les limitations. J'aborderai superficiellement la notion de degré d'isolation.
Prérequis : Savoir faire des requêtes.
Difficulté : 1 (Facile)
Tout d'abord une définition volontairement simple : une transaction est un ensemble d'une ou plusieurs requêtes SQL regroupées au sein d'un bloc qui est exécuté sur un jeu de données...

Découverte :
GPGPU, le "supercalculateur" du pauvre

En bioinformatique, nous sommes souvent amenés à travailler avec des données à grande échelle. Il suffit de voir le nombre de publications incluant les termes “large-scale”, “extensive” ou encore “high-throughput” pour s’en rendre compte. Dans la majorité des cas, on est satisfait du développement d’un outil quand celui-ci fait son job correctement en se souciant assez peu de son optimisation...

Découverte :
Les langages de programmation

Bonjour à tous et toutes, j'ai l'honneur d'écrire l'un des tout premiers articles du blog Bioinfo-fr. Étant (presque) plus passionné par l'informatique que par la biologie, je vais vous expliquer l'un des outils les plus importants pour un bioinformaticien : la programmation. En effet, il n'existerait pas de bioinformatique sans informatique et donc sans programmation. Pour ceux qui ne le savent pas, la programmation c'est ce qui permet de créer un programme...